У 1239 г. памёр Герман фон Зальца - выдатны дзеяч Тэўтонскага ордэна. Менавiта дзейнасць гэтага хохмайстра стварыла тую аснову, на якой узняўся магутны будынак ордэнскай дзяржавы.
Маюцца звесткi, што войска ордэна прымала ўдзел у вайне з мангола-татарамi ў 1240-1241 гг., але не вельмi ўдала.Татары разбiлi аб'яднаныя хрысцiянскiя войскi ў 1241 г. пад Лягнiцай, у баi быў паранены прускi ландмаршал.
У саюз з прусамi супраць ордэна ўвайшоў паморскi князь Святаполк. Вiдавочна, ён першы зразумеў, што пасля заваёвы паганаў-прусаў прыйдзе чарга i да суседнiх хрысцiянскiх земляў. Пасля непрацяглай, але кровапралiтнай вайны ордэн з дапамогай польскiх князёў перамог. Па мiрнай дамове ў 1242 цi 1243 г. Святаполк абавязаўся дапамагаць крыжакам ва ўсiх войнах з паганамi. Аднак праз непрацяглы час князь, аб'яднаўшыся з прусамi Судовii, спустошыў Хэлмiнскую зямлю i разбiў крыжацкае войска, пры гэтым загiнуў прускi маршал. Святаполк патрабаваў вярнуць яго сына, якi знаходзiўся ў руках ордэна як закладнiк. Браты-рыцары адмаўлялiся, заклiкаючы князя скарыцца. Святаполк збудаваў на востраве пасярод Вiслы замак Зантыр i перакрыў крыжакам водны шлях. У ходзе новай вайны ордэн з дапамогай крыжакоў з Германii i Польшчы зноў узяў верх. Святаполк быў змушаны ў 1246 г. заключыць мiр, абавязацца парваць адносiны з прусамi, дапамагаць у барацьбе з паганствам, сына пакiнуць у закладзе. Аднак i гэтая сутычка была не апошняй. Толькi ў 1248 г., вычарпаўшы свае сiлы, Святаполк пры пасрэднiцтве папскага легата заключыў мiрную дамову.
Браты-рыцары таксама з дапамогай легата 7 лютага 1249 г. увайшлi ў пагадненне з новахрышчанымi прусамi з Памеранii, Вармii i Натангii. Мясцовыя хрысцiяне атрымлiвалi пэўныя правы: маглi самастойна купляць i прадаваць зямлю, распараджацца рухомай маёмасцю, уступаць у шлюб. Яны абяцалi крыжакам не палiць сваiх памёршых, трымацца хрысцiянства, быць вернымi ордэну. Аднак прусаў-хрысцiянаў было яшчэ вельмi мала, ды i тыя не цвёрда трымалiся новай веры. Яны ў хуткiм часе аб'ядналiся з язычнiкамi, перакрылi дарогi памiж крыжацкiмi замкамi, знiшчылi вялiкi атрад тэўтонскага войска.
Ордэну зноў дапамаглi крыжакi, якiя ў 1257 г. прыбылi з Германii ў вялiкай колькасцi. З iх дапамогай ордэн заваяваў Памеранiю, Вармiю, Натангiю, Бартыю i Галiндыю. Мясцовы люд быў змушаны прыняць хрысцiянства.
У 1252 г. ордэн ваяваў Памор'е, а праз год заключыў новы мiр са Святаполкам на ўмовах, што калi той што-небудзь зробiць супраць ордэна, то пазбавiцца горада Гданьска.
З дапамогай заходнеэўрапейскiх крыжакоў у 1254 г. была заваёвана Самбiя, а праз год збудавалi замак Кёнiгсберг. Супрацiўленне прусаў узмацнiлася пасля таго, як аб'яднанае войска прускай i лiвонскай частак ордэна разам з датчанамi пацярпелi моцную паразу ад лiцвiнаў у 1259 г. ля возера Дурбе. У тыя ж часы лiвонская фiлiя ордэна ваявала з мясцовымi плямёнамi, Псковам, Ноўгарадам i маладой яшчэ дзяржавай - Вялiкiм Княствам Лiтоўскiм.
У супрацьстаяннi з паганамi крыжакi не лiчылi абавязковым прытрымлiвацца нормаў хрысцiянскай маралi. Ордэнскi войт Вармii i Натангii брат Вальрад Мiрабiлiс сабраў на пiр да замка Ленцэнберг мясцовых арыстакратаў. Тыя прыйшлi без асаблiвай насцярожанасцi, бо такое адбывалася ўжо не адзiн раз. Калi госцi як след захапiлiся пiтвом i ежай, па загаду войта ў памяшканнi, дзе адбываўся пiр, былi зачынены дзверы i вокны, а дом падпалены. Вырвацца з полымя не здолеў нiхто. Гэты выпадак выклiкаў абурэнне ў Прусii i паспрыяў разгортванню паўстання супраць ордэна.
Толькi Хэлмiнская зямля i Памезанiя захавалi вернасць крыжакам, бо ўжо амаль поўнасцю былi заселеныя каланiстамi-хрысцiянамi. Самбiйскiя, натангiйскiя, вармiнскiя, пагезанскiя, бартыйскiя прусы паўсталi. Размах барацьбы, выбухнуўшай у вераснi 1260 г., быў такiм, што ледзь не знёс уладу ордэна ў Прусii. У шэрагу выпадкаў кiраўнiкамi паўстаўшых сталi людзi, якiх крыжакi ў маладых гадах выслалi да Германii для выхавання з iх руплiўцаў хрысцiянства. Тыя хрысцiяне, хто не паспеў схавацца па замках, былi забiтыя або захопленыя ў палон. Паўстанцы палiлi касцёлы, каплiцы, дамы хрысцiянаў, забiвалi святароў. Хранiст паведамляе, як аднаго святара самбiйцы паклалi галавой памiж двух бярвенняў i, сцiскаючы iх, павольна задушылi, гаворачы са здзекам, што ня смеюць пралiваць крывi такой святой асобы. Некаторых палонных прусы прыносiлi ў ахвяру сваiм багам. Так, у поўным узбраеннi на канi быў жыўцом спалены адзiн з палонных рыцараў.
Браты-рыцары сядзелi абложаныя ў замках. Двойчы з Германii да iх прыходзiла дапамога i двойчы прусы разбiвалi крыжакоў. Паўстанцы актыўна спрабавалi здабыць замкi Кёнiгсберг, Кройтцбург, Бартэнштайн i авалодалi двума апошнiмi. Залога Кройтцбурга пакiнула замак i ратавалася ўцёкамi, але яе дагналi i ўсю пабiлi. Залога з Бартэнштайна здолела ўратавацца дзякуючы хiтрасцi. Немцы ноччу цiшком выйшлi, а ў замку застаўся стары рыцар, якi рэгулярна званiў у звон, быццам заклiкаючы на набажэнства. Прусы не заўважылi падман. Доўга трымаўся замак Хейлзберг у Вармii, нягледзячы на пастаянныя штурмы i абстрэл з абложных машын. Урэшце залога здолела ўцячы i схавацца ў Эльблангу, прывёўшы з сабой 12 прускiх закладнiкаў. Iх асляпiлi i так выпусцiлi. Была выкрыта змова з прусамi двух крыжакоў. Ландмайстар загадаў спалiць здраднiкаў жыўцом. Каб спаленыя былi пагане, то ўсё скончылася б цiха, але тут за празмерную жорсткасць да хрысцiянаў ландмайстра пазбавiлi пасады.
Паўстанцы захапiлi малыя ордэнскiя замкi, а буйныя трымалi ў шчыльнай аблозе. Верныя ордэну Хэлмiнская зямля i Памезанiя аказалiся спустошанымi.
У 1263 г. крыжакам ўдалося задушыць паўстанне ў Самбii, аднак у iншых месцах вайна працягвалася. Натангiйскiя прусы разграмiлi крыжакоў у Хэлмiнскай зямлi, прычым загiнуў ландмайстар i некалькi дзесяткаў рыцараў. Шмат пацярпеў замак Радзынь. Яго двойчы захоплiвалi паўстанцы i двойчы крыжакi адбiвалi.
З Германii падыходзiлi ўсё новыя i новыя падмацаваннi. Урэшце з канца 1272 г. ордэн пачаў браць сiтуацыю пад кантроль. Пасля амаль 14-гадовай вайны былi прыведзеныя ў пакору Вармiя, Натангiя, Бартыя i iншыя вобласцi. Ужо ў 1274 г. заваёва новых вобласцяў у Прусii аднавiлася - на чаргу сталi Скаловiя, Надравiя, Судовiя. Аднак агонь паўстання ўсё яшчэ не патухаў. Крыжакi душылi яго з вялiкай жорсткасцю. Прускi ландмайстар Конрад фон Цiрберг амаль усiх жыхароў Пагезанii выселiў у iншыя вобласцi, шмат людзей уцяклi ў Беларусь i разам з сем'ямi аселi ў ваколiцах Гораднi.
