Достижение соглашения с Москвой развязало им руки в борьбе с казахами. Новый поход калмаков на «Казацскую орду», где «промеж себя люди секутца», был удачен; казахи, раздираемые междоусобной распрей, оказались легкой добычей. Более того, в те же годы (а именно в 1616 г.) «Казачья Большая орда» оказалась в подчинении у калмакских предводителей. Последние, однако, довольствовались лишь политическим влиянием, не имея реальной власти над большинством племен казахского жуза, и казахи Семиречья, сохраняя автономность в управлении, не прекращали борьбы за свои кочевья.
Отметим, что из двух казахских ханов — Ишима и Турсуна — только Ишим-хан вел постоянные войны с калмаками. Этот факт отчасти объясняется, во-первых, тем обстоятельством, что Ишим-хан, издавна связанный с моголами и владевший Туркестаном и Семиречьем, постоянно действовал в сопредельных с калмаками районах, а во-вторых, значительной удаленностью местопребывания Турсун-Мухаммад-хана (г. Ташкент) от основных кочевий калмаков. Кроме того, по сообщению источников, калмакские тайши побаивались Турсун-хана, «потому что им Турсун-царь силен, да и потому, что меж ими войны и наперед тово не бывало».
Нажив себе кровных врагов в лице казахов, ногаев (мангытов) и теснимые с востока монголами и китайцами, калмаки очутились в 20-х годах XVII в. в очень тяжелом политическом положении, выход из которого они пытались найти в мирных переговорах с казахами. По словам приехавшего из улусов калмаков толмача П. Семенова, в 1620 г. тайши отправили послов к казахскому хану Ишиму для переговоров о мире. Однако Ишим-хан, разгневанный нападением некоторых калмакских тайш на казахов, последовавшим во время ведения переговоров, убил послов и, двинув большое войско, перебил много калмаков, в том числе двух тайш.
Войны Ишим-хана с калмаками продолжались с переменным успехом и в последующие годы. Особенно тяжело пришлось калмакам в самом начале 20-х годов XVII в., когда они сражались сразу на несколько фронтов. В эти годы бухарский хан Имамкули, возмущенный грабежами и убийствами бухарских купцов калмаками, после предъявления ультиматума, который, однако, не прекратил бесчинства, двинул свое войско на калмаков. Между тем война на несколько фронтов не мешала калмакам одерживать победы в мелких стычках, захватывать в полон казахов и переправлять их затем в Тюмень для обмена на калмаков, оказавшихся в русском плену.
Затем наступило временное затишье. По свидетельству посла тобольского воеводы Я. Буголакова, зимой 1624 г. к дэрбэтскому тайше Далаю приходили от Турсун-хана и Ишим-хана «послы о миру». В «Ногайских делах» за 1625 г. имеется сообщение о том, что калмаки помирились с казахами, а «с юргенцами и бухарцами мира у них нет, но и войны также нет». Но мир был непрочен. В 1627 г., по сообщению Махмуда ибн Вали, состоялся поход казахов под главенством Ишим-хана на кочевья калмаков. Ойратские тайши потерпели поражение и в следующем, 1628 году, и часть калмаков вынуждена была откочевать подальше от владений казахов.
Между тем в истории ойратов-калмаков происходили важные события. Около 1627–1628 гг. прежний ойратский союз вдруг распался: хошоуты подались в Тибет, а торгоуты (около четверти миллиона человек) во главе с Хо-Урлюком отделились от остального ойратского общества, откочевали через Северный Казахстан на Нижнюю Волгу, получили название халимак (калмак, калмык) и в 30-х годах XVII в. основали там Калмыцкое ханство. Оставшиеся кочевать на просторах Южной и Западной Сибири ойратские племена начали объединяться под эгидой чоросских князей и в 1635 г. создали на берегу Иртыша другое ойратское ханство, — Джунгарское, — во главе которого стоял энергичный и воинственный Батур-хунтайши (1634–1653).
Борьба казахов и калмаков из-за обладания кочевьями, изредка прерываемая кратковременными перемириями, переросла при Батур-хунтайши в изнурительные и непрерывные войны, соотношение сил при этом склонилось не в пользу казахов, предводительствуемых в это время Джахангиром, сыном Ишим-хана.
Источники, относящиеся к этому периоду, упоминают, помимо мелких столкновений, три крупных сражения между казахами и калмаками. Подробности о первом из них, имевшем место в 1635 г., нам неизвестны: сохранились лишь отдельные факты. В этой войне предводитель казахов Джахангир попал в плен к калмакам, и только какая-то счастливая случайность возвратила ему свободу. Освободившись от унизительного плена, он остался на всю жизнь непримиримым врагом ойратов и не переставал беспокоить их частыми набегами. В борьбе с калмаками казахский хан пользовался, видимо, какой-то поддержкой моголов. Во всяком случае, Джахангир и могольский хан Абдаллах поддерживали добрососедские отношения и обменивались посольствами. По сообщению Шах-Махмуда Чураса, во главе одного казахского посольства стоял сын Джахангира Тауке-султан, а другого — старший его сын Апак-султан. Со своей стороны Батур-хунтайши, желая усмирить беспокойного соседа, собрал 50-тысячное войско и вторгся в 1643 г. в кочевья казахов. Удачный вначале поход окончился, однако, поражением хунтайши и отступлением калмаков с большим уроном. В этой войне на стороне казахов выступили ополчения кыргызов и отряд эмира Бухарского ханства Ялангтуш-бия алчина.
Предводитель калмаков, решившись отомстить Джахангиру за понесенное поражение, собрался было идти опять на казахов и стал организовывать закупку оружия и предметов военного снаряжения в Кузнецком уезде, однако из-за противодействия некоторых тайш поход так и не состоялся. Согласно данным биографии ойратского ученого XVII в. Зая-Пандиты, выступление калмаков состоялось лишь в 1652 г. «В эту зиму [1652 г.], — читаем в биографии, — Цэцэн хан покорил бурутов. В этом походе 17-летний Галдан убил Янгир хана [Джахангира]».
Зимой следующего, 1653 года умер основатель Джунгарско-ойратского ханства Батур-хунтайши. С его смертью начались новые междоусобные войны тайш за власть, которые не прекращались в течение всех лет правления преемника Батур-хунтайши-Сенге (1653–1670). В эти годы во взаимоотношениях казахских и джунгарских феодалов наблюдается относительное спокойство. Но при хунтайши Галдан-Бошокту (1670–1697) ойратские тайши начали новые завоевательные походы в Южный Казахстан, Среднюю Азию и Восточный Туркестан. В 1678–1680 гг. ойраты совершили походы в Кашгарию; в 1681 г. Галдан-Бошокту проник за р. Чу и осадил город Сайрам, но не смог его взять. В 1683 г. он вновь предпринял поход на Сайрам; и, наконец, в 1684 г. Сайрам был взят. Отвлеченные, однако, военными действиями с китайцами, калмаки вскоре покинули разграбленный и разрушенный город, а многие жители тех краев были уведены в плен в Джунгарию. В 1683–1685 гг. Галдан-Бошокту ходил на Ош и Андижан, но натолкнулся на решительное противодействие кыргызов и узбеков и вынужден был отступить. Тогда Галдан предпринял поход в Восточную Монголию, но его военные действия там были очень неудачны, и в 1697 г. он кончил жизнь самоубийством. После смерти Галдан-Бошокту правителем Джунгарского ханства сделался его племянник Цеван-Рабтан.
После прихода к власти Цеван-Рабтана (1697–1727) казахско-джунгарские отношения вновь резко обострились. Предводитель ойратов говорил русскому послу И. Унковскому, что с начала своего правления он «непрестанную войну имеет с Казачьей ордою, которые с каракалпаками за едино воюют». В своем же письме к китайскому императору от 1698 г. Цеван-Рабтан, между прочим, сообщал: «1) что войну имеет он, Раптан, с хазаками поневоле; 2) что прежде сего сын хана хазацкого Текея (т. е. Тауке) был в полону у Галдана, и Галданом отослан к Далай Ламе; 3) что по том Текей просил его, Цеван Раптана, о сыне своем, чтобы от Далай Ламы высвободил и к нему доставил. По прозбе сей он, Цеван Раптан, исполнил, и сына его к нему, Текею, отослал с 500 человек; но он в благодарность всех оных 500 человек перерубил, и еще по том убил моего князя, а Князеву жену с детьми и с людьми, всего более ста кибиток, увез к себе; 4) что он, Текей, чинил нападение на Цеван Раптанова шурина, Аюки Ханова сына на дороге, который вез к нему, Цеван Раптану, в замужество сестру свою, и 5) что перехватил к себе несколько российских купцов, кои от него, Цеван Раптана, следовали назад в Россию» [Леонтиев, 1777, с. 67–68].
