Все эти отдельные казни на сей раз были только прологом к деянию еще более ужасному и неслыханному: к избиениям русских граждан целыми толпами и к такому варварскому разгрому нескольких русских городов, который мало чем разнился от татарских нашествий.

Несмотря на удары, нанесенные Иваном III и Василием III древним вечевым городам, Новгороду и Пскову, эти города продолжали еще пользоваться некоторым благосостоянием, благодаря торговому, промышленному духу своего населения, и конечно сохраняли еще многие старые обычаи вместе с преданиями о своей минувшей славе и вольности. Иван IV с ненавистью смотрел на такие предания и обычаи, несогласные с тем раболепием, которое он хотел видеть повсюду в своем государстве. Он начал с того, что повторил отцовские и дедовские «выводы». В 1569 году, по его приказу, было вновь выведено в Москву из Новгорода полтораста, а из Пскова пятьсот семей. Затем, как бы по заранее составленному плану, в Москву явился из Новгорода какой-то бродяга, Петр Волынец, и донес царю, что архиепископ Пимен с лучшими людьми умыслил передать город польскому королю, о чем будто бы написали грамоту и спрятали ее в Софийском соборе за иконою Богородицы. Посланный с Петром доверенный человек нашел изменную грамоту в указанном месте. По всем признакам, эта грамота была подложная; но она была нужна тирану как предлог к задуманному погрому.

В декабре 1570 года Иоанн выступил из Александровской Слободы с дружиною опричников, с отрядом стрельцов и другими ратными людьми. Разгром начался с Тверской области, которая подобно Новгородско-Псковской, конечно, еще помнила о своей недавней самобытности. Первые избиения и грабежи жителей совершены в Клину и отсюда уже продолжались непрерывно. В самой Твери опричники свирепствовали с особою силою, убивали людей, грабили имущество и жгли, чего не могли унести с собою. В это-то время Иоанн послал Малюту Скуратова в Отроч монастырь под предлогом взять благословение у бывшего митрополита Филиппа. Что произошло между ними, в точности неизвестно; но когда Малюта вышел из митрополичьей келии, то объявил игумену и братии, что старец умер от угара: говорят, злодей задушил его подушкою («возглавием»). Той же участи, как Тверь, подверглись Торжок, Вышний Волочек и другие места, лежавшие по пути; причем опричники также избивали сидевших по крепостям крымских и ливонских пленников. 2 января передовые воинские отряды с боярами и детьми боярскими подошли к Новгороду. Часть их учинила вокруг него крепкие заставы, чтобы ни единый человек не мог ускользнуть из города. Другую часть войска бояре расположили по окрестным монастырям; причем все монастырские и церковные казнохранилища опечатали, а потом собрали игумнов и монастырских старцев, числом до 500, и поставили их в Новгороде на правеж. В то же время третья часть дружины опечатала в самом городе подцерковные кладовые с хранившимся в них имуществом, а также кладовые палаты под домами именитых граждан и приставила стражу. Приходских попов и дьяконов также поставили на правеж, приказав выбивать с них палками по 20 рублей как и с монахов; гостей, торговых и приказных людей схватили, заковали и роздали приставам; а семьи их велено содержать под стражею в собственных домах.

6 января прибыл сам царь с старшим сыном Иваном, со многими князьями и боярами и с главными силами. Он расположился на старом княжеском дворе, или так называемом Городище, за две версты от Торговой стороны. Первым безумным его распоряжением было: поставленных на правеж игумнов и монастырских старцев забить палками до смерти и развести по монастырям для погребения. Затем 8 числа в Воскресенье с своим сатанинским воинством он отправился к обедне в кафедральный Софийский храм. Архиепископ Пимен со всем освященным собором и с иконами встретил государя у конца Волховского моста и хотел, по обычаю, осенить его крестом; но Иоанн не пошел ко кресту, назвал владыку изменником, волком и хищником и велел ему идти служить обедню. После обедни Иоанн с сыном и боярами вошел в архиепископскую столовкую палату и сел за трапезу. Тут посреди обеда он вдруг «возопил гласом велиим с яростию к своим князем и бояром, по обычаю ясаком царским» (вполне уподобляясь какому-либо дикому татарскому хану). По этому ясаку, или приказу, тотчас начался неистовый грабеж архиепископских палат, клетей и всего двора; причем сам владыка, его бояре и слуги были взяты и отданы под стражу. Мало того, грабеж распространился и на самые храмы: из св. Софии были взяты «ризная казна», дорогие сосуды, корсунские иконы и колокола; точно также церковная казна, иконы, дорогая утварь и колокола отбирались по всем церквам и монастырям Великого Новгорода. Захваченных владычных бояр и других именитых граждан тиран приказывал в собственном присутствии на Городище подвергать разным мукам, чтобы вынудить от них деньги и желаемые признания; особенно излюбленным способом пытки была у него мука огненная, или так наз. поджар. Таких поджаренных людей потом привязывали к саням, волокли на Великий мост и бросали в Волхов. Тут же на мосту было устроено какое-то возвышенное место, откуда свергали в реку, также связанных вместе, жен и детей несчастных мучеников. В это время дети боярские и другие ратные люди на лодках разъезжали вокруг моста с рогатинами, баграми и топорами; они пронзали или рассекали тех, которые всплывали на поверхность воды, чтобы никто из них не мог спастись от ужасной смерти. Такие избиения совершались в течение пяти недель. Если верить Новгородскому летописцу, были дни, когда число погибших простиралось до тысячи и даже до полутора тысяч; когда же они не превышали пяти- или шести сот, то за этот день надобно было уже благодарить Бога. Следующую затем шестую неделю своего пребывания здесь Иван Васильевич употребил на то, чтобы с своим воинством ездить вокруг города, грабить монастыри, жечь хлебные скирды и убивать скот; а в самом городе грабить товары и разорять до основания лавки, опустошать в домах бояр и купцов подклети, выбивать окна и ворота. В то же время большие военные отряды разосланы были на все четыре стороны в Новгородские пятины по волостям и станам, верст за 200 и за 300 от Новгорода, чтобы разорять боярские поместья и усадьбы, расхищая имущество и побивая скот.

Наконец кровожадность тирана пресытилась. На второй неделе великого поста, в понедельник, государь велел поставить перед собою с каждой улицы по человеку из оставшихся в живых. «Дряхлые и унылые, отчаявшиеся живота своего, стояли они как мертвые», по выражению новгородского летописца. «Государь воззрев на них кротким, милостивым оком, глаголал им свое царское слово». Это слово состояло в поручении молиться о его царском благочестивом державстве, о его чадах и всем христолюбивом воинстве, о том, чтобы Бог даровал ему победу и одоление на врагов, а пролитая кровь пусть взыщется на изменнике Пимене и его злых единомышленниках. После этого Иван Васильевич, оставив в Новгороде правителем и воеводою князя Петра Даниловича Пронского, со всеми полками своими выступил во Псков; а владыку Пимена и бывших на правеже попов и дьяконов и еще не избитых опальных новгородцев, вместе с награбленными богатствами, под крепкою охраною отправил частию в Москву, частию в Александровскую Слободу. Трудно сказать, какое побуждение наиболее руководило действиями тирана при описанном разгроме Великого Новгорода: неукротимая кровожадность и злоба на бывшую вечевую общину или ненасытное корыстолюбие и зависть к богатствам этого древнего торгового города? Трудно также с точностью определить число избитых им новгородцев, по разным известиям оно различно; во всяком случае, едва ли оно было менее 30 000 душ обоего пола! Удар, нанесенный благосостоянию города Иваном III, не может идти в сравнение с погромом его внука. От сего последнего Великой Новгород потом никогда не мог оправиться, и тем более, что за этою казнию последовал неизбежный голод и мор, так что Новгород значительно запустел. Какое страшное впечатление оставил здесь погром Грозного, можно отчасти судить по следующему случаю. Года два спустя (25 мая 1572 г.) много народу стояло за обедней в каменном храме Параскевы Пятницы на Торговой стороне, на Ярославле Дворище. Когда кончалась литургия, как-то громко и неожиданно зазвонили в колокола, и этот звон произвел панический ужас. Весь народ, мужчины и женщины, тесня и толкая друг друга, бросился опрометью из церкви, побежал в разные стороны, куда глаза глядят, и распространил переполох по всему городу; купцы покидали свои лавки незатворенными, а товары свои отдавали первому встречному. Только к вечеру граждане опомнились и пришли в себя.