Из внутренних мер сего царствования самое видное место принадлежит учреждению патриаршества.

Хотя с половины XV века, т. е. после завоевания Византии турками, Русская церковь в действительности была самостоятельной, митрополиты ее выбирались из среды русского духовенства и не ездили на утверждение к цареградскому патриарху, однако в Москве тяготились и самой номинальной зависимостью своей церкви от патриарха, ставшего рабом турецкого султана. Старый Рим отпал от православия; Новый Рим (Царьград) страдал под игом неверных. Москва считала себя Третьим Римом, в чистоте сохранявшим древнее православие, и естественно желала, чтобы ее архипастырю было присвоено звание, равное старейшим греческим иерархам. Желание это высказывалось решительно при первом же удобном случае.

Со времени падения Византии греческие духовные лица часто приезжали в Россию для сбора милостыни; в числе их были архиепископы и митрополиты; но еще не было ни одного патриарха. И вот в 1586 году прибыл в Москву один из восточных патриархов, именно Иоаким Антиохийский, и был встречен с большим почетом. Царь принял его торжественно в Золотой палате; получил от него благословение и частицы некоторых мощей. После царского приема гостя проводили в Успенский собор к митрополиту Дионисию. Сей последний, стоявший в полном облачении посреди собора, сделал несколько шагов навстречу патриарху, и первый благословил его, а потом принял от него благословение. Иоаким слегка заметил, что пригоже было митрополиту сначала благословиться у патриарха. Но, конечно, Дионисий так поступил не одной собственной волей, а по согласию с государем и его думой, в чем ясно сказывалась задняя мысль московского правительства о высоком значении Русской иерархии. Вслед затем — по словам одного русского сказания — государь, «помысля» с своей благоверной царицей Ириной и поговоря с боярами, отправил шурина своего Бориса Годунова к Иоакиму просить его, чтобы он посоветовался со вселенским (цареградским) и другими патриархами о том, как бы устроить в Московском государстве российского патриарха. Иоаким обещал. Он уехал из Москвы щедро одаренный и в сопровождении подьячего (Огаркова), который повез грамоты и богатые подарки другим патриархам. Хотя эти патриархи и узнали о желании московского правительства, однако не спешили его исполнением, и дело могло затянуться на долгое время, если бы случайно, через два года, в Москву не прибыл лично сам цареградский патриарх Иеремия, который был несколько раз свергаем и возводим на свою кафедру по капризу султана. Так как его патриаршая церковь (Богородицы Всеблаженной) была обращена в мечеть, то он намеревался строить новую и для собрания средств приехал через Литву в Московское государство.

Начиная от Смоленска, Иеремию провожал почетный московский пристав, а при въезде в Москву его встретили бояре и множество народу. В его свите находились митрополит монемвасийский Иерофей и архиепископ елассонский Арсений. (Оба они оставили нам описание сего путешествия.) Патриарха со свитой поместили на Рязанском подворье и снабжали обильными кормами, однако приставы обязаны были никого из посторонних к ним без своего ведома не допускать и о всех своих разговорах с ними передавать боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Так обыкновенно поступали у нас с иноземными посольствами. Торжественный царский прием гостей в Золотой палате состоялся 21 июля 1588 года. Федор Иванович сидел на дорогом троне в полном царском облачении, окруженный многочисленным, блестящим двором. Царь принял благословение от патриарха и дары, состоявшие в частицах мощей и в других святынях, и чрез казначея Траханьотова объявил ему щедрые подарки с своей стороны. После чего патриарха отвели в Малую Ответную палату, где он беседовал с Борисом Годуновым, причем рассказал ему о бывших своих цареградских злоключениях, о своем путешествии чрез литовские земли, разговоры с канцлером Яном Замойским и пр. Но, по-видимому, об учреждении русского патриаршества тут не было речи. Только спустя несколько месяцев, постепенно, посредством приставов, московское правительство искусно вовлекло Иеремию в переговоры об этом важном деле. Он не вдруг дал свое согласие на учреждение русского патриаршества; потом согласился, но под условием самому остаться для сего в России. Когда приставы о его решении дали знать боярам, а те царю, тогда только открыты были официальные переговоры, которые уже прямо взял на себя Борис Годунов.

Московское правительство — точнее Годунов — очевидно, желало просто возвести в сан патриарха своего человека, т. е. митрополита Иова, а никак не приезжего грека, не знавшего ни русского языка, ни русских внутренних отношений. Чтобы устранить последнего, оно поступило с обычной дипломатической ловкостью: Иеремии предложили быть русским патриархом и жить в древнем стольном Владимире-Залесском. Иеремия не соглашался на это условие и говорил, что патриарх должен жить при государе, т. е. в Москве. Ему отвечали, что царь не хочет обидеть своего отца и богомольца митрополита Иова, удаляя его из Москвы. После долгих переговоров, конечно сопровождавшихся щедрыми дарами и обещаниями, Иеремия наконец отказался от своего намерения остаться в России и согласился поставить для нее патриарха из русских архиереев. Созвали духовный собор, который совещался о чине поставления патриарха и избрал трех кандидатов на сие достоинство, митрополита Иова, архиепископов новгородского Александра и ростовского Варлаама, предоставляя окончательный выбор государю. Но этот выбор был известен заранее: государь указал на Иова. Торжественное посвящение его в патриарха происходило 26 января 1589 года в Успенском соборе; оно совершено было Иеремией в сослужении с русскими архиереями. Впрочем, чин поставления патриаршего мало чем разнился от обычного у нас митрополичьего. По окончании обряда царь говорил новому патриарху речь; сей последний отвечал ему также обычным словом. После того происходил пир в государевом дворце. Во время обеда Иов встал из-за стола и, в сопровождении большой свиты и хора певчих, отправился на осляти вокруг «Стараго города» (Кремля), причем осенял крестом и кропил святой водой городские стены; после того воротился во дворец и опять занял свое место за столом. На другой день была торжественная трапеза у патриарха Иова. Тут снова при подаче третьей яствы он вышел из-за стола, и, сев на осля, объехал вокруг города «Большого каменного» (или Белого города, только что построенного); причем часть пути его осля вел за повод сам Борис Федорович Годунов.

Спутник Иеремии, архиепископ елассонский Арсений, описывая церемонии и пиры, которыми сопровождалось учреждение патриаршества, много говорит о роскоши и великолепии Московского двора и с особым восторгом рассказывает о приеме обоих патриархов и других архиереев, происходившем 27 января у государя в Золотой палате, откуда они перешли в покои царицы Ирины. Он восхищается ее красотой и приятной речью, говорит о ее жемчужной короне с 12 зубцами, в ознаменование 12 апостолов, и унизанной жемчугом бархатной одежде; после нее стояли царь и Борис Годунов, а потом многие боярыни в белых, как снег, одеяниях, со сложенными на поясе руками. Между прочими подарками, она вручила Иеремии драгоценную чашу, обильно украшенную жемчугом и самоцветными камнями, и просила его молить Бога о даровании ей наследника Русской державы. В Москве не жалели тогда дорогих камней, серебряных сосудов, шелковых тканей и соболей для раздачи иноземным гостям, чем, конечно, и приводили их в восхищение. Вообще Московскому двору недешево обошлось исполнение его давнего желания относительно русской патриаршей кафедры.

Возвышение Московского архипастыря повело за собой и возвышение некоторых других архиереев, чтобы достойным образом обставить новую патриаршую кафедру. А именно четыре архиепископии были возведены в достоинство митрополий: Новгородская, Казанская, Ростовская и Крутицкая; а шесть епископов получили титул архиепископский: Вологодский, Суздальский, Нижегородский, Смоленский, Рязанский и Тверской. Кроме того, установлено быть семи или восьми епископиям, большая часть которых вновь учреждена, каковы: Псковская, Ржевская, Устюжская, Белозерская, Коломенская, Брянская, Дмитровская. Вселенский патриарх еще несколько месяцев оставался в Москве и уехал, осыпанный щедрыми подарками и снабженный царской грамотой к султану Мураду. А спустя два года, т. е. в мае 1591 года, в Москву прибыл тырновский митрополит Дионисий за милостыней и с грамотой, которой патриархи Антиохийский и Иерусалимский, совместно с Цареградским и целым освященным собором, подтверждали учреждение Русского патриарха; причем ему назначено было пятое место, т. е. после всех четырех восточных патриархов. Москва была не очень довольна последним условием, ибо желала получить третье место на том основании, что считала себя Третьим Римом.