Английский посол Боус предложил провести переговоры с Баторием, прежде чем начинать войну. Но русская сторона категорически отвергла такой путь: «Толко обсылатца с недругом и недруг в те поры изготовитца». Приведенные слова выдавали истинные намерения царя. Он помышлял о том, чтобы порвать перемирие с Речью Посполитой и нанести врагу внезапный удар. В обмен на помощь войсками и снаряжением королева Елизавета требовала предоставления английской Московской компании права монопольной торговли с Россией через ее северные порты. Принятие этого требования грозило нанести русской торговле большие убытки, так как влекло за собой запрет заходить в русские порты голландским, французским и прочим судам.

Боярин Никита Романов и Андрей Щелкалов возражали против монополии англичан. Но царь отстранил их от переговоров и послал к Боусу Бельского с известием, что царь согласен со всеми требованиями королевы. «Дворовые» дипломаты подготовили новый проект союзного договора, предусматривавший обязательство Англии совместно с русскими войсками вести войну за Ливонию, чтобы «доставати Лифляндские земли».

Проект удовлетворял нетерпение царя, но не соответствовал установкам лондонского двора и не имел шансов на ратификацию в Англии. Смерть Грозного помешала завершению переговоров.

Итогами Ливонской войны была недовольна не только Россия, но и Речь Посполитая.

Канцлер Ян Замойский не скрывал своих планов разрыва перемирия с царем и возобновления военных действий на Востоке.

Свои взгляды на соотношение светской и церковной власти Грозный высказал после разрыва с наставником. В приписке к парадной летописи — Царственной книге — он обрушился на Сильвестра за то, что тот узурпировал всю власть в государстве:

«Владяше обема властми, и святительским и царским, яко же царь и святитель, точию имени и образа и седалища не имеяше святителскаго и царьского, но поповское имеяше». Более всего Грозного возмущало то, что Сильвестр, имея «поповское седалище», подчинил себе «царствие».

Церковь в Древней Руси была основана византийским патриархом. На протяжении нескольких столетий ее возглавляли византийские иерархи. Характерной чертой византийского общества было подчинение церковной власти государству. Эта традиция просуществовала до времен Грозного и даже усилилась в связи со становлением самодержавия.

Московская военно-служилая система не могла существовать без постоянных завоевательных войн. Русская церковь стремилась придать этим войнам религиозную окраску. Войны против «неверных» агарян — казанских татар — стали своего рода крестовым походом на Восток.

Появление в составе России обширных территорий, населенных иноверцами и управляемых светской администрацией, расширило сферу вмешательства царя в церковные дела.

Грозный видел свою историческую миссию в расширении пределов православного царства и покорении извечных врагов христиан — «бесерменов». В то же время царь искал опору в среде казанской знати. Тех, кто соглашался сотрудничать с Москвой, охотно принимали на царскую службу.

Грозный ценил знатность в подданных и гордился тем, что ему служат высокородные татарские цари, потомки Чингисхана. Он многократно назначал служилых царей на самые высокие посты в своей армии, включая пост главнокомандующего. Но назначения такого рода были чисто номинальными.

Московское правительство стремилось оторвать татарских «царевичей» от их степных кочевий и переселить вместе с их войском и «двором» на Русь. Некоторые из переселенных «царей» и «царевичей» получили возможность сохранить религию предков. Их сажали «на царство» в Касимове, а также на «уделы» в Юрьеве и Романове. Крещеные «царевичи» держали земли в Звенигороде, Суражике и иных местах.

В Касимове и «уделах» татарские владыки имели собственную администрацию, творили суд и расправу, отправляли свои религиозные обряды. Как заявляли русские послы за рубежом, в переданных ханам городах «мусульманские веры люди по своему обычаю и мизгити и кишени держат, и государь их ничем от их веры не нудит и мольбищ их не рушит, всякой иноземец в своей вере живет». Во владениях мусульманских ханов жили не только татары, но и православное русское население. Права мусульманских ханов в отношении этих двух групп населения были неодинаковы. Касимовские ханы выступали как удельные владыки по отношению к татарскому населению и как кормленщики по отношению к русскому населению, отданному под их власть.

Золотая Орда в период своего господства над Русью не чинила притеснений православной церкви. Опыт мирных отношений с мусульманским миром не был отвергнут Россией. Русские власти никогда не предпринимали попыток к полному искоренению ислама в пределах православного царства.

Завоевание ливонских городов поставило царя лицом к лицу с проблемой управления протестантской провинцией. Многие крепости и замки в Ливонии открыли ворота перед царем, получив от него или его бояр обещание «не выводить» местное население в глубь России. Обязательство было грубо нарушено. Под предлогом «измены» бюргеры Дерпта и других замков были переселены во Владимир, Кострому, Нижний Новгород и Углич.

Выселения вызвали крайнюю тревогу у церковного руководства. Опасаясь, как бы «прескверные люторы» не занесли ересь на Святую Русь, высшие иерархи предлагали принудительно крестить их в православную веру. Однако царь не желал отталкивать от себя ливонских дворян-протестантов. Еще в 1569-1570 гг. в Москву был приглашен герцог Магнус, бедный родственник датского короля «с какой-то противоестественной внешностью». Герцог получил от царя титул короля Ливонии и в придачу крохотный замок Полчев (Оберпален) с округой. Этот городок и стал столицей его королевства. Грозный сосватал Магнусу племянницу Евфимию Старицкую и обещал дать за ней богатое приданое.

Согласно договору, Грозный обязался передать Магнусу все свои владения в Ливонии после того, как под его власть перейдут Рига и Ревель.

Невеста Магнуса умерла во время чумы. Тогда королю сосватали другую дочь князя Владимира Старицкого. 12 апреля 1573 г. Магнус отпраздновал свадьбу с 13-летней княжной Марией. Грозный не стал принуждать нового слугу к переходу в православную веру. Разряд свадебной церемонии предусматривал участие двух священников — ксендза и православного попа. Инструкция предписывала «обручать и переменять перстни на месте у короля попу римскому, а княжну обручать попу русскому по греческому закону». Высшее духовенство не одобряло уступок латинянам, но никто не смел перечить самодержцу.

Высшее духовенство требовало запретить ливонским переселенцам-протестантам отправление их культа. Но Грозный отверг домогательства такого рода. Немецкие купцы с похвалой отзывались о веротерпимости Ивана IV и его расположении к немцам. Царь, передавали они, обнаруживает обширные познания в религиозных вопросах. Он охотно ведет диспуты на догматические темы, особенно с ливонскими пленниками, разбирает различия между православием и католичеством и якобы серьезно думает о соединении церквей. Доброжелатели царя — немецкие купцы не упомянули о том, что московский царь был человеком вспыльчивым и диспуты с ним не всегда имели мирный исход.

В 1577 г. Грозный затеял спор с лютеранским проповедником Мартином Нандельштетом, встреченным случайно на улицах Кокенхаузена. Когда пастор сравнил Лютера с апостолом Павлом, самодержец пришел в ярость и огрел его кнутом по голове. Немного успокоившись, он продолжил беседу и даже просил проповедника изложить письменно, «что их вера». Из дальнейших вопросов царя следовало, что его живо интересовала реформа церковных обрядов, проведенная Лютером.

Известный дерптский проповедник Иоганн Веттерман учился в Виттенбергском университете в Германии в бытность там Лютера и Меланхтона. Его слава как богослова была столь велика, что Иван велел дать ему для просмотра некоторые древние книги из семейной библиотеки. По личному разрешению царя Веттерман свободно разъезжал по русским городам, где жили немцы, и учил их «люторской ереси».