Когда Грозный узнал о Варфоломеевской ночи в Париже, он осудил преступление католического короля и выразил сожаление по поводу убитых гугенотов. Судя по тому, что число жертв короля было немыслимо преувеличено, информацию о резне московский двор получил от протестантов. Иван IV, не стесняясь, использовал сугубо опричные меры, чтобы оградить лютеран, живших в земщине, от преследований со стороны церковных властей. Когда митрополит насильно заставил немца-лютеранина принять православие, Грозный примерно наказал иерарха. Слухи об этом проникли в протестантскую Германию.

Толковали, будто митрополит должен был заплатить штраф в 60 000 рублей.

Иван IV не только защищал еретиков, но и приблизил к себе некоторых из них. Он зачислил на опричную службу и сделал своими советниками ливонских дворян Таубе и Крузе, Эберфельда и Кальпа.

Особым влиянием в опричнине пользовался доктор права из Петерсхагена Каспар Эберфельд. Грозный охотно слушал рассказы ученого-правоведа, расспрашивал его об обычаях и нравах его страны. Эберфельд присутствовал на совещаниях царя с Боярской думой. Ходили слухи, что Иван хотел поручить Эберфельду деликатную миссию — сосватать в Германии невесту для наследника престола. Православный люд боязливо взирал на дружбу великого государя с иноземцами. Дьяк Иван Тимофеев с негодованием писал о царе, что «вся внутреняя его в руку варвар быша».

Царь Иван знал о приверженности королевы Елизаветы протестантскому вероучению, но это нисколько не помешало ему затеять сватовство. В конце жизни он завел переговоры с английским двором об устройстве брака с английской «принцессой» Мэри Гастингс. Готовясь к новому браку, самодержец повелел английскому послу, чтобы состоявший в его свите проповедник доктор Коули написал для него, государя, «тезисы англиканской веры». Затем монарх приказал прочесть эти тезисы публично перед многими из своей думы и знати. Подробности царского диспута с представителем англиканской церкви неизвестны. Можно полагать, в новом диспуте государь проявил сдержанность. Косвенным доказательством тому был эпизод с сыном боярским Захарием Болтиным. Будучи приставом у сэра Боуса, Болтин из чрезмерного усердия помянул, что тому было бы неплохо креститься в православие. Узнав об этом, Грозный велел бросить пристава в тюрьму. Болтин не навязывал англичанину веру и действовал из лучших побуждений. Его арест мог вызвать у придворных и духовенства разве что недоумение и досаду. Но жест Грозного имел в виду не собственных подданных, а английский двор. Паства англиканской церкви, в особенности же будущая невеста царя, получила доказательство, что в России англичане не будут подвергаться притеснениям на религиозной почве.

В середине 70-х годов Грозный разрешил ливонским немцам построить кирху в двух верстах от православной столицы. В то время Немецкая слобода под Москвой процветала. Положение переменилось после того, как ливонский король Магнус перешел на сторону Батория и проект создания в границах России вассального протестантского королевства рухнул, а самые видные из служилых немцев — Фаренсбах, Таубе и Крузе — изменили царю.

В условиях тяжелого военного поражения и подозрений насчет новой измены — «шатости в людях» — Грозный не мог более игнорировать требования церковного руководства. В конце Ливонской войны Немецкая слобода подверглась погрому. Некий купец Бохиус из Любека, нечаянный свидетель происшедшего, сообщает, что санкции против немцев были проведены по указке митрополита и духовенства. В беседах с царем митрополит указывал на то, что немцы, получившие привилегию на торговлю вином, спаивали государевых служилых людей в своих трактирах. В конце концов Грозный велел сжечь протестантский храм.

Благословляя поход Грозного на Полоцк, митрополит Макарий объявил, что цель православного воинства — священная борьба против «прескверных лютор» на древних русских православных землях. По взятии Полоцка Иван IV отпустил на родину католиков — польских капитанов и 500 польских солдат. Местное православное население получило разрешение остаться в своих домах, зато литовцы были уведены пленными в Россию.

Вскоре же царь дал Литве веские доказательства своей «веротерпимости». Он приказал рубить головы монахам-бернардинцам из местного католического монастыря.

В глазах Грозного католики были опасными врагами, и он решил искоренить рассадник католической веры в Белоруссии.

Жалкая участь постигла местное еврейское население. Благочестивый царь, отслужив молебен в честь победы над безбожными «люторами», отдал приказ о расправе с евреями. Согласно записи псковского летописца, «которые были в городе жили люди жидове, и князь велики велел их с семьями в воду в речноую въметати, и оутопил их».

Ответственность за происшедшее лежала не на одном царе Иване. В походе на Полоцк его сопровождал игумен Иосифо-Волоколамского монастыря Леонид. Архиепископом полоцким царь поставил Трифона Ступишина, потому что тот был постриженник «Иосифа игумена Волоцкого». Основоположники осифлянства новгородский архиепископ Геннадий и игумен Иосиф Волоцкий вели длительную борьбу с жидовствующими в России. Их старания поначалу были не очень удачными по той причине, что еврейское население в пределах России отсутствовало. Тем не менее ортодоксам удалось добиться осуждения новгородских вольнодумцев как тайных иудеев и отправить их на костер. Геннадий был поклонником методов испанской инквизиции.

Расправа с евреями, исповедовавшими иудаизм, была показателем того, сколь сильным было влияние на молодого царя осифлян.

Грозный не видел нужды в новых подданных — «богоборном» еврейском населении.

Признавая авторитет митрополита, царь тем не менее не доверял ему вести богословские споры с иноверцами и сам вел такие споры. Он исходил из представлений насчет превосходства «царства» над «священством».

В разгар Ливонской войны в Москву прибыло посольство из Речи Посполитой во главе с польским протестантом Яном из Кротошина, исповедовавшим учение «чешских братьев». В состав посольской свиты входил Ян Рокита, представитель («министр») «чешских братьев» в Польше. Рокита просил царя о позволении вести проповедь своего учения в России.

В мае 1570 г. Грозный долго беседовал с проповедником и предложил ответить на десять вопросов. Заполучив письменный ответ, царь устроил публичный диспут в присутствии Боярской думы и высшего духовенства, а также польских послов.

В центре споров оказался богословский вопрос о соотношении дел и веры. Рокита ссылался на слова апостола Павла о том, что человек спасается не делами, а верой. Грозный привел слова апостола Иакова: «Кая полза, братия моя, аще веру кто глаголет имети, дела не имать?» В делах человек находит оправдание, «а не от веры единоя». Излагая свое понимание изречений апостолов Петра и Павла о христианском спасении, царь не находит в них противоречия: «Или мниши, яко распря в них? Ни. Но великаго согласия. Един оубо подтверждаше дела, друзии оутверждаше веру. Обема совершитися во едину ползу ко спасению человеком по вере и делам».

Царь Иван имел обширный опыт споров с ливонскими протестантами. Этот опыт пригодился ему в прениях с Рокитой. Царская отповедь «лютору» начиналась словами: Христос учит «не давати святаго слова псом неверным и неверующим Святому Писанию». Не считаясь с традицией, с авторитетом предания, Рокита и его единомышленники, уподобясь «бесам», по своему произволу учительствуют, разрушая Священное Писание: «Вы же от самовольства вземшиеся и на учительство воскочисте… сего ради татие и разбойници нарицаетеся». Рокита — «антихрист и развратник веры Христове», распространяющий по свету «бесовскую прелесть», «своим учением Христовы словесныя овцы, их же (Иисус) искупи своею честною кровию, крадете и разбиваете».

Свои нападки на еретика царь Иван подкреплял ссылками на священные тексты, которые воспроизводил незамедлительно и которые подходили к случаю. Ссылки подтверждали образованность монарха. Грозный показал себя способным учеником «прелукавых осифлянских мнихов», превзошедших в начетничестве прочих книжников.