Труды Якоба Бёме вскоре стали известны миру и привлекли внимание тех, кто был способен осознать и оценить их истинный характер. Он нашёл много друзей и последователей среди высоких и низких, богатых и бедных, и казалось, что в священнической и фанатичной Германии должно было произойти новое излияние Духа Истины.
В это время Якоб Бёме написал ряд книг и памфлетов: «Аврора», «Три принципа божественного бытия», «Тройная жизнь человека», «Воплощение Иисуса Христа», «Шесть теософских пунктов», «Книга земных и небесных тайн», «Библейское исчисление продолжительности мира», «Четыре сложности», «Защита»; книга о «Порождении и знамении всех существ», об «Истинном покаянии», «Истинном возрождении», «Сверхчувственной жизни», «Возрождении и божественном созерцании», «Избрании благодати», «Святом крещении», «Святом причастии», «Дискурсе между просветлённой и непросветленной душой», эссе «Молитва», «Таблицы трёх принципов божественного проявления», «Ключ к наиболее выдающимся мирам», «Сто семьдесят семь теософских вопросов», «Теософские письма» и другие небольшие работы и статьи по философским вопросам.
В марте 1624 года, незадолго до смерти, для Якоба Бёме началось время великих страданий. В 1623 году Абрахам фон Франкенбург издал несколько работ Бёме под названием «Путь ко Христу», и появление этой книги, полной божественной истины, вновь воспламенило зависть и ярость злобного пастора из Гёрлица, разгоревшегося в пламя от наблюдения за тем, с какой благосклонностью книга была принята истинными просвещёнными умами. С величайшей яростью он снова начал свои гонения на Якоба Бёме, проклиная и понося его с кафедры. Он также опубликовал против него пасквиль, полный личных оскорблений и вульгарных эпитетов, в которых не было ни разума, ни логики; но вместо них – бесчисленная клевета, такая, какую мог придумать или измыслить мозг человека, обезумевшего от страсти.
На этот раз Бёме не остался пассивным, как в прошлый раз, но передал городскому совету письменную защиту в оправдание своего поступка, и, кроме того, написал ответ Рихтеру, отвечая в спокойной и достойной манере на каждый пункт возражений Рихтера, уничтожая его аргументы силой своей логики и силой истины. Эта защита была выдержана не в ироническом стиле, а пронизана любовью и жалостью к заблуждающемуся человеку, скромная и красноречивая до такой степени, какую редко можно встретить даже среди величайших ораторов.
Однако городской совет, вновь запуганный крикливым священником, не принял защиту Бёме, а выразил пожелание, чтобы тот добровольно покинул город. Городской совет выразил ему своё желание в форме благонамеренного совета, чтобы спасти себя от участи еретиков, которая заключалась в сожжении на костре по приказу курфюрста или императора, любой из которых мог бы быть склонен охотно прислушаться к представлениям духовенства, будучи предположительно мало колеблющимся, чтобы отдать необходимый приказ, если прихоть священства может быть удовлетворена такой сравнительно незначительной вещью, как казнь беспокойного человека, нарушающего их покой.
Бёме, повинуясь этому совету, который, как он прекрасно знал, был замаскированным приказом, покинул Герлиц 9 мая 1624 года и отправился в Дрезден, где нашёл приют в доме врача по имени Бенджамин Хинкельман. Там он получил множество почестей и предложения помощи, но он оставался скромным, написав другу, что намерен уповать не на кого-нибудь, а на Бога живого; и что, пока он это делает, он полон радости и всё хорошо.
Примерно в это время Бёме, по приказу курфюрста, пригласили принять участие в учёной дискуссии, которая должна была состояться между ним и некоторыми из лучших богословов того времени, включая двух профессоров математики. Дискуссия состоялась, и Бёме поразил своих оппонентов глубиной своих идей и необычайными познаниями в области божественных и естественных вещей, так что, когда курфюрст попросил их вынести своё решение, богословы попросили время, чтобы ещё раз исследовать вопросы, которые Бёме представил им, и которые, казалось, выходили за пределы того, что они считали себя способными постичь. Один из этих теологов, Герхард по имени, сказал, что он не принял бы весь мир, если бы ему предложили взятку за осуждение такого человека, а другой, доктор Майсснер, ответил, что он того же мнения, и что они не имеют права осуждать то, что превосходит их понимание; и таким образом можно увидеть, что не все теологи были подобны Грегориусу Рихтеру, но что в духовной профессии, как и в любой другой, могут быть мудрецы и глупцы. Таких богословов, благородного ума и без фанатизма, отныне можно было встретить среди почитателей и друзей Якоба Бёме, и при каждой встрече он относился к ним с уважением.
Вскоре после этого он написал свой последний труд под названием «Таблицы, касающиеся Божественного проявления», и, вернувшись в свой дом, заболел лихорадкой. Его тело начало опухать, и он объявил своим друзьям, что время его смерти близко, сказав: «Через три дня вы увидите, как Бог пришёл со мной». Тогда они спросили его, желает ли он умереть, и он ответил: «Да, по воле Божьей». Когда его друзья выразили надежду найти его выздоровевшим на следующий день, он ответил: «Да, по воле Божьей», и добавил: «Да поможет Бог, чтобы всё было так, как вы говорите. Аминь».
Это произошло в пятницу, а в следующее воскресенье, 20 ноября 1624 года, перед часом ночи Бёме позвал своего сына Тобиаса к своей постели и спросил его, не слышит ли он прекрасную музыку, а затем попросил открыть дверь в комнату, чтобы лучше слышать небесные песни. Позже он спросил, который час, и когда ему ответили, что часы пробили два, он сказал: «Это ещё не время для меня, через три часа будет моё время». После паузы он снова заговорил и сказал: «Ты, всесильный Бог Забаот, спаси меня по воле Твоей». Он снова сказал: «Распятый Господь Иисус Христос, помилуй меня и возьми меня в Царство Твоё». Затем он дал своей жене некоторые указания относительно своих книг и других мирских дел, сказав ей также, что она не переживёт его надолго (что и произошло), и, оставив сыновей, сказал: «Теперь я войду в рай». Затем он попросил своего старшего сына, чей любящий взгляд, казалось, удерживал душу Бёме от разрыва телесных уз, повернуть его, и, издав один глубокий вздох, его душа отдала тело земле, которой оно принадлежало, и вошла в то высшее состояние, которое не известно никому, кроме тех, кто испытал его сам.
Враг Якоба Бёме, фанатичный староста Грегориус Рихтер, отказался достойно похоронить труп философа, и, поскольку городской совет Гёрлица, опять же в страхе перед священником, колебался и не знал, что делать, уже было решено отвезти тело для погребения в сельскую местность, принадлежащую одному из друзей Бёме, и в этом случае, несомненно, произошла бы ссора, и церемония была бы нарушена населением, чьи предрассудки были возбуждены духовенством. Но в назначенное время прибыл католический граф Ханнибал фон-Дрон и приказал похоронить тело в торжественной обстановке и в присутствии двух членов городского совета. Так и произошло, но пастор притворился больным и принял лекарство, чтобы избежать необходимости произносить заупокойную проповедь, а священник, произнёсший проповедь вместо него, хотя он сам давал отпущение грехов и причастие Бёме незадолго до смерти последнего, начал свою речь с выражения глубокого отвращения к тому, что его заставили сделать это по приказу Совета.
Некоторые друзья Бёме в Силезии прислали крест для возложения на его могилу, но вскоре он был уничтожен руками какого-то фанатика, который вообразил, что хочет угодить Богу, оскорбляя память человека, который был несносен для священников, но который сделал больше для того, чтобы донести до человечества истинное знание о Боге, чем священники когда-либо делали в современное или древнее время. Этот крест был искусно украшен оккультными символами. На вершине был изображён пылающий крест с надписью на иврите IHSVH и двенадцатью золотыми лучами. Под ним были инициалы его любимого девиза и изображение ребёнка, спящего и покоящегося на черепе, что означало возрождение через мистическую смерть. Далее следовала надпись: «Здесь покоится тело Якоба Бёме, рождённого от Бога, умершего в IHSVH и вознесённого Святым Духом». Справа от этой надписи было изображение чёрного орла на горе, наступающего на большую свернувшуюся змею, держащего правым когтём пальмовый лист, а в клюве – ветку лилии. На этом изображении было написано Vidi. На левой стороне был изображён лев с золотым крестом и короной. Правой задней лапой лев стоял на камне в форме куба, а левой – на глобусе; в правой лапе он держал пылающий меч, а в другой – горящее сердце с надписью Vici. Нижеописанной надписи находилось ещё одно изображение овальной формы, изображавшее агнца с епископской митрой и посохом, стоящего возле пальмы, рядом с текущим источником, на поле, покрытом различными цветами. Внизу была надпись Veni. Значение этих трех слов следующее: In mundum Veni; Satanam descendere Vidi; Infernum Vici. Vivite magnanimi1. Наконец, на нижней части креста были начертаны последние слова, произнесённые Бёме: «Теперь я войду в рай».
