Но осенью 1961 г. В. Ю. Ахундов и контролировавшееся им бюро ЦК КП стали проявлять недовольство работой М. А. Искендерова как председателя правительства республики. Немалую роль в этом недовольстве сыграло желание первого секретаря назначить на эту должность Энвера Алиханова, которого он считал более надежным человеком. При обсуждении вопроса об Искендерове на бюро ЦК КП Азербайджана в его адрес был высказан ряд критических замечаний. Он согласился с ними, и «бюро ЦК КП Азербайджана, приняв во внимание большой опыт работы М. Искендерова на руководящей партийной, советской и хозяйственной работе, счел целесообразным предложить его на должность Председателя Президиума Верховного Совета Азербайджанской ССР»[150]. В сущности, первое противостояние между Ахундовым и Искендеровым произошло весной 1960 г. на почве разделения властей. Оно не носило личного характера, но Искендеров стал сопротивляться попыткам превратить Совет министров в придаток партийных органов. Совмещение Н. С. Хрущевым руководства партийными и правительственными органами создало серьезные сложности в распределении полномочий на местах. В марте 1958 г. первый секретарь ЦК КПСС был назначен и председателем правительства, что вызвало на местах трудности, которые продолжались вплоть до начала 1960-х гг., когда преимущество партийных органов над правительственными закрепили официально[151]. 10 марта 1960 г. руководителей райкомов пригласили в ЦК и объявили им, что они несут непосредственную ответственность за районы. На состоявшемся после этого заседании Президиума правительства Искендеров заявил, что такая постановка вопроса неправильна. Он порекомендовал членам правительства не сдавать своих полномочий райкомам. Также он поручил сотрудникам аппарата Совета министров возвращать обратно без рассмотрения письма министерств, ведомств и предприятий, адресованные одновременно в два органа (например, секретарю ЦК и председателю Совета министров). При этом Искендеров выразил следующее мнение: «Получается, что Совет министров превращается в орган, который получает и направляет бумаги»[152]. Если все будет решать ЦК, считал он, то надобность в Совете министров отпадает. Позицию председателя республиканского Совмина довели до сведения Ахундова, который принял решение заменить не желавшего поступиться полномочиями главу правительства приближенным к руководителю партии секретарем ЦК Э. Н. Алихановым.
26 декабря 1961 г. бюро ЦК КП Азербайджана направило в адрес VIII сессии 5-го созыва Верховного Совета Азербайджана представление об избрании Искендерова председателем Президиума ВС. Бюро поручило первому секретарю Ахундову вынести этот вопрос на обсуждение партийной группы ВС и Совета старейшин[153]. После сессии Ахундов обратился в ЦК КПСС за утверждением кандидатуры Искендерова на должность председателя Президиума ВС Азербайджана, где тот проработал до 25 декабря 1969 г. Избрание Искендерова председателем Президиума Верховного Совета представляло собой попытку его удаления от реального управления республикой. Должность председателя Президиума ВС, формально считавшегося главой государства, была в советской системе управления декоративной, а занимавший ее человек не имел реальных рычагов власти. Этот пост считался слабым звеном системы разделения властей, местом почетного «отстранения». Однако после избрания на должность председателя Президиума Верховного Совета республики Искендеров сумел оживить деятельность этого органа, добиться активизации его роли в системе управления. В целом такой процесс начался в мае 1960 г. и в центре, когда Л. И. Брежнева избрали председателем Президиума Верховного Совета СССР. Профессор Сюзанна Шаттенберг – автор достаточно полного исследования жизни и деятельности Брежнева – писала: «В отличие от своих предшественников, Брежнев по поручению Хрущева активизировал деятельность на посту председателя Президиума Верховного Совета, который ранее служил, скорее, формой придания предпенсионного статуса»[154]. В апреле 1961 г. Брежнев пригласил в Москву председателей президиумов верховных советов всех республик для обмена мнениями об их работе в законодательном процессе, вопросах публикации текстов законов на языках республик, работе с трудящимися, зарубежными делегациями, вопросах гражданства и награждениях[155]. Опираясь на начатый в Москве процесс, Искендеров смог придать деловое содержание отраслевым комитетам ВС в деле управления политической, социальной, экономической и культурной жизнью республики. Комиссии Верховного Совета часто ставили на обсуждение вопросы, связанные с промышленностью, сельским хозяйством, социальной политикой, жизнью городов, просвещением, здравоохранением, деятельностью местных органов, внешней политикой, другими сферами. В этой связи они получали отчеты от министерств, ведомств, предприятий, местных органов власти, приглашали их руководителей для участия в обсуждениях. В ряде случаев руководящие работники ЦК и Совета министров привлекались к работе, а иногда и к руководству этими комиссиями. Например, секретарь ЦК КП Азербайджана по идеологии Джафар Джафаров являлся в то же время председателем комиссии Верховного Совета по внешней политике. В связи с работой в данной сфере он постоянно готовил отчеты на имя председателя Президиума Верховного Совета. В годы председательства Искендерова министр внутренних дел почти каждый день направлял оперативные сводки о криминогенной обстановке в республике не только в ЦК и Совмин, но и в Президиум Верховного Совета на имя его главы. И, наконец, за время пребывания Искендерова на посту председателя ВС в значительной степени возросла роль Верховного Совета и его Президиума в вопросах внешнеполитического протокола. Согласно правилам советского времени, председатели президиумов верховных советов союзных республик по очереди занимали должность заместителя председателя Президиума Верховного Совета СССР сроком на месяц. В случаях, когда председатель Президиума ВС СССР находился в отпуске, на них возлагалось выполнение его функций на период его отсутствия. Например, в октябре 1967 г., ввиду того, что Н. В. Подгорный ушел в отпуск, Искендеров исполнял обязанности председателя Президиума Верховного Совета СССР, принимал иностранных гостей, подписывал указы от имени советского государства. 16 октября 1967 г. как председатель Президиума ВС СССР он дал прием в честь короля Афганистана Захир-шаха. Ранее, 12 июля 1966 г., он принимал короля Захир-шаха в качестве заместителя председателя ВС СССР, а 23 июля того же года в Москве по случаю дня революции принял посла Объединенной Арабской Республики в СССР М. Галеба. От имени советского государства Искендеров 27 июля 1966 г. встречал в аэропорту Шереметьево делегацию депутатов Великого национального собрания Турции во главе с Феррухом Бозбейли, а в 1968 г. встречался с делегацией Швеции, посетившей СССР. В качестве председателя Президиума Верховного Совета Азербайджанской ССР он также принимал участие в большом количестве международных мероприятий. Так, Искендеров принимал в Баку: парламентскую делегацию Лейбористской партии Великобритании во главе с Ф. Виллеем (май 1968 г.);делегацию Национального собрания Республики Гвинея (август 1968 г.); делегацию Народной Республики Южный Йемен во главе с президентом Кахтаном Мухаммедом аш-Шааби (февраль 1969 г.); парламентскую группу Исландского альтинга во главе с его председателем Бригиром Финссоном (май 1969 г.); состоявшую из 15 чел. делегацию Конгресса Республики Колумбия во главе с его председателем Марио Вивасом (июль 1969 г.); делегацию сирийской Партии арабского социалистического возрождения (БААС) во главе с премьер-министром Нураддином аль-Атасси (июль 1969 г.); состоявшую из 48 чел. делегацию Турции во главе с президентом Джевдетом Сунаем (ноябрь 1968 г.)[156]. 18 ноября 1968 г. в Бакинском аэропорту президента Джевдета Суная, его супругу Атыфат Сунай, дочь – Айсель Онель, а также министра иностранных дел Турции Ихсана Сабри Чаглаянгиля, посла Турции в СССР Фуата Байрамоглу и других официальных лиц встречали М. А. Искендеров, его супруга Т. Азизбекова; Э. Н. Алиханов, его супруга З. Алиханова, министр иностранных дел Т. А. Таирова и другие официальные лица[157]. Дж. Сунай – последний высокий гость, которого Искендеров встречал в качестве председателя Президиума Верховного Совета республики. 25 декабря 1969 г. решением пленума ЦК КП республики он был освобожден от должности председателя Президиума ВС и выведен из состава бюро ЦК[158]. Через 5 дней, 31 декабря 1969 г., секретариат ЦК, учитывая «предложение» президиума Академии наук Азербайджана, направил Искендерова на должность директора Института проблем глубинных нефтегазовых месторождений[159]. Он проработал там до конца жизни и скончался в 1985 г. в возрасте 70 лет.