С 1618 года и до конца правления в 1645 году царь Михаил в войны не ввязывался и предпочитал все споры с соседями решать путем переговоров. Это позволило добиться крупных хозяйственных успехов и улучшения жизни подданных. В 1634 году был сделан первый шаг к обучению народа грамоте – издан букварь (Василия Бурцева), который изучали в школах словесности при церкви и на дому частным образом. Такая политика заложила хороший фундамент для развития страны.
В 1645 году царем становится Алексей – единственный сын Михаила. Первые три года правление внешне было спокойным. Однако в 1648 году в Москве неожиданно для молодого царя поднялся мятеж. После его подавления, выяснилось, что его причиной стали жадность и произвол московских чиновников, а также путаница в законодательстве и управлении. Прогнав с постов наиболее ненавистных народу мздоимцев, царь собрал думу и высшее духовенство для совета. Решено было начать с принятия нового свода законов – Соборного уложения. Для этой цели со всего государства в Москву были вызваны «добрые и смышленые» представители всех сословий. В течение года они работали над составлением такого уложения, «чтобы всяких чинов людям суд и расправа была во всяких делах всем равна». Молодой государь таким образом желал утвердить правосудие и порядок. Было решено впервые в практике государства напечатать уложение во множестве экземпляров и разослать повсеместно. Ранее народ не знал законов, по которым жил. Поэтому и были они что дышло: «куда чиновник повернет, туда и вышло».
Проект уложения было решено обсудить и принять на Земском соборе. Подготовку проекта и собора было поручено князю Одоевскому. В сентябре 1648 года собор, составленный из представителей более 130 городов, начал работу. Уложение из 25 глав и более тысячи статей было составлено необычайно быстро. 29 января 1649 года оно уже было утверждено царем Алексеем и разослано по стране в количестве 2 тысяч экземпляров. На 200 лет этот Сборник нормативных актов под названием Соборное уложение 1649 года стал основным регулятором жизни Московского государства. Самыми важными положениями в уложении были следующие: 1. Городские общины получили право удалять из них всех людей, не принадлежащих к общинам. 2. Дворяне могли вести розыск беглых крестьян без срока давности. 3. Церковь теряла право приобретать земли и некоторые судебные функции. 4.Иностранцам было запрещено торговать внутри государства, кроме Архангельска. 5. Дети за убийство родителей карались смертью, а родители за убийство детей – годом тюрьмы и публичным церковным покаянием. 6. Указывались ситуации, когда разрешались пытки во время следствия. 7. Учреждались суды отдельно для холопов, крестьян, городских жителей.
Царь Алексей гордился Уложением и возлагал на него большие надежды. Однако спокойного правления не получилось. Эпидемия чумы, крупные мятежи в Пскове и Новгороде (против продажи хлеба за границу), медный бунт (против введения медных денег) в 1662 в Москве, восстание казаков во главе со Степаном Разиным в 1670-1671 годах и, наконец, война с Польшей и Турцией за Правобережную Малороссию (возрожденную на руинах Киевской Руси) не позволили проводить политику по благоустройству страны. Положение осложнялось эмиграцией, вызванной польско-турецкими притеснениями, сотен тысяч единоверных правобережных малороссов. Эмигрантов расселяли на земли московского государства под названием Слобожанщина на востоке от границ днепровского казачества (теперь территория юго-восточных областей Украины). Это требовало больших затрат для их устройства на новых местах жительства.
Не добавляла стабильности церковная смута, перешедшая в раскол со староверами. Вредило государственному порядку и длительное противостояние царя Алексея с фактическим своим соправителем патриархом Никоном, которое с трудом разрешилось низложением властолюбивого Никона, считавшего, что «Священство выше царства». Возможно, этот патриарх виновен в том, что сын царя Алексея Петр Великий упразднил патриаршество как институт церковной жизни.
Во внешних делах Алексею удалось возвратить Смоленск и Новгород-Северский с землями, захваченными поляками в Смутное время, а также присоединить по просьбе гетмана днепровского казачества Богдана Хмельницкого к Московской Руси в 1654 году Левобережную Малороссию, а впоследствии и Киев на правом берегу Днепра. Последнее приобретение обернется очередной войной с Польшей, а потом и долгими войнами с Турцией, также имевшей виды на Малороссию. Умер Алексей в 1676 году, оставив на царском престоле сына Федора и еще двух малолетних сыновей – сводных братьев Ивана и Петра, будущего первого российского императора.
Правил Федор 6 лет. После себя оставил перемирие с Турцией на 20 лет, высшее богословское училище – Славяно-греко-латинскую академию и отмену в 1682 году «враждотворного» и «братоненавистного» обычая назначения на государственные должности не по личному достоинству, а по знатности рода. Скончался он 20-летним, не оставив прямого наследника. И тут же началась смута, в результате которой враждующие семьи его первой и второй жен сошлись на установлении невиданного на Руси двуцарствия Ивана и Петра при фактическом правлении их старшей сестры Софьи. В царском дворце даже было сооружено два трона. Такое нелепое положение продолжалось до 1689 года, когда Софья с помощью верных ей стрельцов пожелала из временной «царицы» превратиться в постоянную. Однако мать Петра, вдовствующая царица Наталья Нарышкина, сумела этот переворот предотвратить. Софья была отправлена в Новодевичий монастырь, где и окончила жизнь. Восставших с нею стрельцов казнили. Мать Петра фактически правила государством до своей кончины в 1694 году. Через два года уходит из жизни слабый здоровьем царь Иван (V). Престол остается за Петром. Единственным заметным деянием Софьи стало заключение вечного мира с Польшей в 1686 году, по которому к России отошло Левобережье Днепра, названное впервые в международном договоре Малороссией, для отличия от Правобережья, названного также впервые Украиной и отошедшего к Польше. Договор действительно оказался прочным, так как вплоть до 1772 года Россия и Польша не воевали.
Во время вынужденного «безделья» молодой царь мало занимался делами государства и увлекся изучением неведомого для России флотского ремесла. Сначала в Москве, а потом на Плещеевом озере строил малые корабли, учился их вождению, устраивал «потешные» морские сражения. Это увлечение привело его в Архангельск, где он впервые увидел море и навсегда остался его пленником («если бы я не был государем, я бы стал адмиралом флота» не раз говорил он своим близким). Но этой его мечте сбыться было не суждено. Смерть матери, а потом и брата царя Ивана заставили Петра I в возрасте 22 лет самому взяться за дела государства.
При царях Михаиле и Алексее в Москву стали приглашать все больше иностранных специалистов: лекарей, педагогов, архитекторов, военных. Из религиозных соображений селили их отдельно от московского православного люда в Немецкой слободе. Петр жил с матерью рядом в селе Преображенском и часто посещал слободу. С некоторыми иностранцами дружил и впоследствии использовал на государевой службе (Лефорт, Гордон). Очевидно, с той поры и зародилось у Петра желание побывать за границей (до него ни один правитель Московской Руси за границу с визитами не выезжал).
Поручив Посольскому приказу готовить поездку в европейские страны, Петр отправился во главе сухопутной армии в первый военный поход. Целью похода было взятие вблизи устья Дона турецкой крепости Азов – главного препятствия для выхода России в Азовское и Черное моря. Первый штурм окончился неудачей. Поняв, что без поддержки флота эту задачу не решить, Петр возвращается в Воронеж и приказывает строить военные корабли. Летом 1696 года 30 судов были готовы, по Дону отправлены к Азову и блокировали его с моря. На одном из них бомбардиром «служил» Петр. На этот раз Азов был взят. Для закрепления успеха на берегу Таганрогского залива заложили крепость. В будущем планировалось превратить ее в южную столицу. Успех окрылил Петра. С великим посольством он немедленно выезжает в Европу для заключения союзов против турок и знакомства с заграничными порядками.