В середине XV в. наследственные администраторы были выходцами из нескольких феодальных семей — Ино̄, служившие еще в камакурской администрации, Сэй, Дзибу, Мацуда, Сува, Накадзава, Фусэ.
В сборнике документов того периода «Бугё̄нин хо̄сё» («Административные директивы») перечислены должности, которые занимали администраторы.
Это — секретари сёгунского правительства (юхицусю),
советники (сикихёдзёсю),
судьи (хикицукэсю).
Представители административной службы сёгуната, монополизировавшие эти должности, на фоне основной массы самураев были весьма грамотным слоем общества, обладали опытом административной практики и серьезной юридической подготовкой. Они традиционно пользовались уважением в правящей элите и в обществе в целом.
То, что даже низшие звенья административного аппарата обладали монополией на наследственное замещение должностей, давало сёгунам определенную возможность бороться за ограничение влияние канрэй. Сёгун, опираясь на группу семей, наследственно связанных с его администрацией, и на свою личную систему охраны, стремился единолично контролировать политическую и судебную области деятельности правительства.
Впрочем, наследственный принцип формирования административного аппарата приводил и к некоторым отрицательным по следствиям. Среди наследственных чиновничьих групп был силен дух родственной и корпоративной солидарности, которая к концу XV в. сделалась так сильна, что сложилась ситуации, когда нередко горизонтальные связи оказывались значительно сильнее чем вертикальные. Таким образом, нарушалось взаимодействие между высшими и низшими уровнями в администрации.
Кроме того, это провоцировало конфликты между различными органами сёгунской администрации. Так, в 1485 г. возникло острое противостояние между бугё̄нин и стражей. Внешне повод глядел не особенно серьезно — вопрос был в том, где им располагаться во дворце сёгуна, в частности, на разнообразных приемах. На самом же деле речь шла об определении статуса каждой этих структур в системе власти.
Несмотря на прекращение противостояния двух династий, междоусобная борьба в стране продолжалась как столице, так и в провинциях, частности, полем самой интенсивной борьбы сделалась аграрная сфера. Междоусобные распри сопровождались переделом земель. Это отражало важные социально-экономические процессы, характерные для этого периода японской истории, и прежде все — разложение и распад сформировавшейся в X в. системы сё̄эн.
К XV веку сё̄эн претерпел серьезную трансформацию. Бывшие чиновники — назначенные в провинцию еще при камакурском сёгунате военные управители сюго и сборщики налогов дзито̄ сделались самыми крупными землевладельцами. Имея огромную власть в провинции, жалованные сё̄эн, они постепенно превращались в феодальных владетелей — сюго даймё̄. В то же время они сохраняли чиновничий аппарат сё̄эн и, передавая должности своим вассалам, усиливали таким образом свое влияние.
Соответственно, сам сё̄эн превратился в крупное феодальное княжеское владение вотчинного типа. Именно переход от системы среднего феодального владения к крупной феодальной собственности, к созданию княжеств, определил направленность всех социально-экономических и политических процессов Японии XV–XVI вв.
В отличие от сёэн, княжество, как правило, имело компактный земельный массив. В сёэн была более распространена отработочная рента, а в княжестве же была обязательна рента продуктами, во многом ориентированная на рынок. Создавая свои владения, сюго даймё должны были прилагать усилия для сохранения и укрепления своего положения в столице, где они обязаны были иметь свои резиденции. Хотя официально они не должны были постоянно присутствовать в столице, но с начала XV в. фактически сложились и действовали основы системы заложничества. Сёгун требовал присутствия губернаторов в столице, а когда они уезжали, то должны были оставлять там родственников (как правило, сыновей). Впрочем, сюго даймё зачастую были сами заинтересованы в длительном пребывании в Киото. Это позволяло им вместе с наиболее значительными феодальными домами участвовать в обсуждении неотложных проблем и в выработке политических и экономических решений, поддерживать контакты с бюрократией из окружения сёгунов, с богатыми торговыми домами — особенно, связанными с внешнеторговыми операциями. В то же время, это «вынужденно-добровольное» отсутствие сюго даймё в провинциях имело для них серьезные последствия. Там активно начали укрепляться их вассалы дзито̄, а также разбогатевшие и осевшие на землю самураи. Все они стали называться кокудзин («провинциалы») и постепенно утвердились как сильная местная власть. В японских исторических исследованиях эта социально-политическая и социально-экономическая ситуация получила название «гэкокудзё» («низы побеждают верхи»).
Сюго даймё в стремлении захватить землю, получить неоспариваемые права землевладельца-рёсю (рёсюкэн) вступали в ожесточенные конфликты с кокудзин. Последние для борьбы за свои интересы создавали объединения, лиги — кокудзин икки. При этом они опирались на сёгунские власти, которые любыми способами старались не допустить прочного объединения сюго даймё̄ в их борьбе с сёгунатом.
Жестокую борьбу с сюго даймё вел сёгун Ёсинори. Он начал, в частности, открыто вмешиваться в традицию наследования в семьях сюго, и, прерывая законный процесс получения наследственных прав, на основании собственных жалованных грамот передавал земельные владения другим феодальным семьям. Его репрессии даже доходили до казни сюго.
Такая политика привела сёгуна к трагическому концу. Конфискация им земель семьи Акамацу стало причиной убийства Ёсинори сюго и его сыном. Гибель Ёсинори стала сигналом к новому обострению феодальных распрей, борьбы сюго даймё̄ с кокудзин и друг с другом. Одновременно новый разворот приняла борьба внутри ближайшего окружения бывшего сёгуна, среди представителей могущественных феодальных семей, которые выдвигали своих претендентов на должность канрэй. К ним, кроме «трех главных фамилий» (санкан — Сиба, Хосокава, Хатакэяма) и «четырех министров» (сисёку — Ямана, Акамацу, Кёгоку и Иссики), принадлежали также О̄ути и Имагава.
Яркую картину как политико-экономической обстановки в стране, так и процесса формирования крупных феодальных владений дает история дома О̄ути. Сюго Оути Норихиро сумел создать владение в Ямагути, к которому постепенно присоединял все новые и новые территории. Его деятельность была всецело посвящена как расширению собственных земель, так и совершенствованию управления ими. Он и его потомки настолько преуспели в этом, что первые европейцы, появившиеся в Японии в 40-х годах XVI в., посчитали владения Оути «королев-ством».
Это не было ошибкой от незнания. Дом Оути вел широкую внешнюю торговлю с Китаем, и действия его представителей на этом поприще были настолько успешны, что О̄ути, так же, как и сёгуну Асикага Ёсимицу, в Китае был присвоен титул «ван (правитель) Японии». Равнозначность титула позволяла дому О̄ути вести торговлю с Китаем с самостоятельно, не обращаясь к сёгунским властям за официальным разрешением.
Во внутренних делах потомки Норихиро действовали столь же активно и решительно. При земельных спорах вассалов О̄ути Масахиро просто отбирал ленные земли и ставил их под свой жесткий контроль. Кроме того, Масахиро обязал наиболее близких вассалов жить в Ямагути, т. е. фактически осуществлял в миниатюре выработанную сёгунатом систему заложничества санкин ко̄тай. В 1485 г. он ввел штраф за каждый день самовольной отлучки из города. Если вассал возвращался в свое поместье без разрешения, его лишали статуса вассала.
Оути Масахиро, как и многие другие даймё, издавал законы распоряжения для территорий, находившихся под их контролем. Это были своеобразные кодексы (кахо̄), касающиеся самых различных сторон жизни. Хотя они считались кодексами семейного права, но сфера их действия была весьма широка — поддержание общественного порядка, контроль за торговлей, укрепление денежного обращения и пр. Помимо О̄ути, в XVI в. кахо были изданы феодальными домами Датэ, Имагава, Такэда и др.