Оборотной стороной этой вновь обретенной свободы и возможности участвовать в управлении было резкое снижение заработной платы преподавателей. Средняя зарплата преподавателя университета в 2000 г. была всего 1226 рублей (около $4 °CША)[18]. Кроме того, выплата зарплаты в 1990-е годы часто задерживалась, иногда на нескольких недель и даже месяцев – это при гиперинфляции и отсутствии индексации. Преподаватель московского вуза вспоминает, что «оклад был таким оскорбительно низким, что едва хватало на транспорт до университета и обратно». Многие из тех, у кого имелись лучшие возможности, уходили из университета.

Те, кто оставались, выживали разными способами, например, жили на доход супруга или супруги или сдавали свою квартиру, а сами жили на даче. Но главным средством выживания были дополнительные занятия, проводимые иногда в своем вузе, но чаще всего по совместительству в других университетах. Такое стало возможным потому, что многие преподаватели вообще ушли из профессии, в то время как количество поступивших в вузы стало стремительно расти с середины 1990-х и увеличилось почти в три раза к 2008 году (чему способствовало введение платного обучения в государственных университетах и расширение частных университетов)[19]. Многие преподаватели зарабатывали тем, что готовили старшеклассников к вступительным экзаменам в университет. Другие занимались консалтингом или подрабатывали в сфере бизнеса. Эта дополнительная работа сказывалась на качестве жизни преподавателей и на качестве их преподавания, но ситуация была более или менее терпимой, так как преподавательская нагрузка была еще относительно невысокой. Однако за пределами крупных городов возможности подработать были гораздо более ограниченными.

Падение заработной платы сопровождалось снижением престижа профессии преподавателя и деморализацией значительной их части. Самоуважение преподавателей страдало от их абсолютной нищеты и невозможности добросовестно выполнять свою работу. Происходило всеобщее снижение академических стандартов, что проявлялось зачастую в низком качестве диссертаций и в практике написания диссертаций, курсовых и дипломных работ за плату. Плагиат в диссертациях стал распространенным явлением, в авангарде которого стояли различные высокопоставленные правительственные чиновники и депутаты, стремящиеся получить ученую степень. Иностранные гранты также вносили свой вклад в деморализацию преподавателей и ученых. Они помогали выжить, но оказывали определенное влияние на выводы исследований. В условиях ельцинской "шоковой терапии" моральная высота была утрачена многими преподавателями.

Изменилось также отношение молодежи к высшему образованию. В советское время студенты часто идеалистически объясняли свое стремление получить высшее образование желанием реализовать себя и внести вклад в общественный прогресс. Однако в 1990-е годы главным стало зарабатывание денег, а университетский диплом многими стал рассматриваться в основном как средство найти более оплачиваемую работу[20]. Качество образования было в лучшем случае на втором месте. Таким же зачастую было и отношение работодателей к качеству образования[21]. Для молодежи призывного возраста дополнительной мотивацией получения высшего образования стало желание избежать или хотя бы отсрочить службу в армии.

Поскольку учителя средней школы испытывали те же экономические трудности и были вынуждены брать дополнительную работу, уровень подготовки учащихся к учебе в университете резко упал. Преподаватель экономики Б. Ракитский вспоминал об этом периоде: «Видимо, в старших классах они ничего не учили об устройстве общества. Меня это шокировало. Я стал рассказывать о самых простых вещах, и эти молодые ребята быстро достали блокноты и стали записывать. Так что какое-то желание учиться у них было. Но не было основы. У меня было такое впечатление, что у них совсем не было никаких знаний. Это было в середине 1990-х».

После крушения Советского Союза в результате «революции сверху» у университетских преподавателей, как и практически у всего российского общества, отсутствовали опыт и традиции объединения в независимые организации для защиты своих профессиональных и иных интересов. Недавно обретенные свобода и возможность участвовать в университетском управлении попали в руки преподавателей без какой-либо борьбы. В то же время им вдруг пришлось бороться за физическое выживание, ситуация незнакомая советским гражданам. Это ведь была одна из негласных целей «шоковой терапии»: предотвращение эффективной оппозиции реформам[22]. Эта цель была успешно реализована и в отношении преподавателей вузов. Что касается Профсоюза работников образования и науки, унаследованного от Советского Союза, он продолжал, как и прежде, послушно одобрять все решения властей и университетских администраций.

Первое десятилетие нового тысячелетия ознаменовалось избранием В. Путина Президентом России. Путин был ставленником Ельцина, человеком, на которого, помимо прочего, Ельцин мог положиться, чтобы защитить себя и свою «семью» после ухода от власти.

В эти годы государство стало играть более активную роль в сфере образования. Это стало возможным благодаря началу восстановительного экономического роста[23] после длительного кризиса. Рост стал возможным во многом благодаря резкому росту цен на нефть, которые в конечном итоге выросли в три раза. Росту также способствовало резкое падение рубля в 1998 г. (МВФ был неизменным противником девальвации рубля), в результате которого импорт сократился наполовину, способствуя росту отечественного производства.

Расходы государственного бюджета на образование существенно выросли по сравнению с безнадежно низким уровнем 1990-х гг. К 2004 г. они удвоились и в последующие годы продолжали расти быстрыми темпами. В 2000–2004 гг. доля федеральных расходов на высшее образование в ВВП в рублях выросла с 0,3 % до 0,7 %, а в период с 2004–2009 гг. еще на 140 %.[24] Общие расходы общественного и частного сектора на всех уровнях сферы образования выросли с 2,9 % от ВВП до 4,6 % в период с 2000 г. по 2011 г. Но несмотря на это, государственные расходы на образование оставались на самом низком четвертом уровне среди стран-членов ОЭСР, гораздо ниже среднего уровня – 6,1 %.[25]

Во время своей первой избирательной кампании Путин не представил ничего даже отдаленно напоминающее экономическую программу, хотя назначение Г. Грефа, автора «Плана Грефа», министром экономического развития и торговли предвещало проведение неолиберального экономического курса. В высшем образовании правительство намеревалось заменить государственное финансирование, основанное на статьях бюджета, ваучерами, которые бы вручались студентам на основе их оценок по итогам ЕГЭ. Как потребители образовательных услуг учащиеся использовали бы свои ваучеры при поступлении в университеты, заставляя последние конкурировать между собой за студентов. Но эта программа подверглась критике практически со всех сторон, не в последнюю очередь со стороны ректоров, и эксперимент был прекращен в 2005 году, в то время как ЕГЭ стал всеобщим в 2009 г.[26] Это нововведение уменьшило распространившуюся коррупцию, связанную с поступлением в университет, и увеличило выбор для учащихся. Но его отрицательное влияние на качество образования в старших классах, когда последние два года обучения направлены на успешную сдачу государственных экзаменов, до сих пор подвергается критике со стороны преподавателей, как и политика переноса педагогического акцента с получения знаний на приобретение «компетенций».