Жан-Батист Бори де Сен-Венсан во главе научного отряда, состоявшего из девятнадцати ученых, в том числе историка Эдгара Кине (1803–1875), архитектора Гийома Абеля Блуэ (1795–1853) и военного инженера-картографа Пьера Пейтье (1793–1864), высадился с фрегата «Кибела» в Наварине 3 марта 1829 года, присоединившись к французскому экспедиционному корпусу под командованием Жозефа Мезона. Здесь он встречается с начальником штаба экспедиционного корпуса генералом Антуаном Симоном Дюрье, уроженцем провинции Ланды, которого знал уже с десяток лет. Этот генерал обеспечил разжалованному полковнику дружеское содействие в научных исследованиях. Бори де Сен-Венсан, руководя своим ученым десантом, пребывал в Греции на протяжении восьми месяцев, проводя работы в Пелопоннесе, Аттике и на островах Кикладского архипелага, которые до сих пор не утратили своей научной ценности для страноведения: топографические карты, сделанные его отрядом, как считается, и поныне непревзойденного качества, а зарисовки, планы, чертежи, графические реконструкции разрушенных памятников сыграли свою ведущую роль в описании и систематизации эллинского наследия.

Новый атлас к истории Ионических островов Бори де Сен-Венсана от 1823 года

Гравюра полковника Жана-Батиста де Сен-Венсана. Настоящие и древние обитатели острова Корфу (Керкиры)

Жан-Батист Бори де Сен-Венсан. Гравюра от 1832 года вида Мессины с моря

Возвратившись из своей продолжительной научной командировки, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан в начале 1830-го да получил академическое место в Институте, ставшее вакантным после смерти Жана-Батиста де Ламарка: тогда среди прочих за него проголосовали астроном Франсуа Араго (1786–1853), анатом и палеонтолог Жорж Кювье (1769–1832), а также химик барон Жак Луи де Тенар (1777–1857). В это же время он выступает вместе со своим старым другом Пьером Латреем в качестве одного из соучредителей энтомологического общества Франции, которое было старейшим из подобных научных объединений в мире. В ходе знаменательных событий Июльской революции 1830 года, вознесших на престол герцога Луи-Филиппа Орлеанского, он храбро сражался на стороне повстанцев на баррикадах в парижском предместье Сен-Жермен. Победа, одержанная повстанцами, возвращает маршала Сульта на пост Военного министра (1830–1834), в результате чего 3 ноября того же года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан оказывается восстановленным в своем чине и привилегиях полковника Генерального штаба, которых он лишился пятнадцать лет тому назад: он продолжил службу в армии, совмещая ее со своей исследовательской деятельностью, откуда уволился в 1842 года, то есть за четыре года до своей смерти. 1 мая 1831 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан (спустя двадцать лет без одного дня) был произведен в офицеры Почетного легиона. Однако, оказавшись избранным 5 июля того же года депутатом 3-го коллежа от округа Лот-и-Гаронна (Марманд) на место своего друга виконта де Мартиньяка, он из-за своих резко прогрессивных для своего времени взглядов (в частности, заявлений против наследования титула пэрства Франции, противоречащего равенству всех перед законом) сдал свой мандат уже 19 августа на том основании, что совмещал государственную службу с постом законодателя. Опять же мандат вернулся его товарищу виконту де Мартиньяку.

В 1832 году он опубликовал свой замечательный отчет об исследовании Греции под названием «Доклад о путешествии ученой комиссии из Мореи по Пелопоннесу, островам Кикладского архипелага и Аттике», упрочивший его известность в научной среде, благодаря которому он удостоился избрания свободным членом Академии наук 17 ноября 1834 года.

24 августа 1839 года была создана Комиссия по научному исследованию Алжира подобно тому, как это уже делалось в отношении Египта (1798 год) и Мореи (1829 год): в этот период вновь завоеванный французами Алжир еще пребывал в состоянии смуты. Возглавив саму комиссию, полковник генерального штаба Жан-Батист Бори де Сен-Венсан подготовил экспедицию в эту страну, куда он прибыл в самом начале 1840 года, начав свои изыскания с древних городов средиземноморского побережья. Он возвратился из Алжира в первом квартале 1842 года, затем неустанно занимаясь отчетами о своей военно-научной экспедиции. В итоге им были опубликованы следующие произведения: «О флоре Алжира» (1843 год), «Об антропологии Французской Африки» (1845) и «Научное исследование Алжира в 1840, 1841 и 1842 гг.», Физические науки (1846–1867).

Обращение полковника Бори де Сен-Венсана в Военное министерство по поводу экспедиции в Морею от 16 мая 1833 года

Разумеется, тяжелые условия алжирской экспедиции окончательно подорвали его пошатнувшееся ранее здоровье, что его подвигло выйти в отставку в том же 1842 году. Тем не менее, до конца своих дней этот выдающийся исследователь, неутомимый труженик и благородный авантюрист продолжал мечтать о новой научной экспедиции на острова Индийского океана, но этим, несомненно, героическим планам уже не суждено было осуществиться. Он умер в своей парижской квартире на улице де Бюсси, 6, 22 декабря 1846 года в возрасте шестидесяти восьми лет, оставив после себя лишь долги и ценный гербарий, проданный в следующем году. Его останки упокоились на столичном кладбище Пер-Лашез (49 дивизион).

Наряду с Жаном-Батистом де Ламарком, полковник Жан-Батист Бори де Сен-Венсан являлся одним из первых авторов биологической теории трансформизма видов, положившему начало эволюционизму, в противоположность теории их неизменности (фиксизма). В этой связи знаменательно, что его 17-томный «Классический словарь естественной истории» путешествовал вместе с Чарльзом Дарвином на «Бигле», когда великий англичанин собирал и систематизировал материалы для своей теории эволюции и происхождении живой природы. Между тем Бори де Сен-Венсан, следуя Аристотелю, говорил о спонтанности (случайности) возникновения жизни при переходе от состояния неодушевленной материи (абиогенез) к одушевленным существам, тогда как считал человечество, появившимся от нескольких расовых пар, будучи сторонником теории полигенеза, в отличие от моногенеза, которого придерживаются авраамические религии. Сторонником полигенеза был и знаменитый французский мистический философ, эзотерик и тамплиер Антуан Фабр д’Оливе, хотя последний, разумеется, не разделял аристотелианского воззрения случайности возникновения мироздания, придерживаясь на этот счет платонического видения. Кстати, некоторые современные философы и историки науки связывают случайность порождения жизни по Аристотелю с Теорией большого взрыва, ныне преобладающей в науке космологической моделью. И в этом смысле полковник Жан-Батист Бори де Сен-Венсан являлся предшественником замечательного ученого-иезуита, христианского эволюциониста Пьера Тейяра де Шардена (1881–1955).

Впрочем, личная жизнь, в отличие от научной деятельности, у французского офицера не сложилась. Первый раз он женился в Ренне, где находился его гарнизон, на Анне-Шарлоте Делакруа де ла Тебодэ, с которой имел двух дочерей: Клотильду, рожденную 7 февраля 1801 года, и Августину, увидевшую свет 25 мая 1803 года, которую он называет «моя маленькая Антигона», и с кем он останется наиболее близок на протяжении всей своей жизни. Этот брак, по его словам, заключенный слишком рано, чтобы быть счастливым, долго не продлился. Вскоре он развелся с женой. Она умерла в 1823 году. Уже после объявления проскрипции от 24 июля 1815 года и своего бегства в Руан Жан-Батист Бори де Сен-Венсан встречает актрису руанской трупы Театр-Франсе Марию Гро: она за ним следует в годы изгнания между 1815 и 1820 гг. Кассильда, их первая дочь, родилась 17 мая 1818 года, а Атангида, вторая дочь, появилась на свет 22 июля 1823 года, но уже после развода своих родителей. Говорят, что больше Жан-Батист Бори де Сен-Венсан женщинами практически не интересовался, поскольку его поглощала одна неугасаемая страсть – наука и познание неведомого. Вот потому он и умер в одиночестве, уподобившись своему земляку и капитану мушкетеров д’Артаньяну.