Победы южного двора во многом объяснялись обострившимися противоречиями внутри бакуфу. Конфликт разгорелся между Асикага Тадаёси и братьями Ко. В 1348 г., окружив резиденцию Тадаёси в столице, братья Ко потребовали его отставки с поста представителя сёгуна в столице. Такаудзи оказался в сложном положении, поскольку его армия была в несколько раз меньше армии братьев Ко, и вынужден был искать компромисс. По соглашению, Тадаёси был отстранен от власти, и его место в столице занял Ёсиакира, сын Такаудзи, который пребывал в Камакура в качестве представителя сёгуна в Канто. В Камакура же был отправлен младший сын Такаудзи в сопровождении Ко-но Морофую и Уэсуги Нориаки. Казалось, что Тадаёси совсем ушел с политической сцены, тем более, что в 1350 г. он принял буддийское посвящение. Однако в 1351 г., когда Такаудзи и Ко̄-но Моронао отправились походом на Кю̄сю̄, Тадаёси попытался вступить в переговоры с южным двором. После их неудачи он начал собирать войско, чтобы захватить столицу и покончить с властью ненавистных ему братьев Ко. Г 1351 г. после тяжелейшего сражения за столицу Ёсиакира вынужден был покинуть город. Такаудзи, который к тому времени также потерпел неудачу в наведении порядка на юге страны, вернулся в столицу, где полновластным правителем сделался Тадаёси; братья Ко при возвращении были убиты, попав в засаду.
Теперь конфликт был перенесен в рамки семьи Асикага — отношения стали выяснять братья. Такаудзи хотел обеспечить передачу власти своим сыновьям, а не брату, и поэтому добивался того, чтобы следующим сёгуном стал Ёсиакира, а младший сын Мотоудзи — представителем сёгуна в Канто [Канто канрэй]. Люди были в растерянности, казалось, что страна разделена на 3 части, и борьба между ними будет вечной. Осенью 1351 г, между братьями, казалось, наступило примирение, но их вассалы и сторонники продолжали сражаться в разных частях страны. Подобное положение объективно играло на руку южному двору. Сознавая это, Такаудзи принес извинении южному двору, чтобы выиграть время. В ответ в столицу был направлен документ, в котором говорилось, что государство должно вернуться к положению годов Гэнко̄ (1331–1333), когда власть была у единого императора.
Отречением императора Суко (1348–1351) завершилось существование северного двора, и началось единое правление Сё̄хэй (1351–1352). В конце года произошла передача императорских регалий. Южный двор принял их, хотя и с оговоркой, что они поддельные. Возглавлявший «южан» Китабатакэ Тикафуса понимал смысл политической игры Асикага Такаудзи, но пошел ему навстречу, поскольку соглашение между дворами могло привести и образованию единого фронта противодействия бакуфу.
В начале 1352 г. в первом же сражении в Суруга
между братьями Асикага армия Тадаёси была разбита, а сам он был вынужден укрыться в горах Идзу. Такаудзи отправил ему мирные предложения, и Тадаёси сдался и отправился в монастырь Дзё̄мёдзи в Камакура, где весной того же года был отравлен и скончался.
После краха Тадаёси южный двор разработал план нападения на Такаудзи на востоке страны и на Ёсиакира в столице. На севере Канто̄ войско во главе с Нитта Ёсимунэ, к которому примкнули многие вассалы и сторонники Тадаёси, атаковали Камакура и вынудили Такаудзи покинуть город. До 1353 г. сражения в Канто̄ не прекращались, тем самым отвлекая силы бакуфу от столицы.
Весной 1352 г. армия южного двора вошла в столицу. Ёсиакира опять оставил город. 3 отрекшихся императора ветви Дзимо̄ин (Ко̄гон, Ко̄мё̄, Суко̄) и наследный принц Тадахито были отправлены во дворец Рокудзё под стражей.
Взятие столицы было блестящей победой южного двора, однако противник был очень силен. Через 20 дней Такаудзи отбил столицу, преодолев отчаянное сопротивление армии «южан».
Казалось, что после смерти Тадаёси внутри бакуфу должна наступить хотя бы временная стабильность, однако многие сторонники отвернулись от сёгуна и стали поддерживать Асикага Тадафую, старшего сына Такаудзи и племянника Тадаёси, которого отец не признавал, а воспитывал дядя. Тадафую был тандай в провинции Нагато (южная оконечность Хонсю̄). К концу 1351 г. он контролировал также и северную часть о-ва Кю̄сю̄, а в союзе с домами Мори (провинция Аки) и Ивами (провинция Идзумо) — всю западную часть государства. Лишившись покровительства Тадаёси, Тадафую перешел на сторону южного двора.
В 1353–1355 гг. столица 5 раз переходила из рук в руки. Только в апреле 1355 г. после тяжелых сражений Такаудзи смог окончательно в ней закрепиться. Некогда блестящая столица представляла собой тогда жалкое зрелище, город был почти полностью уничтожен пожарами.
Любопытно, что победа той или иной стороны зачастую зависела от того, какие части армий «меняли знамена». Известен пример Ямана, который из-за того, что не получил земельное владение от Такаудзи, перешел вместе со своим отрядом на сторону южного двора, что обеспечило захват столицы в 1353 г. Этот случай не был единственным, и подобные ситуации возникали в войсках на всех уровнях. Принципы японской воинской этики [Bushido — «путь воина»] тогда еще не сложились, и время гражданских войн периода Намбокутё выглядело отнюдь не героически. Оно было наполнено примерами бегства полководцев, трусости, подлости и предательства. По остроумному замечанию японского исследователя Като Сюити, «сущность бусидо проявилась во время правления военной диктатуры Токугава — уже после того, как воины перестали сражаться». После возвращения Такаудзи в столицу сопротивление сил южного двора практически прекратилось. Имели место только отдельные столкновения на Кю̄сю̄ и в провинции Синано. Асикага Тадафую ушел с политической сцены и скрылся где-то на западе страны. Еще в 1354 г. умер Китабатакэ Тикафуса, верный сторонник и продолжатель дела Годайго. Это была, вероятно, самая большая, после смерти Годайго, потеря для южного двора. Двор покинул Ёсино и переместился в провинцию Кавати, в монастырь Конгодзи.
В июне 1358 г. Асикага Такаудзи умер, и сёгуном стал Ёсиакира, который в следующем году совместно с Хатакэяма выступил против южного двора. Хатакэяма во главе армии двинулся к Кавати. Южный двор переживал тяжелые времена, многие его прежние сторонники перешли на сторону сёгуна. Военная кампания складывалась неблагоприятно для «южан», но по неясным причинам Ёсиакира прекратил боевые действия и вернулся в столицу. Более того, он предложил южному двору заключить соглашение.
Хатакэяма был крайне недоволен нерешительностью сёгуна вернулся со своей армией в Камакура. Вновь происходила перегруппировка сил. Никки Есинага со своим отрядом присоединился к южному двору, также поступил и Хосокава Киёдзи.
В начале 1362 г. силы южного двора двинулись к столице Ёсиакира покинул столицу вместе с императором. В 4-й раз армии южного двора вошла в столицу и, как уже неоднократно бывало, вновь была вытеснена оттуда войсками сёгуна менее, чем через 20 дней. После этих событий единственным очагом сопротивления оставался о-в Кю̄сю̄, находившийся под контролем принца Канэнага. Многие, даже самые верные, сторонники покинули южный двор. После смерти Гомураками в 1368 г. на сторону северного двора перешел Кусуноки Масанори. Новым императором ветви Дайкакудзи стал Тё̄кэй.
В 1371 г на Кюсю на должность тиндзэй тандай был назначен Имагава Садаё, один из самых блестящих людей своего времени. Он был знаменитым поэтом, талантливым военачальником. Помня о предыдущих попытках наведения порядка на Кюсю, Имагава действовал продуманно и постепенно. Сначала он добился соглашения с главой дома Оути [провинция Суо], потом, с помощью Хосокава, — соглашений с военными домами на о-ве Сикоку, и только затем предпринял наступление на Кюсю. В 1372 г. Имагава захватил дадзайфу, вытеснил Канэнага и вступил в должность. Однако полностью остров перешел под контроль бакуфу только после 1383 г., со смертью Канэнага.
Воссоединение императорского дома произошло в 1392 г. по Настоянию сёгуна Ёсимицу, когда император Гокамэяма согласился прибыть в столицу, где и произошло объединение дворов.
