Его первая полноценная научная экспедиция состоялась по рекомендации известного французского зоолога и политика графа Бернара-Жермена де Ласепеде (1756–1825), уроженца Ажена, в 1800 году, когда Жан-Батист Бори де Сен-Венсан получил место штатного ботаника на одном из трех корветов, отправлявшихся в Австралию. Ставший офицером натуралист был назначен на судно, капитаном которого являлся замечательный мореплаватель и картограф Николя Боден (1754–1803), проведший свою короткую, но яркую жизнь во французских заморских территориях от Пондишери до Вест-Индии. После захода на Мадейру, Канарские острова и в Кабо-Верде и уже пересекши мыс Доброй Надежды Жан-Батист Бори де Сен-Венсан покидает судно капитана Николя Бодена из-за внезапного конфликта за столом, о котором-то и вспомнить нечего, и, перейдя на другой корабль, проводит в одиночку (с ограниченными средствами) исследование нескольких островов в морях у побережья Африки: все же авантюризма дворянскому отпрыску из Новой Аквитании было не занимать. В марте 1801 года он оказывается на острове Маврикии, откуда держит путь на остров Реюньон, где в октябре того же года совершает восхождение (2623 метра в высоту) на верхний кратер действующего вулкана Питон де ла Фурнез, первое научное описание которого принадлежит его перу. В декабре 1801 года он узнает о смерти профессора Деода Грате де Доломьё, еще трудясь над исследовательским отчетом о вулкане, одному из кратеров которого он присваивает имя этого замечательного французского геолога, минералога и своего наставника по Горной школе, но, разумеется, не забывает и себя, назвав верхний кратер Бори. На обратном пути он проводит естественнонаучные исследования на острове Святой Елены, совсем не подозревая, что здесь пройдут последние дни его любимого императора. Он возвратился во Францию 11 июля 1802 года, узнав, что его мать умерла, так и не дождавшись сына. В следующем году он издает Эссе о Счастливых островах древней Атлантиды, или Заметки по общей истории Архипелага Канарских островов, за что избирается корреспондентом Национального музея естественной истории в августе 1803 года. В 1804 году он публикует свое Путешествие на четыре главных острова Африканских морей, посвященное французскому военачальнику и сановнику Матье Дюма (1753–1837), а весной 1808 года становится корреспондентом первого класса Института Франции (секция физических наук). Кстати, рецензентом вышеупомянутого путешествия был Жан-Мари Дюфур (1780–1865), в будущем известный врач и натуралист, на естественнонаучный талант которого, пожалуй, первым обратил внимание Жан-Батист Бори де Сен-Венсан.

Вернувшись в отчизну, Жан-Батист де Сен-Венсан, уже будучи в чине капитана, получил назначение в 5-й драгунский полк 3-го армейского корпуса маршала Даву. 3 октября 1804 года уже в качестве капитана-адъютанта штаба он направлен в знаменитый Булонский лагерь, где формировалась великая армия Наполеона Бонапарта: это событие предшествовало коронации последнего в императоры и было приурочено к принятию войсками присяги новоиспеченному французскому монарху, что и совершилось в начале декабря того же года.

Вполне задалась у земляка капитана мушкетеров и военная карьера, которую в действительности можно назвать наполовину штабной и наполовину полевой. В первые годы он лично принимает участие в сражениях, находясь в боевых порядках наполеоновской армии, в том числе во время Австрийской кампании при Ульме (15–20 октября 1805 года), Аустерлице (2 декабря 1805 года), а в Прусской при Йене (14 октября 1806 года) и Фридланде (14 июня 1807 года). Длительно пребывая за рубежом, ему удается составлять и корректировать карты местностей и провинций, по которым шли французские войска, среди которых Швабия и Франкония. Посетив Баварию, Вену и Берлин он с удивлением находит свои естественнонаучные произведения переведенными на немецкий язык и знакомится с представителями ученого сообщества Австрии и Пруссии – в Вене с ботаником Николаусом Йозефом фон Жакеном (1727–1817), а в Берлине с ботаником и фармацевтом Карлом Людвигом Вильденовым (1765–1812). Германские ученые от души отблагодарили французского офицера ценными подарками. С октября 1808 года он прикомандирован к штабу маршала Нея, а через год направлен к маршалу Сульту, герцогу Далматинскому, где продолжил службу в должности адъютанта этого военачальника. Благодаря своему мастерству как графика Жан-Батист Бори де Сен-Венсан уже в чине майора начинает работать на французскую военную разведку, с которой был тесно связан его новый начальник маршал Сульт. В 1811 году он назначен шефом эскадрона, став в конце года подполковником и Рыцарем Почетного легиона. Находясь в ставке маршала Сульта, с 1809 по 1813 гг. он принимает участие в Испанской кампании, отличившись при осаде Бадахоса весной 1811 года, в сражениях при Квебаре и Альбуэре (16 мая 1811 года). Случилось так, что он даже в течение пятнадцати дней командовал гарнизоном своего родного города Ажена. Затем со штабом маршала Сульта и его армейским корпусом он покинул Испанию: во время Германской кампании 1813 года ему довелось повоевать в сражении при Лютцене (2 мая 1813 года), а затем в битве при Баутцене (20–21 мая 1813 года). Несмотря на эти победы наполеоновская армия откатывается все дальше на запад, и уже в 27 февраля в ходе Французской кампании Жан-Батист Бори де Сен-Венсан участвует в баталии при Ортезе (27 февраля 1814 года), далее он сражается при Тулузе (10 апреля 1814 года), а на следующий день, убыв с поля боя, создает по линии военной разведки в своем родном Ажене отряды бонапартистских партизан и диверсантов. Здесь же его застает известие о первом отречении императора Наполеона I (13 апреля 1814 года) и ссылке его на остров Эльбу, что, разумеется, вынудило подполковника Бори де Сен-Венсана вернуться в Париж к своему маршалу, который в новом правительстве занял пост военного министра. В этом же году ему присвоен чин полковника. 10 октября 1814 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан был назначен на должность начальника так называемого Военного депо, куда входили картотеки и архивы Военного министерства, в том числе секретные. На этом месте он прослужил вплоть до своей проскрипции 25 июля 1815 года, когда начался новый, но не менее авантюрный период его жизни. Разумеется, работа в качестве шефа военных архивов Франции и предоставила ему возможность ознакомиться с подлинным древнееврейским манускриптом «Ламуила», чей перевод на французский язык, исполненный бравым полковником, вышел уже в следующем году во время скитаний по Европе нашего героя. Опять же надо быть именно авантюристом, чтобы броситься от ботаники, вулканологии и картографии в гебраистику и библеистику! Но земляка д’Артаньяна это никак не смутило: он хорошо знал, что авантюра может быть опасной, но она всегда несет в себе больше возможностей для реализации, нежели они есть в повседневной жизни. Мелкопоместный гасконский дворянин прекрасно чувствовал то, что мы сегодня называем открытием окон Овертона. И разве весьма избитая «истина», что талантливый человек талантлив во всем, не превращается тем самым в своеобразный парадокс: талантливый авантюрист талантлив во всем?

По возвращении императора Наполеона I Жан-Батист Бори де Сен-Венсан избирается представителем от Ажена в Палату Ста Дней и заседает в ней во фракции либералов. Он требует конституции, произнося пламенную речь с трибуны, и, заявляя о своем патриотизме, яростно выступает против министра полиции Жозефа Фуше, герцога Отрантского. Полковник Бори де Сен-Венсан не смог принять участия в битве при Ватерлоо, поскольку благодаря своему депутатскому мандату не имел права отлучаться из законодательного собрания. Затем приказом вышеупомянутого Жозефа Фуше от 24 июля 1815 года он был внесен в проскрипционный список из 57 человек, служивших Наполеону в течение Ста Дней после того, как уже принесли присягу Людовику XVIII, в связи с чем перешел на нелегальное положение. Первое время ему удавалось скрываться в долине Монморанси: отсюда он опубликовал свое Обоснование поведения и мнений господина Бори де Сен-Венсана. Закон об амнистии, провозглашенный Людовиком XVIII от 12 января 1816 года, уже не оставлял ему убежища во Франции и он, используя поддельные документы, перебрался в Льеж под чужой фамилией (тогда-то в Льеже и был издан «Ламуил»). Далее: по запросу выдающегося ученого Александра фон Гумбольдта его пригласил поселиться в Берлине монарх Пруссии, однако, по истечении 18 месяцев прусские власти его выдворяют из Аахена, предписав ему местопребывания Кёнигсберг или Прагу. Его друг латиноамериканский ботаник Франсиско Антонио Зеа предложил ему службу в генеральском чине в новообразованной Республике Колумбия при президенте Боливаре, где сам Зеа являлся вице-президентом, но беглый и уже разжалованный полковник отклонил это приглашение.