Так, 26 марта 1990 г. вооружённые отряды с территории Армянской ССР совершили нападение на азербайджанское село Баганис-Айрум Казахского района. В ходе нападения были убиты 11 мирных жителей и несколько сотрудников милиции. 19 августа в 7:45 утра около азербайджанского села Ашагы Аскипара Газахского района боевики напали на автобус, в котором находились гражданские лица и сотрудники милиции. В результате один милиционер погиб, две женщины были ранены, двое боевиков убиты. Прибывшие военнослужащие внутренних войск отбили нападение.
Несколько часов спустя отряды Армянской национальной армии подвергли обстрелу приграничные азербайджанские сёла Юхары Аскипара, Баганис-Айрум, Ашагы Аскипара и Гушчу. Согласно свидетельствам очевидцев, при обстреле применялось не только автоматическое оружие, но и гранатомёты, миномёты, градобойные орудия и даже ракеты типа «земля – земля». Первые часы военнослужащие успешно отражали нападение. Затем четыре вертолёта доставили из Еревана дополнительные подразделения боевиков, в результате чего им удалось захватить сёла Юхары Аскипара и Баганис-Айрум. 20 августа к месту боевых действий были подтянуты дополнительные воинские подразделения, танки, зенитные установки и боевые вертолёты. В район боёв прибыл командующий внутренними войсками МВД СССР – генерал-майор Юрий Шаталин. С помощью ракетных ударов с вертолёта были уничтожены огневые точки боевиков. В течение дня были освобождены оба села, а боевики скрылись на территории Армянской ССР. По данным МВД СССР, в результате этих вооружённых действий армянских боевиков на территории Казахского района Армении погиб старший лейтенант внутренних войск Александр Липатов и двое сотрудников милиции, ранено 9 военнослужащих и 13 местных жителей. Согласно сообщениям армянской прессы, потери боевиков, предположительно, составили 5 человек убитыми и 25 ранеными.15
Для обеспечения безопасности населения приграничных районов на территории всех районов Азербайджанской ССР, граничащих с Армянской ССР, было введено чрезвычайное положение. На границе Азербайджанской и Армянской ССР были развёрнуты два мотострелковых полка СА (368 МСП 23 МСД и 135 МСП 295 МСД), силами которых были организованы заставы вдоль границы.
Для борьбы с армянскими вооружёнными формированиями были привлечены подразделения 22 ОБрСпН ГРУ. Весной 1990 г. подразделения бригады использовались в Казахском районе Азербайджана, на границе с Арменией. Штаб бригады, батальон связи и 173 ооСпН разместились на военном аэродроме г. Гянджи. Третий батальон – в Газахе. Перед бригадой была поставлена задача по выявлению и уничтожению градобойных орудий, которые армяне использовали для обстрела азербайджанских сёл.
Осенью 1990 г. оперативная группа бригады была переброшена в район аэродрома Акстафы на армяно-азербайджанской границе, где в течение нескольких месяцев выполняла боевые задачи по выявлению и уничтожению вооружённых формирований, терроризирующих местное азербайджанское население. Проводились мероприятия по уничтожению батарей градобойных орудий, расположенных на территории Армении, из которых постоянно велись обстрелы приграничных населённых пунктов.
Так, в период с апреля по июнь 1990 г. и с мая по июль 1991 г. 173 ооСпН 22 ОБрСпН, действуя на территории Армении в районе населённого пункта Ноемберян и Шаваршаван, уничтожил 19 градобойных орудий, из которых обстреливались населённые пункты на территории Азербайджана.16
Одновременно в самой НКАО было введено чрезвычайное положение. В область прибыли дополнительные подразделения ВВ МВД СССР. Перед ними стояли следующие задачи: охрана населённых пунктов и мирного населения; сопровождение колонн под боевым охранением; поиск, обнаружение и разоружение незаконных вооружённых формирований; изъятие оружия, находящегося в незаконном обороте, и т. д.
Руководство Азербайджанской ССР также принимало меры по обеспечению безопасности населения республики. Но возможности были весьма ограниченными. Во-первых, и армия, и внутренние войска находились в подчинении союзных органов власти. Во-вторых, в конце января 1990 г. приказом министра МВД СССР В. Бакатина было полностью разоружено МВД Азербайджанской ССР. Всё вооружение было изъято, за исключением табельных пистолетов Макарова. Для организации безопасности жителей азербайджанских сёл руководство МВД и КГБ Азербайджанской ССР приступило к практике командирования работников из центрального аппарата или из районных подразделений в азербайджанские сёла, подвергавшиеся нападениям или обстрелам армянских вооружённых формирований. В мае 1990 г. был создан ОМОН МВД Азербайджанской ССР, в который были зачислены около 300 человек. Первый состав азербайджанского ОМОНа был набран в основном из сотрудников МВД, бывших афганцев и молодёжи, прошедшей армию. Так как МВД Азербайджанской ССР было разоружено, по решению председателя КГБ Азербайджанской ССР генерал-майора Вагифа Гусейнова для ОМОНа было передано из арсеналов КГБ Азербайджанской ССР несколько сотен единиц автоматического оружия, пулемётов, миномётов, тысячи единиц боеприпасов.17 Этот факт не остался незамеченным в аппарате ЦК КПСС и вызвал негодование на Старой площади, где поддержку Армении даже трудно было скрыть. Однако руководство союзного КГБ ограничилось лишь тем, что возложило ответственность за это решение на КГБ Азербайджана. К сентябрю формирование ОМОН МВД Азербайджанской ССР было завершено, и подразделение приступило к выполнению служебно-боевых задач в НКАО и приграничных с Армянской ССР районах. Первым командиром ОМОНа стал полковник Абил Рзаев. Подразделения ОМОНа на постоянной основе стали базироваться в пос. Ходжалы, в Шушинском и Лачинском районах.
Также в составе КГБ Азербайджанской ССР был создан спецназ – группа «А». Укомплектован он был молодыми, крепкими офицерами, с хорошей спортивной подготовкой. Первоначальную подготовку бойцы группы «А» проходили на базе спецназа КГБ СССР в г. Балашихе Московской области. Группу «А» КГБ Азербайджанской ССР возглавил Риад Ахмедов.
ОМОН МВД Азербайджанской ССР и группа «А» КГБ Азербайджанской ССР фактически стали первыми боевыми подразделениями Азербайджана. Огромная личная заслуга в этом принадлежит председателю КГБ Азербайджанской ССР, генерал-майору Вагифу Гусейнову, и министру внутренних дел – генерал-майору Магомеду Асадову.
В 1990–1991 гг. численность Агдамского РОВД была увеличена на 200 человек, в мае-августе 1990 г. штат МВД Нахичеванской АССР был увеличен в два раза, численность Шушинского РОВД была увеличена на 95 единиц, в азербайджанские сёла НКАО направлено 80 сотрудников милиции из других регионов. По согласованию с МО СССР 25 процентов призывников призыва осени 1990 года были оставлены для прохождения службы в воинских частях на территории Азербайджанской ССР. Было принято решение не направлять призывников из Азербайджанской ССР для прохождения службы на Дальний Восток, в Забайкалье, Сибирь, Тихий океан и на Северный флот. Всего в 1990 году 9698 призывников были направлены для прохождения службы в воинские части на территории Азербайджана. По решению Совета министров Азербайджана, начиная с весеннего призыва 1991 года, 50 процентов призывников должны были оставаться на территории Азербайджана. Но МО СССР не согласилось с этим решением под предлогом, что увеличение численности азербайджанцев, проходящих военную службу на территории Азербайджана, может привести к увеличению конфликтов на межнациональной почве.
В начале 1990 года в Азербайджанской и Армянской ССР сменилось руководство. После событий в январе 1990 г. первым секретарём ЦК КП Азербайджана был избран Аяз Муталибов. В мае 1990 года он был также избран президентом Азербайджанской ССР. В сентябре в Азербайджанской ССР прошли парламентские выборы, на которых почти 85 % мест в Верховном Совете получили представители компартии.
В 1990 году в Армянской ССР к власти пришли представители национального движения. Уже в начале года четверо представителей Армянского общенационального движения (АОД) были включены в состав президиума Верховного Совета республики. 20 мая 1990 г. состоялись выборы, на которых АОД одержало победу. Левон Тер-Петросян занял пост председателя Верховного Совета Армянской ССР, его соратник, Вазген Манукян, возглавил правительство.
