На вайне i ў мiрны час iснавала жорсткая дысцыплiна. Спагнаннi можна было замянiць на пакаранне бiзуном, якое рыцар атрымлiваў у палатцы магiстра. У час адбывання спагнання забiралi каня i зброю, якую маглi часова аддаць iншаму. Гэта была вельмi цяжкая кара. У мiрны час каралi бiзунамi, зняццем плашча i працай разам з нявольнiкамi. Самай вышэйшай карай было выгнанне з ордэна без вызвалення ад шлюбаў, што ставiла вiнаватага па-за грамадствам. Такое пакаранне давалася за ўцёкi з поля бiтвы, адступленне ад веры, скаталожнiцтва, продаж пасадаў i годнасцяў i да т. п.
Лягчэйшай карай з'яўлялася пазбаўленне плашча на год за знiшчэнне дакументаў ордэна.
У мiрны час, каб не губляць навыкаў, крыжакi павiнны былi страляць з лукаў па птушках i паляваць на львоў (у Палестыне) i iншых буйных звяроў.
Войска Тэўтонскага ордэна адрознiвалася ад феадальных армiяў, яно мела ўзорна дысцыплiнаваныя аддзелы, якiя складалiся з майстроў ваеннай справы. Крыжакi ўмелi будаваць i здабываць замкi. Заўжды мелi добрую сiстэму разведкi.
Дакладна акрэсленым i адрэгуляваным было кiраванне. На чале Тэўтонскага ордэна стаяў вялiкi магiстр (па-нямецку хохмайстар). Ён выбiраўся пажыццёва генеральнай капiтулай, якая складалася з краёвых магiстраў (ландмайстраў), чыноў ордэна i сяброў сталiчнага канвента*. Пасля смерцi хохмайстра яго вопратку аддавалi ўбогiм, а аднаго ўбогага кармiлi цэлы год. Абраны намеснiк паведамляў аб скананнi кiраўнiка правiнцыйным магiстрам i прызначаў дзень выбараў новага хохмайстра. У дзень выбараў пасля малiтвы i iмшы аб Св. Духу чыталi правiлы i статут ордэна. Затым кожны брат прамаўляў 15 разоў "Ойча наш" i частавалi 13 убогiх.
* Канвент - орган мясцовага кiраўнiцтва, складаўся з рыцараў, святароў, службовых братоў.
Потым намеснiк (сам ён у выбарах не ўдзельнiчаў) выбiраў аднаго брата, якi кiраваў выбарамi, той абiраў другога выбаршчыка, другi трэцяга i так далей да 13. У iх лiку былi 8 рыцараў, ксяндзы, службовыя браты. Старалiся па меры магчымасцi абiраць прадстаўнiкоў розных правiнцый ордэна.
Выбаршчык не мог быць незаконнанароджаным або несцi ў гэты час пакаранне. Выбаршчыкi прысягалi, што нiчога не ўчыняць з-за непрыязi, нянавiсцi, страху, а будуць галасаваць за самага вартага. Разам з галоўнымi чынамi ўсе сябры капiтулы давалi прысягу прызнаць выбар пад пагрозай выгнання з ордэна. Калi хто з выбаршчыкаў сам быў кандыдатам на пасаду хохмайстра, то яго адсылалi да капiтулы, а тая прадстаўляла новага. Каб стаць хохмайстрам, патрэбна было набраць больш паловы галасоў выбаршчыкаў, гэта значыць не менш сямi.
Пасля выбару званiлi па ўсiх касцёлах, спявалi, праводзiлi ўрачыстасцi. Намеснiк вёў новага хохмайстра праз алтар, напамiнаў абавязкi, уручаў пярсцёнак i пячатку. Калi пад час выбараў хохмайстра не было на месцы, то аб выбраннi абвяшчалi толькi на капiтуле.
Хохмайстар з'яўляўся кiраўнiком ордэна, гаспадаром ордэнскай дзяржавы, камандзiрам войска. Аднак яго ўлада не была бязмежнай. Мусiў лiчыцца з думкай генеральнай капiтулы, якая збiралася штогод 14 верасня, i з голасам сталiчнага канвента, комтурам якога быў ён сам. Пастаянна пры хохмайстры знаходзiўся так званы кампаньён (ад'ютант). Хохмайстар не мог прызначаць свайго намеснiка, а толькi рэкамендаваць кандыдата на гэтую пасаду. Адчуваючы наблiжэнне смерцi, аддаваў пячатку аднаму з рыцараў i той вёў справы да выбару новага хохмайстра, калi ж капiтула хацела, то выбiрала новага намеснiка.
Пасля пераезду хохмайстра ў Прусiю ў Мальбарк пры iм утварылася рада, якая не прадугледжвалася статутам. Яна складалася з пяцi найвышэйшых саноўнiкаў (вялiкага комтура, вялiкага маршала, вялiкага шпiтальнiка, вялiкага шатнага, вялiкага скарбнiка) i аднаго з комтураў. Гэтыя шасцёра тварылi цесную раду. Яна часам пашыралася праз уключэнне ордэнскiх эканомаў (мальборскага i кёнiгсбергскага) i некаторых комтураў. З цягам часу функцыi большасцi саноўнiкаў адмерлi (за выключэннем маршала i скарбнiка), а тытулы засталiся.
На чале правiнцый стаялi правiнцыйныя магiстры (ландмайстры). У лепшыя часы iх было аж сем: прускi, нямецкi, iнфлянцкi (лiвонскi), аўстрыяцкi, апулiйскi, грэчаскi, арменскi. Потым iх колькасць зменшылася.
Вялiкi комтур быў намеснiкам хохмайстра ў кiраваннi дзяржавай. Пры адсутнасцi хохмайстра ў выпадку небяспекi ён меў права камандаваць армiяй. У мiрны час загадваў арсеналамi, вырабам рыштунку, складамi збожжа, а на вайне кiраваў абозам i быў галоўным iнтэндантам войска. Яму падначальваўся наземны i водны трапспарт. З'яўляўся адным з двух чыноў, якiя мелi ключы ад скрынi з пячаткай ордэна. Памочнiкам вялiкага комтура быў малы комтур.
Вялiкi маршал - намеснiк хохмайстра ў кiраўнiцтве войскамi, у выпадку адсутнасцi хохмайстра - кiраўнiк войска. У час мiру дбаў аб ваеннай падрыхтоўцы армii, у ваеннай выправе сачыў за парадкам на маршы, высылаў варту. Не меў права пачынаць бiтву без дазволу хохмайстра.
Вялiкi шатны загадваў складамi адзення, пральнямi, збраёўнямi, дзе захоўвалiся панцыры. Калi братоў было яшчэ няшмат, шатны ўсiх iх трымаў пад увагай, наглядаў за строямi i адпаведнасцю iх статуту. Новае адзенне выдаваў адзiн раз у год.
Вялiкi шпiтальнiк загадваў адпаведна шпiталямi (iх колькасць з цягам часу дасягнула некалькiх соцень), у першую чаргу галоўным шпiталем ордэна.
Вялiкi скарбнiк (гэтая пасада з'явiлася каля 1240 г., а да гэтага скарбам займаўся вялiкi комтур) вёў рахункi i распараджаўся скарбам ордэна. Золата i срэбра прымаў i складваў у скарбнiцу ў прысутнасцi хохмайстра з вялiкiм комтурам. Стан ордэнскага скарбу быў дзяржаўнай таямнiцай. Кожная з трох названых асоб мела па ключу ад скарбнiцы. Адчыняць яе маглi толькi разам. Скарбнiк плацiў грошы па даручэнню хохмайстра, вялiкага комтура цi вялiкага маршала, штомесяц складаў справаздачу.
Ордэнская дзяржава ў Прусах мела некалькi эканомаў. Два галоўныя з iх мальборскi i кёнiгсбергскi - называлiся вялiкiмi. Эканомы кiравалi ўсiм гандлем ордэна. Мальборскi экспартаваў у першую чаргу збожжа, кёнiгсбергскi бурштын, лён i вырабы з дрэва.
Дзяржава Тэўтонскага ордэна дзялiлася на акругi - камтурыi. На чале iх стаялi комтуры, якiя мелi вялiкую ўладу i самастойнасць. Комтур камандаваў войскам сваёй акругi, судзiў у земскiх судах сам або праз намеснiка, зацвярджаў змены гаспадароў у маёнтках, збiраў падаткi i ўвогуле правiў усёй акругай. Яму дапамагаў вiцэ-комтур. Комтурства iснавала там, дзе набiраўся поўны канвент - уласна кляштар крыжакоў. У канвенце мела быць сама меней 12 братоў-рыцараў, 6 братоў-святароў i па два службовыя браты на кожнага рыцара усяго 24. Ксяндзоў звычайна было менш чым 6, часта толькi адзiн, астатнюю колькасць набiралi з лiку клiрыкаў цi псаломшчыкаў. Увогуле духавенства не мела значнай ролi ў ордэне. Канвент быў самастойнай адзiнкай, сам распараджаўся даходамi з комтурства.