17 июня 1836 года МД МВД был преобразован. Из него и Канцелярии гражданского генерал-штаб-доктора создали два новых департамента. Один из них, в новом составе и под началом директора – гражданского генерал-штаб-доктора сохранил название Медицинского департамента и был предназначен для управления штатами и служебной деятельностью медицинских чиновников, соответствующими учебными заведениями, делами судебной медицины и медицинской полиции. Другой департамент – казенных врачебных заготовлений – призван был заниматься хозяйственной деятельностью МВД. Несколько десятков задач, поставленных перед вновь образованным Медицинским департаментом, охватывали все возможные в то время сферы организации здравоохранения. Обязанности по судебно-медицинским делам сформулированы в общей форме: 2-е отделение обязано было рассматривать судебно-медицинские «рапорты и свидетельства по жалобам мест и лиц».

28 апреля 1837 года утверждено положение об испытаниях на ученые степени, но оно не затронуло медицинских работников. 28 декабря 1838 года были приняты правила испытаний всех лиц, занимающихся врачебной практикой. Одним из требований этих правил для соискателей степени доктора медицины или доктора медицины и хирургии был стаж службы лекаря (по первому отделению – четыре года, по второму – пять лет). Вольнопрактикующие обязаны были иметь на один год стажа больше. Числившиеся по третьему отделению к испытаниям на докторскую степень не допускались. Экзамены русских граждан проводились на латинском языке, в том числе по судебной медицине. Иностранцы экзаменовались на одном из европейских языков. Желающий получить звание штаб-лекаря должен был иметь звание лекаря и прослужить в нем: состоящий в первом отделении – четыре года, причисленный ко второму отделению – пять лет, к третьему – семь. В число обязательных лекарских экзаменов входило судебно-медицинское вскрытие трупа. К экзамену на звание инспектора врачебной управы не допускались не знающие русского языка и не состоявшие на службе, а также, «по крайности», не имеющие хотя бы звания доктора медицины, доктора медицины и хирургии или штаб-лекаря; требовалось также прослужить на казенной службе не менее десяти лет; в испытание, кроме того, входил судебно-медицинский осмотр трупа человека или животного (или проведение судебно-медицинского анализа) с составлением на русском языке рапорта или свидетельства. От экзамена по судебной медицине освобождались профессора медицинских высших учебных заведений, корпусные доктора и доктора военных госпиталей 5 и 6 классов.

8 января 1842 года введено утвержденное императором 11 декабря 1841 года новое положение о Медицинском совете (МС), зафиксировавшее, что это учреждение является «высшим в государстве врачебно-ученым, врачебно-полицейским и врачебно-судебным местом». Отныне председатель МС, как и постоянные его члены, должен был являться врачом. Никакая мера по медицинскому устройству не могла быть представлена на высочайшее утверждение без предварительного обсуждения в МС. Секретарь МС избирался из числа совещательных членов с последующим утверждением министром внутренних дел. Основаны Канцелярия и библиотека МС.

26 мая 1842 года погребение тел неизвестных людей, найденных мертвыми вне жилищ или умерших в полицейских помещениях, возложено на городскую и земскую полицию.

26 мая 1843 года при Медицинском департаменте была введена должность «искусного и опытного химика». В 1845 году МС признал необходимым, чтобы половина взятых на судебно-химическое исследование объектов направлялась в МД для контрольного анализа. Отменено это было только в 1870 году.

Указом от 14 февраля 1844 года МС предписано врачам давать заключения только в пределах своей компетенции, не входя в рассуждения о предметах, подлежащих рассмотрению и определению суда. При назначении освидетельствований судебные власти должны указывать цель и ставить ясные и определенные вопросы. В то же время МС отметил, что при некоторых судебно-медицинских исследованиях (по делам о детоубийстве, самоубийстве, изнасиловании) часто открываются обстоятельства, тесно связанные с вопросами об умысле, неосторожности, виновности подсудимых, на которые судебный врач обязан обратить внимание суда.

Доктора медицины и хирургии и доктора медицины с получением диплома приобретали права потомственного почетного гражданства (если не имели прав дворянства до того), а при вступлении на службу пользовались преимуществами чина 8-го класса, в котором утверждались через 4 года выслуги со старшинством со времени поступления в службу. Лекари, магистры фармации (аптекари) и магистры ветеринарных наук имели те же преимущества, но чин 9-го класса, провизоры и ветеринары – 10-го класса, аптекарские ученики и действительные студенты университетов – 14-го класса. Ветеринарные помощники и «дентисты» с получением свидетельства освобождались из податного состояния, а по вступлении в службу пользовались преимуществами 14-го класса, но утверждались «в оном без старшинства: первые после четырех, а последние по истечении двенадцати лет службы». В приложенных к указу штатах давались классы, к которым, в зависимости от ведомственной принадлежности и других обстоятельств, относились должности медицинских работников.

15 ноября 1854 года проведена регламентация выдачи врачебных свидетельств. Определено, что свидетельства о болезни имеют силу судебно-медицинского акта только тогда, когда освидетельствование произведено по требованию надлежащего «присутственного места» или начальства, при особо командированном от сего места или начальства депутате и по удостоверению местною полицией в тождестве больного, если врач или депутат не знают его лично. По личной же просьбе всяким врачом могут выдаваться свидетельства:

1) о привитии оспы и о здоровом телосложении (при поступлении в учебное заведение);

2) о смерти от обыкновенных болезней для получения разрешения на погребение;

3) о болезни или смерти лица, которого данный врач лечил, с указанием цели, для которой свидетельство выдается.

Силу судебно-медицинского акта перечисленные в п. 2 документы получают лишь после их утверждения губернским медицинским управлением, о чем получивший свидетельство должен просить начальника губернии или губернское правление.

9 августа 1857 года государством были предприняты шаги к созданию системы подготовки уездных и городовых врачей. Было предусмотрено направление на два года 20–30 выпускников Медико-хирургической академии (МХА) и университетов в больницу чернорабочих в Санкт-Петербурге со всеми служебными правами и содержанием 300 руб. серебром в год. При больнице создавался штат профессоров-консультантов по патологической анатомии, судебной медицине и микроскопии, хирургии и одного по химии и фармации с содержанием: первым по 1000 руб., а последнему по 800 руб. серебром в год. По окончании занятий врачи назначались на 2–3 года в города и уезды. Больницу подчинили непосредственно Медицинскому департаменту.

Медицинскому совету предписано принимать участие в научной деятельности врачей-практикантов и в оценке выполненных ими работ.

15 октября 1857 года Комитет министров рассмотрел записку министра внутренних дел от 20 сентября 1857 года об увеличении числа медицинских стипендиатов в университетах и об улучшении содержания врачей вообще. В записке отмечалось, что на медицинских факультетах университетов и в МХА, помимо стипендиатов Военного и Морского министерств, обучалось 95 бывших воспитанников приказов общественного призрения МВД. Предлагалось выделить для них 30 казенных стипендий с обязательством с их стороны отслужить по ведомству МВД десять лет. Отмечая низкое, по сравнению с прочими, содержание врачей гражданского ведомства, министр внутренних дел отметил, что для исправления такого положения требуется до 300 тыс. руб. серебром в год. Поскольку таких денег казна выделить не могла, предлагалось ввести «платные услуги»: вознаграждения врачей за составление свидетельств, судебно-химические исследования и т. п. Окончательное разрешение этого вопроса откладывалось до принятия и утверждения в законодательном порядке.