Представляется, что своей земельной политикой Годайго хотел ликвидировать систему сё̄эн и вернуться к старинной надельной системе. Только в этом ключе можно понять действия императора в отношении части земельных владений Дайкакудзи, его политики отторжения владений, не соответствовавших рангу и должности владельца. Этими мероприятиями он подорвал экономическую основу южной ветви императорского дома, после чего она так никогда и не была восстановлена.
В 1334 г. Годайго начал капитальный ремонт, а, фактически строительство заново императорского дворца. В этом была объективная необходимость, поскольку дворец был разрушен несколькими пожарами, последний из которых в 1227 г. полностью уничтожил внутренние покои. Более 100 лет императоры жили или во дворцах знати или во временных дворцах (сато дайри). На реконструкцию требовался налог двух провинций Аки и Суо̄, а также 5 % годового дохода всех землевладельцев.
Годайго, вероятно не представлял или не хотел представить себе то место в обществе, которое занимали букэ. Он не выполнил чаяний поддержавших его в борьбе с Хо̄дзё̄ военных, и тем самым не просто лишил себя сторонников, но создал благоприятные условия для претендентов на власть, главным среди которых был Асикага Такаудзи.
В 1333 г. Такаудзи создал в столице бугё̄сё — «секретариат» для управления городом, фактически взявший на себя функции уничтоженного рокухара тандай. Как победитель, Такаудзи по сложившейся традиции должен был вознаградить своих вассалов земельными пожалованиями и должностями сюго и дзито̄, но он не получил такого права от императора. Тем не менее, на протяжении 1334 г. еще продолжалось мирное сосуществование Годайго и Асикага Такаудзи. Император, объявив о своей новой политике, создавал ведомства для управления государством, а Такаудзи, не принимая участия в этой деятельности, сохранял созданное им бугё̄сё. Когда Годайго направил принца Норинага своим представителем в Камакура, укрепляя тем самым свою власть на востоке страны, Такаудзи послал с ним своего брата Тадаёси для обеспечения военной охраны принца.
Такаудзи не был одинок в своем стремлении к власти. Его соперниками были Нитта Ёсисада, глава мусядокоро, и принц Моринага, который оставил пост главы школы Тэндай, получил титул сэйи тайсё̄гун. Принц Моринага был основным соперником Такаудзи, он был героем реставрации императорской власти, его поддерживали кугэ, и он мог опереться на военную силу Нитта и Нава. Такаудзи не нашел другого способа расправы со своим основным соперником, кроме навета. Он пожаловался императору, что Моринага готовит заговор против него, и император отправил своего старшего сына под арест к Тадаёси в Камакура.
В 1335 г. Ходзё попытались вернуться к власти. Силы Хо̄дзё̄ Токиюки захватили Камакура, вынудив Асикага Тадаёси и принца Норинага бежать. Во время этих событий Тадаёси отдал приказ убить принца Моринага. Такаудзи, не получив императорского указа, повел свою армию в Канто и отбил Камакура. Ходзё Токиюки покончил с собой.
После этих событий Асикага Такаудзи не захотел возвращаться в столицу под предлогом опасений за свою жизнь и начал строительство дворца в Камакура. Город быстро возродился и вновь стал процветать. Тем временем Такаудзи стал распределять земли и должности в Канто, ведя себя как сёгун. Когда он конфисковал земли Нитта Ёсисада и начал раздавать их своим вассалам, Годайго объявил Такаудзи «врагом трона», лишил его всех титулов и пожалований и приказал Нитта Ёсисада и Китабатакэ Акииэ восстановить императорскую власть в Канто̄. Однако для этого у него было явно недостаточно сил.
В начале 1336 г. Асикага двинулся на столицу и даже захватил ее, но, столкнувшись с сильным сопротивлением сторонников Годайго, через 4 дня оставил город, отступив на запад. Там он имел мало сторонников, но, умело используя недовольство самураев, а также то, что он выступал от имени отрекшегося императора Когон, сумел привлечь на свою сторону большое число буси. За поддержку он обещал им огромные пожалования: например, Хосокава — о-в Сикоку, Имагава — провинцию Биттю, Акамацу — Харима, Ники — Тамба и т. д.
В 1336 г., обеспечив себе поддержку юго-запада, Асикага Такаудзи вновь двинулся на столицу. Он разбил армию Нитта в битве при Минатогава в провинции Сэццу, после чего Нитта отступил к столице. Выступавший на стороне Годайго знаменитый воин того времени Кусуноки Масасигэ покончил с собой на поле боя, а сам Годайго укрылся у монахов на горе Хиэй.
Такаудзи вошел в столицу вместе с принцем Ютахито, братом отрекшегося императора Ко̄гон. Ютахито был возведен на трон под именем императора Ко̄мё̄. Годайго объявил, что только он как обладатель истинных императорских регалий является законным императором, а Ко̄мё̄ был возведен на трон с использованием фальшивых регалий. Сопровождаемый большим числом представителей аристократии и чиновников высоких рангов Годайго удалился в Ёсино. С того времени в государстве пои вились два двора — южный в Ёсино и северный в Киото.
Выбор Ёсино в качестве столицы южного двора определялся чрезвычайно удобными географическими особенностями этого места. Расположенное в горах, оно представляло собой естественную, природой созданную крепость, что во многом предопределило существование южного двора на протяжении около 50 лет. За это время был создан второй в истории страны сёгунат-бакуфу, в котором сменились 3 сёгуна, в Ёсино успели побывать на троне 4 императора, а в столице — 5.
Первоначально южный двор поддерживали 25 провинций из 66, причем география их бы ла разнообразной. Например, в то время, когда в 1335 г. Асикага искал союзников на юго-западе страны, Китабатакэ Акииэ собрал немало сторонников на северо-востоке, в провинциях Хитати и Муцу.
После поражения при Минатогава Нитта Ёсисада с принцами Цунэнага и Таканага удалился в провинцию Этидзэн, принц Myнэнага, покинув гору Хиэй, присоединился к Китабатакэ Тикафуса в Исэ, многие сторонники южного двора отправились в провинции Кии и Кавати собирать силы и готовиться к новым выступлениям.
В конце 1337 г. армия южного двора под командованием Китабатакэ Акииэ разбила армию Асикага Ёсиакира, сына Такаудзи, и захватила Камакура. Однако уже весной 1338 г. в битве при Сэкигахаре Акииэ потерпел поражение от армии Асикага, возглавляемой Тадаёси и Ко̄-но Морофую, и бежал в Кавати. Тем не менее, через месяц с небольшим он собрал силы и вновь двинулся к столице. Однако этот поход закончился гибелью Акииэ в сражении у местечка Исудзу в провинции Идзуми.
К 1338 г. окрестности столицы находились под контролем Асикага. Такаудзи получил титул сэйи тайсё̄гун от императора Ко̄мё̄. Таким образом, с того времени начал свое существование второй в истории Японии сёгунат — Муромати бакуфу.
Оставалась еще армия Нитта Ёсисада в провинции Этидзэн. Против нее Асикага выставили армию под командованием Ко̄-но Моронао и Ко̄-но Мороясу. Нитта вынужден был укрыться в Канагасаки. Осада его замка продолжалась несколько месяцев, но в конце концов он был взят. Ёсисада был смертельно ранен, принц Таканага покончил с собой, а принц Цунэнага был отправлен в столицу, где тоже погиб.
В 1339 г. умер император Годайго, и «южным» императором стал принц Норинага под именем Гомураками. Последующее десятилетие не было отмечено сколько-нибудь значительными событиями, но с 1347 г. успех стал сопутствовать южному двору. В то время в провинциях Кии, Идзуми и Сэццу его сторонников возглавлял Кусуноки Масацура. Он уже был известен своими удачными партизанскими вылазками. Обеспокоенные власти бакуфу направили в Идзуми армию во главе с Хосокава Акиудзи, которая была разбита. На помощь Хосокава была отправлена еще одна армия, которая тоже потерпела поражение. Это демонстрировало реальную опасность для существования бакуфу.
В 1348 г. большая армия под руководством братьев Ко — Моронао и Мороясу — атаковала Кусуноки Масацура в Кавати. Масацура погиб в сражении, что явилось тяжелым ударом не только для семьи Кусуноки, но и для армии южного двора. Путь на Ёсино открыт. Император Гомураками успел скрыться. Ко̄-но Моронао сжег все дворцовые постройки и уже торжествовал победу, но совершенно неожиданно был разбит войском Кусуноки Масанори младшим братом погибшего Масацура. Ко̄-но Мороясу также потерпел поражение в Кавати. После 13 лет противостояния южный двор стал одерживать победы. В 1349 г. начались переговоры о воссоединении императорского дома.
