Клеопатра VII родилась в 69 году до н. э. и была третьим ребёнком в семье египетского царя Птолемея XII, носившего прозвище Авлет («флейтист»), и таким образом род её по прямой восходил к первому Птолемею, македонскому военачальнику, в 323 году до н. э., после смерти Александра Великого, ставшему правителем Египта. Точных сведений о том, кто был её матерью, нет, но, поскольку Птолемиды восприняли кровосмесительный обычай фараонов брать в жёны сестёр, можно предполагать, что и в её жилах текла греческая кровь.
Ко времени появления Клеопатры на свет Египет был богатым, но политически нестабильным государством. Империя Птолемеев, некогда простиравшаяся на севере далеко в Малую Азию, а на востоке включавшая в себя Сирию, ныне сжалась до размеров одного лишь Египта. Возраставшая мощь Римской империи уже поглотила многие земли, прежде принадлежавшие династии Птолемеев, и на Капитолии утверждали, будто царь Птолемей, в благодарность за военную и финансовую помощь, оказанную ему Римом, в завещании добровольно «отписал» ему своё государство. Таким образом, угроза аннексии висела над Египтом постоянно, а его население, у которого чужеземная династия популярностью не пользовалась, всё менее и менее могло отстаивать свою независимость.
И потому Птолемей Авлет, исходя из того, что у Египта больше нет ресурсов для функционирования в качестве великой и независимой державы, предпочёл не ссориться с воинственными римлянами, а предложить им свою помощь. История знает много подобных примеров, когда властители второразрядной страны ищут покровительства у сверхдержав. Эта добровольно принятая на себя роль сателлита снискала ему репутацию слабого государя, но Клеопатра поняла и оценила прозорливость своего отца и сама впоследствии строила внешнюю политику на союзе с могучим Римом.
В 59 году до н. э. Птолемей, чей трон зашатался из-за внутренней смуты и из-за экспансии Рима, попросил Юлия Цезаря и Помпея (вместе с Крассом они образовали «первый триумвират») публично подтвердить, что они признают его право на власть в Египте. Те согласились; Птолемея провозгласили «другом и союзником римского народа», но обошлось ему это дорого. За услугу подобного рода пришлось уплатить 6000 талантов, что приблизительно соответствовало годовому доходу страны. Зная, что выжать такую сумму из своих разорённых подданных невозможно, Птолемей занял её у римского ростовщика Гая Рабирия Постума, но и это сослужило ему дурную службу. Новый титул царя не произвёл на его подданных должного впечатления, и те продолжали устраивать смуты и заговоры против него. Спустя два года, не в силах навести в стране порядок, он вновь отправился в Рим — на этот раз просить военную помощь — и, вероятно, взял с собой 12-летнюю Клеопатру. В его отсутствие старшая дочь Птолемея — Клеопатра VI — узурпировала власть. В Риме он уговорил Габиния, одного из сторонников Помпея, помочь ему вернуть свой трон, обещая уплатить за реставрацию ещё 10 000 талантов.
Клеопатра VI Трифена правила недолго. К тому времени, когда Габиний добрался до Египта, её уже не было в живых — предполагают, что её убили те, кто сохранил верность Птолемею, — и власть перешла к его второй дочери Беренике. Габиний с помощью молодого Марка Антония, командовавшего в его войске конницей, вновь возвёл Птолемея на престол; Беренику поспешно казнили. В 51 году Птолемей умер. По завещанию страной должны были править совместно Клеопатра и её брат, Птолемей XIII. Царице Египта было в ту пору восемнадцать лет, царю — десять.
Свидетельств современников о том, как выглядела Клеопатра, не сохранилось. Плутарх, создавший свои жизнеописания почти через двести лет после её смерти, но читавший воспоминания (впоследствии утраченные) тех, кто своими глазами видел её, утверждает, что «красота этой женщины была не тою, что зовётся несравненною и поражает с первого взгляда, зато обращение её отличалось неотразимою прелестью, и потому её облик, сочетавшийся с редкою убедительностью речей, с огромным обаянием, сквозившим в каждом слове, в каждом движении, накрепко врезался в душу. Самые звуки её голоса ласкали и радовали слух...» Её изображения, выбитые на монетах (по её приказу, а потому — наверняка приукрашенные), запечатлели сильное, чётко вылепленное лицо с крючковатым носом и выдающимся подбородком, лицо, которое не вписывается ни в тогдашние, ни в нынешние каноны красоты. Судя по этим портретам, наружность Клеопатры была далека от той, которую молва приписывала этой легендарной соблазнительнице. Что же касается характера, представление о нём даёт её политическая и государственная деятельность.
Первые два года её царствования были особенно тяжкими. Нил обмелел; случился недород; кое-где в городах стала ощущаться нехватка продовольствия, а крестьяне, спасаясь от непомерных податей, целыми деревнями пускались в бега. Не лучше обстояли и «дела иностранные»: Клеопатра согласилась послать свои войска в Сирию, чтобы помочь римскому наместнику справиться с восстанием парфян. Её солдаты не желали там воевать, вспыхивали мятежи, однако Клеопатра с самого начала проявила себя верной и неколебимой союзницей Рима, что не могло понравиться её националистически настроенным подданным и вызвало враждебность евнуха Пофина, достигшего немалого влияния при дворе и ставшего фактически регентом при малолетнем Птолемее. Он ненавидел Рим и всё, так или иначе связанное с ним. В сентябре 49 года Клеопатра покинула Александрию, а Пофин стал издавать указы и законы от имени одного Птолемея, словно тот правил страной единолично.
Тем временем в Риме Помпей поссорился с Юлием Цезарем; вспыхнула гражданская война. Гней Помпей, сын Помпея Великого, пришёл в Александрию, рассчитывая получить обещанную поддержку египтян. Правительство, возглавляемое Пофином, пообещало предоставить ему корабли, воинов и зерно. Маловероятно, впрочем, чтобы Клеопатра, находившаяся тогда в изгнании, хотя бы однажды виделась с Помпеем, не говоря уж о том, чтобы сделаться его любовницей, в чём был уверен Плутарх и более поздние авторы. Через год Цезарь в битве при Фарсале (в центральной части Греции) разбил Помпея, и тот бежал в Египет, надеясь встретить там дружеский приём. Однако Пофин вовсе не хотел, чтобы его заподозрили в симпатиях к побеждённому. Когда Помпей вместе со своей женой Корнелией появился в виду египетских берегов, он, к своему удивлению, не заметил никаких признаков подобающей случаю торжественной встречи. Вместо этого к его кораблю подплыла лодка, в которой находились трое. Один из них был египетским военачальником Ахилласом. Они, ссылаясь на то, что из-за мелей корабль причалить не сможет, предложили доставить Помпея на берег, где, по их словам, ему будет устроен достойный приём. Тот, хотя и почуял недоброе, согласился и спустился в лодку. Провожатые налегли на вёсла, а потом набросились на Помпея и на глазах у Корнелии обезглавили его.
Четверо суток спустя в Египет вошли легионы Цезаря. Ему показали отрубленную голову Помпея. Однако Цезарь, вопреки ожиданиям египтян, надеявшихся, что он будет признателен им за избавление от опасного врага, впал в ярость из-за предательского убийства великого римлянина. Он явно не торопился покидать страну. Ему нужны были деньги — гражданская война стоила дорого. Цезарь заявил, что намерен получить с процентами те 6000 талантов, которые наследники Птолемея остались должны римскому ростовщику Рабирию. И в Александрии его удерживали не страстные чувства к царице Клеопатре, а нужда в деньгах.
Он высадился на берег со всеми знаками достоинства римского консула. Думая, что его войска пришли установить в стране власть Рима, александрийцы восстали. Ситуация делалась всё более опасной, но даже если бы Цезарь отказался от своего намерения получить деньги, он всё равно не сумел бы покинуть Египет — не было попутного ветра, и его корабли оказались заперты в гавани. Цезарь сделал своей ставкой царский дворец и приготовился к обороне.
Вместе с ним были мальчик-царь Птолемей XIII и евнух Пофин. Позднее — к большому неудовольствию последнего — там же оказалась и Клеопатра, сумевшая обмануть бдительность стражи и проникнуть в город и во дворец. Она стала любовницей Цезаря. По этой ли причине или потому, что враждебность Пофина не оставляла ему иного выбора, Цезарь в борьбе за власть в Египте выступил на стороне Клеопатры. Он вынес свой вердикт: Птолемей и Клеопатра правят страной вместе и, исполняя предсмертную волю свою отца, официально сочетаются браком. Птолемей и Пофин на словах покорились его воле, но в конце 48 года Ахиллас (очевидно, по приказу евнуха) двинул на Александрию египетскую армию и осадил дворец. В течение следующих двух месяцев в городе и в гавани «с переменным успехом» шли боевые действия, а во дворце Цезарь, Птолемей, Пофин, Клеопатра и все прочие члены царской семьи оказались в такой ситуации, что как бы держали друг друга под домашним арестом.
