На сих основаниях Залуский, завещав в 1761 году свою библиотеку польскому народу, определил ей оставаться, на вечные времена (sempiterno jure), в заведовании и управлении упомянутого коллегиума. Судьбе, однако, не было угодно допустить совершения такого вечного завета. Папская булла 1773 г. сразила орден Иезуитов в Польше, завещатель пережил чаемых своих наследников, и библиотека осталась опять на его руках, без всякого ограждения ее целости в будущем.
Спустя год после того, умер сам Залуский, и тотчас с его смертью возникли на библиотеку разные притязания. Некоторые монастыри стали домогаться возвращения книг и рукописей, которые были у них взяты покойным пастырем, а родственники – уплаты сделанных у них, для обогащения библиотеки, займов. Требования их, независимо от посторонних исков, восходивших до 3.000.000 злотых, простирались тоже почти до полумиллиона. Польское правительство успокоило монастыри раздачею им находившихся в библиотеке дублетов, но не так легко было кончить дело с родными покойного. Притязания их продолжались целые шесть лет и только в 1780 году, когда сейм придумал выразить всему роду Залуских, от имени польской нации, торжественную хвалу и благодарность за принесенные ими отечеству пожертвования, Залуские, выслушав эту признательность, отказались от своих требований.
Между тем высшее заведывание библиотекою, обратившеюся уже в собственность нации, было вверено эдукационной комиссии, которая состояла из первенствующих тогда в Польше лиц; непосредственным же начальником или префектом библиотеки был оставлен прежний библиотекарь Залуских, известный в истории литературы каноник Иван Яноцкий, а после его смерти, в 1786 году, назначен экс-Иезуит Козминский. Но внутренние смуты, которые продолжали раздирать умиравшее уже два века польское королевство, и отсутствие всякого постоянства и единства в правительственных распоряжениях, не могли не отозваться и в этом деле: библиотека, почти без всяких денежных способов и без надлежащего охранения, предоставлялась и действию стихий, против чего не было принимаемо никаких мер, и частным хищничествам, в которых, вопреки булле главы римско-католической церкви, участвовали даже польские магнаты; с другой же стороны недостаток ремонтных средств побуждал иногда самих библиотекарей прибегать к непонятному теперь истреблению вверенных им сокровищ: так, например, когда в книгах завелось огромное количество насекомых, то, чтобы остановить дальнейшее их распространение, целые ряды томов, подвергшихся порче, были частью сожжены, частью зарыты в землю.
Наконец, в 1793 году, сейм назначил попечителем библиотеки, в честь основателя ее, одного из членов рода Залуских, но с тем вместе определил, остававшийся еще небольшой капитал библиотеки обратить, в числе прочих сумм эдукационной комиссии, на другие государственные нужды. Это посягательство на собственность библиотеки было отвращено только влиянием русского правительства. Два известные польские астронома, Почобут и Снядецкий, встревоженные таким распоряжением, решились умолять русского в Варшаве посланника Сиверса заступиться, во имя просвещения, за библиотеку. Сиверс уважил их просьбу: он принял библиотеку Залуских в свое покровительство и с тех пор, но, к сожалению, уже слишком поздно, никто в Польше не смел более посягать на это книгохранилище и его средства.
В 1794 году окончилось самобытное существование Польши. Жертва собственного неустройства, Варшава, по естественному, историческому ходу вещей, пала и была присоединена к прусским владениям; но ее библиотеку (вместе с метриками короною и великого княжества литовского) удержало за собою русское правительство, как трофей войны, и в 1795 году все книги были перевезены в С.-Петербург. Сим положены первые начатки Императорской Публичной Библиотеки.
В С.-Петербурге, привезенные из Варшавы книги поступили в ведение Императорского кабинета и были сложены, временно, в находившемся близ Аничкова дворца доме, с повелением управлявшему кабинетом, действительному тайному советнику Василию Степановичу Попову, принять меры к приведению их в порядок, для учреждения открытого книгохранилища. (На том месте, где теперь проезд между сквером и Александринским театром. Этот дом, по устроении для Библиотеки особого здания, в 1801 году был отдан титулярному советнику Казаци, для итальянской оперы, и после был известен петербургской публике под именем малого театра.)
Овальная зала бельэтажа Императорской Публичной Библиотеки. Иллюстрация из путеводителя по Императорской Публичной Библиотеке, 1852 год
Попов возложил это дело на нескольких из образованнейших чиновников его ведомства, под начальством, сперва статского советника Киршбаума, а потом надворного советника Михаила Ивановича Антоновского, окончившего образование в московском университете, человека неутомимого и, по тому времени, весьма ученого. Пока это временное библиографическое общество, которого чины назывались членами варшавской, а позже Императорской Библиотеки, разбирало и описывало привезенные книги, Императрица Екатерина II повелела придворному архитектору Соколову составить план здания для их хранения на том самом месте, где теперь находится Публичная Библиотека. Первоначально, сооружение это было задумано в огромных размерах, и не для одной собственно Библиотеки, но для совокупления в нем пособий по всем отраслям человеческих знаний, в теории и практике. На вершине здания должна была возвышаться астрономическая обсерватория, для которой Императрица предназначила привезенный тогда из Англии знаменитый гершелевский телескоп; внутри полагались залы для кабинетов древностей и инструментов физических и астрономических. Сверх того, было намерение связать это здание с Аничковым дворцом, посредством великолепного зимнего сада и портиков, украшенных статуями, водометами и снарядами для гимнастических упражнений, так, чтобы рядом с умственной пищей, каждый мог находить себе, под той же крышей, отдых, развлечение и место для прогулки. Существующие еще теперь, на прилегающем к Библиотеке театральном дворе, остатки колонн, долженствовавших поддерживать стеклянную крышу зимнего сада, доказывают, что приступлено было уже и к самим работам.
Кончина Императрицы положила предел этому начинанию, но не изменила плана создать публичную библиотеку. Первая мысль и первое повеление Императора Павла свидетельствовали даже о плане еще обширнейшем, именно о желании Его соединить в одно общественное книгохранилище все библиотеки Императорские; находившуюся тогда в Гатчине корфовскую, купленные покойною Императрицей у Вольтера и Дидерота, и наконец привезенную из Варшавы. (Она принадлежала барону Иоганну Алберту Корфу, бывшему президентом академии наук при Императрице Анне Иоанновне и умершему в 1766 г., посланником нашим при копенгагенском дворе. Эта библиотека в 1764 г. была куплена Императрицей Екатериною для тогдашнего Наследника Престола (Павла), а после кончины Цесаревича Константина Павловича досталась генералу Александрову, которым важная ее часть принесена в дар гельсингфорскому Александровскому университету.)
Но эта мысль не осуществилась: корфовская библиотека была пожалована Цесаревичу Константину Павловичу; вольтеровская и дидеротская оставлены в Императорском Эрмитаже, а на составление публичной библиотеки определена одна варшавская, которую Император Павел вверил высшему начальству известного ученого и литератора, бывшего, до эмиграции, французским посланником при оттоманской порте, графа Шуазель-Гуфье. Он недолго, однако, оставался в этой должности.
В 1800 году было образовано особое управление Императорских библиотек и в главу его поставлен, со званием Главного Директора, знаменитый ревнитель наук и художеств, Граф Александр Сергеевич Строганов, а заведывание, под ним, библиотекою Залуских поручено помощнику прежнего его начальника, другому французскому эмигранту, кавалеру д’Огар. Самую библиотеку полагалось сперва поместить в одном из домов академии наук, на Васильевском острове, и даже влить совершенно в состав библиотеки академической – мысль, которую сильно поддерживал тогдашний президент академии барон Николаи и исполнению коей не противился и граф Шуазель, находя здание, начатое для библиотеки по плану Соколова, сырым и неудобным.