9 января 1990 г. армянское население Степанакерта (ныне Ханкенди) при попустительстве и поддержке местной милиции не пропустило членов Республиканского оргкомитета в город. В течение 13–15 января в Баку произошли массовые беспорядки, в ходе которых погибло 56 человек, большая часть из которых были армянами. Примечательно, что расквартированные в Баку подразделения Внутренних войск МВД СССР и Советской армии, несмотря на неоднократные обращения республиканского руководства, никаких мер по пресечению беспорядков не принимали.

В ночь с 19 на 20 января 1990 года решением президиума Верховного Совета СССР вводится чрезвычайное положение, в Баку вступают части Внутренних войск МВД СССР и Советской армии. Ввод войск сопровождался крайней жестокостью: стреляли по общественному транспорту, каретам скорой помощи, случайным прохожим и любопытствующим, выглядывающим из окон жилых домов. В ходе ввода войск был убит 131 человек. 25 января на пленуме ЦК КП Азербайджана А. Везиров был освобождён от должности первого секретаря ЦК, вместо него руководителем республики стал Аяз Муталибов.

27 января члены Республиканского оргкомитета прибыли в Ханкенди и приступили к работе. Основной задачей оргкомитета стало восстановление юрисдикции Баку над автономной областью, оживление разрушенных связей с республиканскими органами управления, принятие неотложных мер по обеспечению безопасности населённых пунктов компактного проживания азербайджанцев, повышение эффективности мероприятий в рамках режима чрезвычайного положения, разоружение незаконных вооружённых формирований, переместившихся в область из Армении и создавших на новых местах свои базы дислокации.

Огромными усилиями за короткий срок Республиканский оргкомитет всё же смог переломить ход событий. Были деблокированы азербайджанские сёла НКАО, и в них стала улучшаться обстановка – в них стали поступать электричество и продукты питания. Надо отметить, что за время работы оргкомитета под руководством Виктора Поляничко была проведена огромная работа по укреплению позиций азербайджанского населения, ликвидации армянских вооружённых формирований, усилению контроля Баку над областью. Так, заметно расширился посёлок Ходжалы (активное жилищное строительство началось здесь ещё в середине 1989 г.), где за рекордный срок была построена текстильная фабрика; были укреплены сёла Амираллар, Муганлы и Куропаткино Ходжавендского района; были проведены серьёзные работы по улучшению инфраструктуры во всех азербайджанских сёлах; начались строительные работы и в отдалённых азербайджанских сёлах, куда годами не ступала нога руководящих работников области и республики; в каждом азербайджанском селе были размещены сводные группы милиции из разных районов Азербайджанской ССР; в пос. Ходжалы на постоянной основе была дислоцирована рота ОМОНа; в Лачинском и Геранбойском районах были созданы роты ОМОНа и т. д. Р. Кочарян признаёт, что период работы в НКАО Республиканского оргкомитета под руководством В. Поляничко был для сепаратистов «самым кошмарным временем»⁹.

Тем не менее в течение 1990 года ситуация в НКАО продолжала осложняться, начались столкновения между вооружёнными формированиями армян и частями ВВ МВД СССР и СА. В НКАО продолжалось проникновение вооружённых групп из Армении, оттуда же перебрасывались вооружение и боеприпасы. Боевики прибывали из Армянской ССР в НКАО, маскируясь под участников «строительных отрядов», «научно-исторических экспедиций» и т. п., и попадали под заботливое окружение и поддержку местного армянского населения. По словам Р. Кочаряна, для переброски вооружения из Армении использовались вертолёты, что, как не трудно догадаться, не могло произойти без ведома властей Армянской ССР. Садились они чаще всего в лесу чуть выше села Колатак, реже – у сёл Ванк и Атерк¹⁰. Экс-министр внутренних дел СССР В. Бакатин признаёт, что на территории НКАО действовали группы террористов, забрасываемых и с территории Армении¹¹. Надо отметить, что незаконные вооружённые формирования армян, действовавшие в НКАО, пользовались также поддержкой ряда высокопоставленных сотрудников правоохранительных органов СССР, командированных в НКАО. Так, активную помощь и поддержку армянским формированиям оказывали начальник штаба следственно-оперативной группы МВД СССР В. Кривопусков и начальник УКГБ по НКАО С. Концевенко. Как пишет Р. Кочарян: «Дружба с Концевенко, возможно, кому-то из нас спасла жизнь. Может быть, и мне»¹².

С конца 1989 г. в НКАО появились армянские вооружённые формирования, которые осуществляли диверсионно-террористические акты против военнослужащих ВВ МВД СССР и СА, государственных и партийных работников Азербайджана. При этом деятельность этих формирований поддерживалась не только местным армянским населением в НКАО и руководством армянской общины НКАО, но и официальным Ереваном. На вооружении этих отрядов было как оружие, похищенное или купленное со складов СА, так и оружие, числившееся на учёте в МВД Армянской ССР. На территории НКАО создавались схроны с оружием и боеприпасами. Основными путями переправки людей и вооружения в НКАО из Армянской ССР были:

• наземное транспортное сообщение между НКАО и Армянской ССР через Лачинский район;

• воздушное сообщение между НКАО и Армянской ССР через аэропорт Ходжалы;

• несанкционированные перевозки людей и вооружений из Армянской ССР в НКАО с использованием вертолётов.

В докладе правозащитного центра «Мемориал» сообщалось: «Вооружённые группы с территории Армении проникали в места компактного проживания армянского населения на территории Азербайджана (НКАО и прилегающие к ней районы). Формирование незаконных вооружённых группировок в Армении до начала работы нового состава 1990 года Верховного Совета проходило почти открыто»¹³.

Вооружённые формирования армян, оснащённые стрелковым оружием, гранатомётами и миномётами, представляли серьёзную угрозу. Организуя засады, они атаковали проезжавшие колонны, совершали нападения на заставы ВВ и СА, обстреливали азербайджанские населённые пункты. Так, 9 января 1991 г. по дороге из Лачина в Шушу у села Галадереси Шушинского района автомашина, в которой находилась репортёр газеты «Молодёжь Азербайджана» Салатын Аскерова, попала под обстрел армянских боевиков. Вместе с ней в машине было трое военнослужащих: командир батальона – подполковник О. Ларионов, начальник штаба военной комендатуры Лачинского района – майор И. Иванов и сержант И. Гойек. В результате нападения журналистка С. Аскерова и трое военнослужащих ВВ МВД СССР погибли.

Было совершено покушение на начальника УВД по НКАО – генерал-майора В. Ковалёва. Вот как описывает это покушение Р. Кочарян: «Однажды, когда Ковалёв в очередной раз куда-то ехал, в хвост «Нивы» пристроился грузовой уазик – небольшая машина с маленьким, наглухо закрытым кузовом и дверцами сзади. Такие автомобили тогда часто встречались, поэтому её появление никаких подозрений у Ковалёва не вызвало. На мосту рядом со стадионом уазик резко обогнал «Ниву». Ковалёв, не сбавляя скорости, помчался за ним, не придавая значения тому, что уазик начал слегка притормаживать. Когда расстояние между машинами сократилось метров до 10–15, задние дверцы уазика внезапно распахнулись, и оттуда раздалась длинная автоматная очередь – весь магазин был выпущен в лобовое стекло «Нивы», практически в упор. В такой ситуации человеку, сидящему за рулём, выжить абсолютно невозможно! Но Ковалёв не просто выжил, его даже не зацепило – невероятный случай! Спасла его уникальная реакция, хладнокровие и, видимо, афганский опыт: увидев, что дверцы уазика открываются, он в ту же секунду соскользнул под приборный щиток и лёг на педали – маленький и юркий, он ушёл туда весь и свернулся клубком. Машина пролетела остаток моста и, съехав с него, свернула в кювет и там заглохла»¹⁴.

Нападения осуществлялись не только на территории НКАО, но и на разных участках административной границы между Азербайджанской и Армянской ССР. В конце 1989 г. в Армении была создана Армянская национальная армия (АНА) под командованием Размика Василяна. АНА насчитывала несколько сотен человек, и её отряды совершали нападения на азербайджанские сёла, расположенные в приграничной зоне.