С июля 1990-го по июнь 1991 года Путин значился советником председателя Ленсовета. Все помощники депутата Собчака, в том числе Путин, стали официально именоваться советниками, видимо, с момента утверждения штатного расписания аппарата Ленсовета, т. е. с начала июля 1990 года.
Через год, 12 июня 1991 года, Собчак был избран мэром Ленинграда. По результатам проходившего тогда же референдума, в сентябре 1991 года городу было возвращено старинное название: Санкт-Петербург. «В том, что Собчак стал первым всенародно избранным мэром города, – вспоминал затем Путин, – определенную роль сыграл я. Убедил многих депутатов ввести в Петербурге, так же как и в Москве, должность мэра. Собчака, как председателя Ленсовета, в любую секунду могли снять те же депутаты… Мне всё-таки удалось часть депутатов убедить в том, что это будет целесообразно для города. Кроме того, удалось мобилизовать руководителей районов города, которые придерживались того же мнения. Они не имели права голоса, но могли повлиять на своих депутатов. В итоге решение о введении поста мэра было принято Ленсоветом с перевесом в один голос».
Путин явно преувеличивает свою роль в учреждении поста мэра и избрании Собчака. В 1991 году Путин большинству депутатов был вообще неизвестен, и авторитетом не пользовался. Идея введения поста мэра принадлежала комиссии Ленсовета по организации государственной власти под руководством Михаила Горного с целью заставить Собчака хоть за что-то в городе отвечать, а не перекладывать всю ответственность на исполком Ленсовета.
Собчак после своего избрания (12 июня 1991 года) мэром Санкт-Петербурга одним из первых своих распоряжений назначил 28 июня В. Путина председателем Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербургского городского правительства с окладом 1200 рублей. Только после этого Путин уволился с должности проректора ЛГУ по международным вопросам. С этого момента авторитет Путина действительно стал возрастать. Он оказался руководителем очень важного бюрократического учреждения.
С 1992 года во время частых поездок за границу Собчак стал оставлять вместо себя «на хозяйстве» именно Путина (который, правда, за границей тоже проводил очень много времени). Факсимиле с подписью Собчака находилось именно у Путина, и в отсутствие мэра он всегда принимает самостоятельные решения. Путин даже рассказывал, что, уезжая, Собчак оставлял ему чистые листы со своей подписью. При этом Путин максимально старался находиться в тени, оставляя все представительские функции Собчаку; избегал излишней саморекламы, редко выступал по телевидению и в прессе. Правда, имидж «серого кардинала» можно было объяснить и тем, что публичные выступления Путину всегда давались тяжело. Когда изредка Путину приходилось выступать перед Законодательным собранием Санкт-Петербурга, его речи с трибуны звучали кратко и жёстко. Путин просто боялся говорить долго и прикрывал жёсткостью отсутствие какого-либо ораторского мастерства. Собчак как-то рассказывал: «Пришел Путин с собрания, я его таким никогда не видел, почему-то весь синий и, кажется, на несколько килограммов похудел!»
Постепенно Путин замкнул на себя вопросы не только внешнеэкономической деятельности, но также многие другие важные направления политической и хозяйственной жизни города. В частности, он координировал работу всех силовых ведомств города, включая ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, Управление административных органов, Управление гостиниц, Управление юстиции, Регистрационную палату, Управление по связям с общественностью (руководитель – Александр Беспалов). В итоге в мэрии сложилось неписаное правило – все ключевые решения должны были пройти экспертизу Путина. И Собчак большое значение придавал тому, чтобы проекты его распоряжений и постановлений были отмечены резолюцией его заместителя. Путину была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам. Депутаты, присутствовавшие на заседаниях городского правительства, когда на них председательствовал Путин, отмечали, что, в отличие от Собчака, Путин вел заседания «по-деловому и эффективно».
В круг обязанностей Путина на посту руководителя комитета входили вопросы привлечения инвестиций в Петербург, сотрудничества с иностранными компаниями, организации совместных предприятий, а также развитие туризма и контроль над игорным бизнесом. Путин был куратором организации первой валютной биржи в Санкт-Петербурге и способствовал приходу в город нескольких крупных немецких фирм. При его участии был открыт один из первых банков с зарубежным капиталом в России – BNP-Drezdner Bank (Rossija). Путин являлся одним из организаторов российско-американских Игр доброй воли 1994 года, тогда же он познакомился с крупным американским бизнесменом в сфере средств массовой информации Тедом Тёрнером. Начиная с этого времени, американские спецслужбы начали собирать информацию о Путине. В Санкт-Петербурге Путин познакомился с Киссинджером, когда тот приезжал для работы в комиссии Киссинджер-Собчак, и иногда Путин как заместитель мэра города сопровождал Киссинджера при переездах. При поездке в автомашине в одном из разговоров о прошлой службе Путин признался Киссинджеру, что он работал в разведке, на что тот отреагировал: «Все приличные люди начинали в разведке, я – тоже».
Публичная деятельность для Путина была в новинку, он осторожен. В своём первом интервью для СМИ он говорит, что главная задача КВС – координировать и направлять действия участников внешнеэкономических связей, снабжать их необходимой информацией, помогать заключать сделки, находить достойных зарубежных партнеров. В Путине говорит в большей степени разведчик, ступивший на минное поле, чем менеджер городского уровня. Он с трудом подбирает нужные слова, употребляет такие выражения, как «валютный кошелек города». На пути «унизительного процесса» – получения гуманитарной помощи из за рубежа – собирается ставить «дамбу». Он скован, зажат, и это заметно. Жителям Петербурга о существовании Путина известно, но большого интереса к его личности нет. Путин держится в тени своего харизматичного шефа, редко дает интервью, ни с кем публично не конфликтует. Путин вроде бы есть, но человека за должностью не видно.
В коридорах Смольного, однако, ситуация другая. В отличие от конфликтного Собчака, Путин легко находит общий язык с директорами оборонных предприятий, с армией и силовыми структурами, работниками мэрии и государственных организаций. Жизненным опытом Путин превосходит тех, с кем свела его судьба на новом поприще. Широко известный сейчас Кудрин уже курировал тогда городские финансы, но за плечами у него, кроме университета и аспирантуры, практически ничего нет. А Греф и вовсе ещё сидит в Петродворцовом районе, только начиная заниматься городской недвижимостью.
Во время событий 19–21 августа 1991 года Собчак при поддержке Путина организовал противодействие ГКЧП в Петербурге. После ликвидации ГКЧП В. Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ в звании подполковника запаса. Тогда же, 20 августа 1991 года, Путин написал заявление о выходе из КПСС. При этом он продолжил работу в мэрии Санкт-Петербурга. В это время Путин оказывается в центре скандала, связанного с его деятельностью в КВС мэрии. К началу зимы 1991 года город оказался фактически на грани голода: мэрия не имела ни одного договора на поставки в город продовольствия. Комитет внешних связей, возглавляемый Путиным, находился в поиске: нужно было что-то быстренько продать, а на вырученные деньги купить продукты за границей.
В качестве руководителя одного из важнейших комитетов мэрии Путин принимал активное участие в экономической деятельности региона. КВС Путина выступил соучредителем нескольких десятков и регистратором тысяч коммерческих предприятий в Санкт-Петербурге. Единообразной системы регистрации предприятий в это время ещё не существовало, и в качестве регистрирующих органов в городе выступали несколько подразделений администрации, в том числе и КВС, регистрировавший преимущественно совместные предприятия, а также другие компании с иностранным участием или экспортно-импортной сферой деятельности. Фирмы, получившие «путинскую» регистрацию, в базе данных мэрии в большинстве случаев легко опознаются по буквенному индексу АОЛ в номере свидетельства о регистрации (например: АОЛ-165, АОЛ-244 и т. д.).