В эпоху Камакура религиозный мир японцев сделался еще более многообразным. Однако при этом взаимодействие составлявших его основу синтоистских и буддийских представлений, стало только более устойчивым.
Вопрос о порядке престолонаследия обострился в 1272 г., после смерти отрекшегося императора Госага. Прямое правление Госага было кратковременным (1242–1246), но как отрекшийся император он стоял во главе императорского рода и оказывал влияние на политическую ситуацию в государстве на протяжении почти 30 лет. Отношения двора и бакуфу в то время были спокойными, а после того, как в 1252 г. сын Госага Мунэтака стал сёгуном — почти родственными.
Госага больше всего любил 4-го сына, будущего императора Камэяма, которого сделал наследником старшего сына Гофукакуса. Он также попытался закрепить передачу трона, по его линии, определив, что следующим наследным принцем будет сын Камэяма. Однако он так и не принял решения, кто из его сыновей возглавит императорский дом. После смерти Госага власти бакуфу, желая сохранить хорошие отношения с императорским двором, обратились к овдовевшей императрице с вопросом о последнем желании Госага. Затем на основании ее слов главой императорского дома был объявлен сам молодой император Камэяма. Впервые с XI в. правящий император оказался более значимой фигурой, чем отрекшийся. Это положение изменяло установившееся правило, что возглавлять императорский дом мог только отрекшийся император, и означало не что иное, как передачу политической власти правящему императору.
В 1274 г. Камэяма отрекся в пользу своего сына Гоуда, что вызвало крайнее неудовольствие Гофукакуса. Бакуфу на этот раз вмешалось, предложив Камэяма усыновить племянника и сделать его наследным принцем. Камэяма вынужден был согласиться.
В 1285 г. Камэяма издал несколько указов, в которых, в частности, регулировались правила поведения внутри и вне императорского дворца. Одновременно появился указ, разрешавший передачу земель буддийских и синтоистских храмов другим храмам или частным лицам, что означало юридическое признание процессов купли-продажи земли, происходивших в реальной жизни. Кроме того, Камэяма реформировал судебную систему кугэ, максимально приблизив ее к системе бакуфу.
В 1287 г. бакуфу потребовало отречения императора Гоуда и возведения на трон сына отрекшегося императора Гофукакуса. Причиной такого решения было обвинение в адрес Камэяма в подготовке заговора против бакуфу. Вероятно, слухи были инспирированы сторонниками Гофукакуса в императорском дворе. Гоуда был вынужден отречься, и на трон был возведен Фусими, сын Гофукакуса; последний же возглавил императорский дом. В 1290 году по инициативе бакуфу сын Фусими был провозглашен наследным принцем, а сын Гофукакуса — Хисаакира — сёгуном.
Император Фусими продолжил реформировать систему управления двора. Однако его деятельность была прервана вынужденным отречением в 1298 г., вызванным интригами, сходными с теми, что заставили отречься Камэяма. На трон был возведен Гофусими, а наследным принцем провозглашен сын Гоуда, внук Камэяма. С этого момента бакуфу как будто решило следить за последовательностью наследования двух императорских ветвей по линиям Гофукакуса и Камэяма. Так, в 1301 г. Гофусими вынужден был отречься, и в порядке установленной очередности на трон был возведен Гонидзё, а наследным принцем был провозглашен младший брат Гофусими — Ханадзоно.
Ветвь, ведущая начало от Камэяма, получила название Дайкакудзи (по названию резиденции Гоуда), а ветвь, ведущая начало от Гофукакуса, стала называться Дзимё̄ин (по названию резиденции Фусими). Каждая из ветвей имела более 100 сё̄эн. Впоследствии бакуфу разделило все сё̄эн императорского дома поровну между обеими ветвями.
Антагонизм внутри императорского дома нашел выражение и в их религиозной принадлежности. Так, Дайкакудзи были сторонниками сунского конфуцианства, дзэн-буддизма и китайского стиля в каллиграфии, в то время как Дзимё̄ин предпочитали хэйанскую культурную традицию и в литературе, и в каллиграфии, и в буддизме. Внутри придворной аристократии, кроме двух больших лагерей, постоянно возникали соперничающие между собой группы, поддерживавшие разных возможных претендентов на трон.
В этой атмосфере непрерывных интриг бакуфу в 1317 г. потребовало отречения императора Ханадзоно, возведения на престол Годайго и провозглашения наследным принцем Куниёси. Таким образом, представители Дайкакудзи заняли все высшие ступени иерархии императорского дома, во главе которого стал отрекшийся император Гоуда, отец Годайго. После смерти отрекшегося императора Фусими второстепенное положение Дзимё̄ин усугубилось отсутствием главы ветви.
Тогда же бакуфу издало указ, регулировавший порядок престолонаследия. Согласно ему, после вступления принца Куниёси на трон наследным принцем должен был быть провозглашен сын Гофусими принц Кадзухито (будущий император Ко̄гон). Кроме того, правление каждого императора не должно было превышать 10 лет, а Годайго не должен был пытаться сохранить трон дольше положенного.
Годайго взошел на трон в 1318 г. Ему был тогда 31 год, он был энергичен и имел четкие политические цели. Годайго стремился покончить с системой раннего отречения императоров, ликвидировать систему инсэй со всеми ее институтами, сосредоточить власть в руках императорского дома. Ограничения, введенные бакуфу, только утвердили его в правильности выбранного пути — возродить лучшее время японской государственности, которое, по его мнению, приходилось на годы правления императора Дайго (897–930).
В 1321 г. отрекшийся император Гоуда удалился от дел, передав свои права Годайго. В том же году поменяли название эры правления — Гэнко̄, — что подчеркивало серьезность намерения императора установить новый тип власти. Годайго окружил себя высокообразованными людьми: Ёсида Садафуса и Китабатакэ Тикафуса, принадлежавшими к Дайкакудзи, а также менее знатными, но не менее знающими и образованными Хино Сукэтомо и Хино Тосимото. Параллельно Годайго стремился упрочить экономическую основу императорского дома, впервые введя в 1322 г. налог с изготовителей сакэ в Киото. Однако основные усилия императора были направлены на борьбу с бакуфу.
В 1311 г. после смерти Садатоки во главе дома Ходзё стал его 9-летний сын Такатоки, сиккэн с 1316 г. В исторической традиции о нем сохранилось мнение как о бесхарактерном, даже слабоумном человеке, что, видимо, и объясняет тот факт, что главной фигурой в бакуфу стал Нагасаки Такасукэ, представитель миутибито. Внутри бакуфу разгорелась борьба за власть, усилившаяся после отставки Такатоки в 1326 г. и освобождения поста сиккэн.
Усугубляли внутреннее положение акуто — «плохие отряды». Это понятие существовало на протяжении всего первого бакуфу и включало в себя как разбойников, воров, бродяг, так и группы мелких и средних землевладельцев, выступавших против местной власти в сё̄эн. Если первые, бродившие по городам и деревням небольшими группами, занимавшиеся воровством и азартными играми, выделявшиеся в толпе странными одеждами, деревянными мечами и длинными бамбуковыми шестами, доставляли бакуфу сравнительно небольшие неприятности, то вторые, хорошо организованные и вооруженные, с конца XIII в. стали представлять реальную опасность. Вероятно, это было одним из проявлений противоречия двойственной структуры управления, когда на провинциальном уровне власть была в руках представителей бакуфу, а на уровне земельных владений — аристократии, монастырей и храмов и в меньшей степени самураев.
Последний всплеск активной внутренней политики бакуфу относился к 1318 г., когда оно пыталось навести порядок в западных провинциях областей Санъё и Нанкай, отдав распоряжения местным сюго и гокэнин разрушить укрепления акуто̄ в их провинциях. Было разрушено более 20 укреплений, многие акуто убиты. Однако спокойствие было кратковременным. В то же время бакуфу обязало гокэнин, имевших владения по побережью Внутреннего Японского моря, охранять наиболее важные порты от пиратов. Однако слабость власти бакуфу проявилась, когда на севере Хонсю вспыхнула междоусобная война в доме Андо, а армия оказалась не в состоянии справиться с этими трудностями.
