Война между Чингиз-ханом и султаном Мухаммадом действительно была неизбежной и причиной тому был не поступок хорезмшаха или его отрарского вассала Йиналчука. Для крупных скотоводческих хозяйств необходимы обширные пастбища, и стремление кочевой знати приобрести новые пастбища неизбежно порождало завоевательные войны. Война, приносившая наряду с завоеванием новых земель и богатства в виде военной добычи, являлась как бы частью производственной деятельности. Кроме того она служила для знати средством хотя бы временно ослабить социальные противоречия в монгольском обществе, посулив зависимым кочевникам некоторую долю военной добычи. Чингиз-хан понимал, что только завоевательная политика может обеспечить ему верность монгольской знати, удержать ее от измен, заговоров, междоусобий, а созданную империю — от быстрого распада.

В этой политике, которую монгольские феодалы осуществляли на протяжении десятилетий, поход на земли Казахстана и Средней Азии был лишь одним звеном в общей цепи запланированных обширных завоеваний. Как показывают данные источников, Чингиз-хан и не думал ограничиваться захватом империи хорезмшаха; в его планы входили завоевание всей Западной Азии и Восточной Европы, и он заранее отдал в удел своему старшему сыну Джучи еще не покоренные страны к западу от Иртыша и Аральского моря.

Чингиз-хан придавал походу в мусульманские страны большое значение и готовился к нему с особой тщательностью. Началу военных действий предшествовал подробный сбор, посредством мусульманских купцов и перебежчиков, находившихся на службе у монголов, сведений о внутреннем состоянии и военных силах государства хорезмшаха. Изучив добытые сведения и составив на их основе глубокопродуманный план действий, Чингиз-хан и люди его окружения сумели так подготовить войну, что имели возможность даже в глазах мусульман-современников возложить вину на хорезмшаха.

К началу войны Чингиз-хан собрал большое войско. Точная численность его неизвестна; наиболее вероятной считается число 120–150 тысяч человек вместе с ополчением семиреченских (Арслан-хан карлукский, Сукнак-тегин) и восточно-туркестанского (уйгурский идикут Барчук) вассальных владетелей. Поход начался в сентябре 1219 г. с берегов Иртыша, где Чингиз-хан провел лето. Судя по данным источников, он вел свои орды от Иртыша до Сыр-Дарьи тем же путем, что и прежние завоеватели, а именно: не через безотрадные степи к северу от Балхаша, а через Семиречье. При подходе к Отрару предводитель монголов разделил свои силы: несколько туменей во главе с сыновьями Чагатаем и Угедеем он оставил для осады Отрара; другую часть во главе с Джучи отправил вниз по Сыр-Дарье на Дженд и Янгикент; третий отряд был назначен для покорения городов по верхнему течению Сыр-Дарьи; сам Чингиз-хан и его младший сын Тулуй с главными силами пошли на Бухару.

Источники не дают нам точного определения времени, когда монгольские войска появились перед стенами Отрара. Правитель Отрара Гайр-хан, знавший, что ему нечего ждать пощады от монголов, защищался отчаянно, до последней возможности. Под его началом, согласно ан-Насави, было 20 тысяч воинов. По Джувайни, хорезмшах дал ему 50 тысяч «внешнего войска». На исходе пятого месяца героической обороны Отрара Караджа-хаджиб, незадолго перед осадой посланный хорезмшахом на помощь Гайр-хану с десятитысячным отрядом, пал духом и, покинув город через ворота «Суфи хане», сдался со своим войском монголам; по приговору царевичей Чагатая и Угедея он был предан вместе с приближенными казни за измену. Но монголы успели ворваться в город и, выгнав из города его жителей «словно стадо баранов», начали повальный грабеж. Однако Отрар еще упорно защищался; Гайр-хан с 20-тью тысячами «подобных львам» смельчаков укрепился в цитадели, для взятия которой монголам понадобился еще месяц. Когда цитадель была взята и все ее защитники полегли, Гайр-хан с двумя оставшимися в живых боевыми товарищами продолжал оказывать сопротивление на кровле здания. Когда пали и эти двое, и уже не оставалось стрел, он бросал в своих врагов кирпичи, которые рабыни подавали ему «со стены дворца»; когда не осталось и кирпичей, монголы, имевшие приказ взять правителя в плен живым, окружили его и связали. Разрушив крепость и сравняв стены с землей, Чагатай и Угедей с толпами пленных жителей Отрара и окрестных сел в феврале 1220 г. присоединились к Чингиз-хану, когда тот находился на пути между Бухарой и Самаркандом, и доставили ему живого Гайр-хана Йиналчука. Чингиз-хан приказал расплавить серебро и влить ему в уши и глаза, и тот был умерщвлен в наказание за его «безобразное деяние и мерзкий поступок».

Старший сын Чингиз-хана, Джучи, выделенный для покорения городов по нижнему течению Сыр-Дарьи, прежде всего подошел к Сыгнаку, с жителями которого начал переговоры. В качестве своего представителя он отправил в город мусульманского купца Хасан-хаджжи, еще до войны поступившего на службу к монголам, с тем чтобы он уговорил жителей сдаться без боя, но «злодеи, чернь и бродяги» возмутились и, умертвив предателя, приготовились к «великой, священной войне». Монголы семь дней и ночей непрерывно осаждали город, наконец, взяли его приступом и, «закрыв врата пощады и милосердия», перебили все население. Управляющим той местности был назначен сын убитого Хасан-хаджжи.

На дальнейшем пути монголы взяли Узгенд и Барчылыгкент, население которых не оказало сильного сопротивления, и потому всеобщей резни не было. Затем монгольский отряд подошел к Ашнасу; город, «большинство воинства которого составляли бродяги и чернь», оказал упорное сопротивление, но пал в неравной борьбе, и множество жителей было перебито. После этого монголы подступили к Дженду, который к тому времени был покинут войсками хорезмшаха во главе с Кутлук-ханом, бежавшим в Хорезм. Узнав об этом, Джучи отправил в город для переговоров Чин-Тимура. Посланник монголов, однако, был дурно принят жителями и получил возможность вернуться живым только потому, что напомнил джендцам о печальной судьбе, постигшей Сыгнак из-за убийства Хасан-хаджжи, и обещал им удалить монголов от города. Выпустив Чин-Тимура, жители заперли ворота, но не оказали никакого сопротивления. Монголы, подготовив предварительно осадные орудия, приставили лестницы, спокойно взошли на стены и без кровопролития заняли город; затем всех жителей выгнали в поле, где они оставались в течение девяти дней, пока продолжалось разграбление города. Убиты были только несколько лиц, которые своими речами оскорбили Чин-Тимура. Управляющим городом был назначен бухарец Али-Ходжа, который уже много лет назад перешел на службу к монголам. Тогда же корпус в один тумен, посланный Джучи, занял Шехркент (Янгикент), и монголы посадили там своего шихнэ — «блюстителя порядка». Все это произошло в течение зимы 1219–1220 гг. и весны 1220 г.

Столь же успешно действовал и главный корпус монгольской армии во главе с Чингиз-ханом; к маю 1220 г. весь Мавераннахр был в руках завоевателей. Летом и осенью 1220 г. монголы взяли Мерв, Тус и другие города Хорасана. В результате зимней кампании 1220–1221 гг. был завоеван Хорезм, и завершились военные действия монголов в Средней Азии. Весной 1221 г. Чингиз-хан переправил свое войско через Аму-Дарью и война сместилась на территорию Хорасана, Афганистана и Северной Индии. 30-ти тысячный корпус под командованием полководцев Джэбэ-нойона и Субэдэй-нойона, выступив из Северного Ирана, в 1220 г. вторгся в кавказские страны и, разгромив аланов, кипчаков и русских на реке Калка, проник в степи нынешнего Казахстана с северо-запада.

Но вернемся в Южное Приаралье. Джучи оставался весь 1220 г. в Дженде; оттуда, с берегов Сыра, в следующем году он повел свой корпус на Хорезм. Чингиз-хан отправил ему на подмогу из Бухары Чагатая и Угедея со значительными силами. Передовые отряды монгольского войска подступили к Гургенджу (город у Аму-Дарьи в северной части Хорезма), военной хитростью заманили хорезмийцев в западню, перебили до тысячи человек и следом за беглецами ворвались в город, но под напором горожан вынуждены были отступить. Тем временем подоспели основные войска монголов, численностью до 50-ти тысяч воинов. Город был обложен со всех сторон, и осада началась. Жители города не только защищались с большим упорством, но при случае сами переходили в атаку. Действуя таким образом, хорезмийцы перебили множество вражеского войска. «Говорят, — писал Рашид ад-Дин в начале XIV в., — что холмы, которые собрали тогда из костей убитых, еще теперь стоят в окрестностях старого города Хорезма».