Ранние японские города (Фудзивара, Нара, Киото, Камакура) создавались как политические и религиозные центры. В XIV в. в большинстве владений и монастырей на перекрестках дорог и водных путей возникли небольшие, до 1000 жителей, поселения нового типа, т. н. фуцука ити. В них 2, 12 и 22 числа каждого месяца места торговали рынки, что и составляло экономическую основу жизни их обитателей.
В период Камакура бакуфу возникло также около 30 сюкубамати — городков, создававшихся вокруг постоялых дворов на дороге Токайдо, соединявшей Хэйан и Камакура. Еще одной популярной трассой была Санъё̄до, соединявшая Хэйан и Хакато, где также выросло около 15 сюкубамати.
Новой чертой экономической жизни страны в рассматриваемый период было развитие денежных отношений. И знать, и власти бакуфу признали, что монеты были более удобным эквивалентом обмена, чем рис или ткани. После неудачных попыток периода Нара ввести денежное обращение «сверху», оно стало развиваться само по себе, несмотря на чинимые ему препятствия. Дело в том, что с установлением торговых отношений с сунским Китаем оттуда, наряду с редкими, изысканными товарами для «высшего» общества, в Японию стала ввозится медная монета. Китайцы пытались бороться с этим, и в 1199 г. в Китае был издан указ, запрещавший экспорт монет в Японию, а в 1254 г. количество японских кораблей, которым разрешалось заходить в китайские порты, было ограничено до пяти в год. Однако все было тщетно. Количество вывозившихся в Японию монет только росло.
В результате развития денежного обращения в Японии появилась новая категория населения — ростовщик (касиагэ, или кариагэ). Активно ссужали деньги под процент богатые торговцы, тоимару портовых городов, а также сансо̄ — монахи монастыря)Энрякудзи и некоторых других монастырей. Монахи становились ростовщиками, поскольку получали большие доходы от сё̄эн, а также приношения прихожан в денежном выражении.
В 60-х гг. XIII в. к Японии проявил интерес Хубилай, внук Чингисхана и один из наследников созданной им гигантской евразийской империи. В 1268 г. на о-в Кюсю прибыло монгольское посольство с посланием от Хубилая. Тон его был примирительным, а в сопроводительном письме правитель Корё (одного из государств на Корейском п-ове) заверял, что целью монголов было установление мирных отношений с Японией, а не ее покорение. Только несколько месяцев послание Хубилая доставили в Камакура, но, поскольку оно было адресовано «королю Японии», правительство бакуфу переправило его императорскому двору в Киото, где его оставили без ответа. В 1269 и 1271 гг. монголы повторно направляли посольства в Японию, но ответа так и не добились.
Такое поведение японской стороны, по-видимому, было вызвано тем, что японцы были в достаточной степени осведомлены о событиях на материке. Их информаторами были как южносунские купцы, так и многочисленные буддийские монахи, прибывавшие из Китая. На основании имевшихся сведений японцы сочли, что монголы представляли для них угрозу. Сохранилось распоряжение бакуфу, направленное сюго провинции Сануки на о-ве Сикоку. В нем сообщалось, что монголы задумали злое дело, собираются напасть на Японию, и давалось указание немедленно оповестить об этом всех гокэнин провинции и организовать оборону. Вероятно, подобные распоряжения были разосланы всем сюго на юго-западе страны. В 1271 г. в Китае воцарилась новая династия Юань, основателем которой был Хубилай. В 1273 г. под властью Юань оказалось и Корё, которому в 1274 г. было дано распоряжение построить и оснастить флот в 900 кораблей и собрать армию в 5 тыс. чел. Через несколько месяцев совместная монголо-корейская армада вышла в море и двинулась в направлении Японских о-вов. Она атаковала острова Цусима и Ики, которые, несмотря на отчаянное сопротивление, были захвачены и разграблены. Через несколько дней иноземный флот вошел в залив Хаката.
На о-ве Кюсю им противостояла сравнительно небольшая по численности армия (по подсчетам современных японских ученых не более 3,5–6 тыс. чел.). Кроме того, японцы впервые столкнулись с регулярной, хорошо вооруженной армией, владевшей различными тактическими приемами. От поражения японцев тогда спас шторм.
Японцы понесли большие потери, но и нападавшие потеряли около 2/3 армии, погибшей не столько в сражениях, сколько во время сильного шторма, уничтожившего большую часть монголо-корейского флота. Тайфун получил название ками кадзэ — «божественный ветер», ниспосланный богами для спасения государства.
Предполагая возможность повторного монгольского нападения, бакуфу предприняло ряд мер для обеспечения безопасности. В 1275 г. всем буси на о-ве Кюсю было приказано организоваться в отряды, объединявшие воинов 2-3-х провинций, и нести сторожевую службу по 3 месяца. Бакуфу также отдало приказ гокэнин Канто̄, имевшим владения в юго-западной части государства, отправится в эти владения. По юго-западному побережью были возведены фортификационные сооружения. Каменные стены протяженностью 20 км к востоку и западу от Хаката имели высоту 1,5–2,8 м и ширину основания 1,5–3,4 м и располагались в 50 км от моря. Остатки этих укреплений сохранились и сегодня.
Кроме того, в наиболее стратегически важные провинции были назначены новые сюго — представители дома Ходзё. Бакуфу укрепило оборону столицы, направив туда Хо̄дзё̄ Токимори и других известных гокэнин. Всем воинам столичной провинции Ямасиро — гокэнин и не-гокэнин — вменили в обязанность нести сторожевую службу по охране города. План обороны включал в себя также атаку Корё, являвшегося опорной базой империи Юань для нападения на Японию. Наконец, был отдан приказ всем сюго организовать в буддийских и синтоистских храмах провинций специальные службы о защите Японии и поражении ее врагов. Все эти меры усилили власть бакуфу, во главе которого в то время стояли Ходзё Токимунэ и Адати Ясумори.
В 1275 г. в Японию прибыло посольство от императора Юань. Ответ бакуфу на этот раз не заставил себя ждать — все посольство было казнено. Немедленного возмездия за это со стороны монголов не последовало: в то время империя Юань была занята войной с Южной Сун.
К 1279 г. сунская империя пала, ее император был пленен. Теперь для нападения на Японию Юань могли использовать сунский флот. В том же году Хубилай приказал построить 600 кораблей, и совместно с командующими сунской армией разработал план похода на Японию. Согласно ему нападение на Японские о-ва должны были осуществить две флотилии: Восточная, дислоцировавшаяся в Корё, и Южная — в юго-восточном Китае. Восточная располагала 900 кораблями с 10 тыс. корейских и 30 тыс. монгольских воинов. Южная флотилия состояла из 3,5 тыс. боевых кораблей со 100-тысячным сунским войском. Эти цифры, приводящиеся в исторических источниках, вероятнее всего, сильно преувеличены, но даже, если их уменьшить в 10 раз, на Японские о-ва направлялась огромная, сокрушительная сила. По плану флотилии должны были встретиться у о-ва Ики, и совместно начать атаку Японских о-вов.
В 1279 г. Хубилай направил в Японию еще одно посольство с посланием, в котором говорилось, что если японское государство не подчинится его власти, то его ждет судьба Южных Сун. Это посольство было также казнено японцами.
В 1281 г. Восточная флотилия вышла из Коре и направилась к японскому побережью. Она вновь разрушила острова Цусима и Ики и двинулась к Хаката, но воздвигнутые каменные укрепления не позволили армии высадиться, и они захватили о-в Сига. Японцы яростно сопротивлялись, используя небольшие суда. Монголо-корейская флотилия вынуждена была отступить на о-в Ики. Южная флотилия задержалась из-за смерти командующего, поэтому первоначальный план был несколько изменен, теперь встретившись в Хирадо, обе флотилии направились в залив Хаката. Когда они подошли к побережью и готовы были высадиться, разыгрался сильный шторм, который фактически уничтожил юаньский флот. Уцелевшие корабли ушли в Корё, оставив на произвол судьбы частично высадившуюся юаньскую армию. Во втором походе противник потерял около 100 тыс. чел., от 70 до 90 % своих сил. Вновь природа оказались на стороне Японии.