31 января 1905 года Шапошников был назначен начальником учебной команды батальона с правами ротного командира. Через эту команду проходили все солдаты, призванные на военную службу и направленные в 1-й Туркестанский батальон. Молодой офицер был ошеломлен таким повышением в должности, так как обычно ее занимали офицеры, прослужившие достаточно долго и имевшие чин не меньше штабс-капитана.

Поражение России в войне с Японией очень болезненно будет воспринято обществом и армией. Позже в своих воспоминаниях Б. М. Шапошников будет много писать о том, какие революционные преобразования происходили в российском обществе и даже военной среде после завершения этой войны. Безусловно, все это имело место, и, имея постоянный доступ в периодической печати, Борис Михайлович был в курсе многих событий. Но едва ли он – подпоручик – разделял в то время какие-либо революционные взгляды. В то время его помыслы и энергия были нацелены совсем на другое, а по жизни он уже научился выделять главное.

Осенью 1906 года с Маньчжурии в батальон вернулось три офицера, и один из них принял от Шапошникова учебную команду. Сам Борис Михайлович был произведен в поручики и вернулся к исполнению должности командира полуроты в свое подразделение. При этом по специальному разрешению командования он начал интенсивную подготовку к поступлению в Николаевскую академию Генерального штаба и, по его собственному выражению, превратился в затворника: днем нес службу в батальоне, ночью упорно занимался.

Важно отметить тот факт, что случаи поступления туркестанцев в Николаевскую академию Генерального штаба были единичными. За всю историю батальона, начиная с 1865 года, в академию поступило всего два человека, и первым из них был А. Н. Куропаткин. Шапошников был третьим, кто решился на этот шаг. Всего же в том году со всего Туркестанского военного округа на поступление в академию подали заявки пять человек…

Но прежде, чем быть направленным для сдачи экзаменов в Санкт-Петербург, нужно было пройти окружные испытания, которые состоялись в начале мая 1907 года. Они заключались в решении тактической задачи, написании сочинения и сдаче экзамена по верховой езде. Шапошников все эти предварительные экзамены сдал успешно.

После этого для сдачи экзаменов уже непосредственно в академии в Санкт-Петербурге офицеру представлялся месячный отпуск. Борис Михайлович был освобожден от службы и покинул Ташкент. Воспользовавшись отпуском, он поехал навестить родителей в Белебее и одновременно использовал это время для того, чтобы подтянуть свои знания в иностранных языках.

Таким образом, Б. М. Шапошников первые годы своей офицерской службы провел в Туркестане, где получил богатую практику командования подразделением и в очередной раз зарекомендовал себя как исполнительный и исключительно грамотный офицер. При этом, что особенно важно, все это время он имел перед собой вполне конкретную цель поступления в Николаевскую академию Генерального штаба и делал все возможное для того, чтобы достичь этой цели.

Проведя в родительском доме две недели, Шапошников выехал в Петербург, куда и прибыл 17 августа 1907 года. Затем, успешно сдав вступительные экзамены (при средней норме 8 баллов набрал 9,82 балла), поручик Б. М. Шапошников в числе 124 офицеров приказом начальника Генерального штаба от 16 октября 1907 года был зачислен на младший курс Николаевской академии Генерального штаба.

Николаевская академия Генерального штаба вела свою историю с 1832 года. До этого времени послепервичной подготовкой офицеров в русской армии не занимались. Поэтому нередкими были случаи, когда военачальники высшего звена управления рассуждали на уровне взвода и роты. Наполеоновские войны начала XIX века, заключавшиеся в слаженных действиях на поле боя дивизий и корпусов, в маневре армиями на большие расстояния, показали всю ущербность такого положения. Во всем мире к военному образованию начали относиться с должным уважением, и Российская империя была вынуждена последовать этому примеру.

Правда, в первые 20 лет существования академии в полной мере реализовывать заложенные идеи не удавалось – мешала косность старого генералитета, который в молодых образованных офицерах видел угрозу для своего существования. Дошло до того, что «академики» всячески притеснялись по службе, очень медленно продвигались по служебной лестнице. Но неудачная для России Крымская война поставила все на свое место. Выпускник академии Дмитрий Милютин начал реформу русской армии, в том числе и с ломки прежней кадровой системы. В годы Русско-турецкой войны 1877–1878 годов «академики» командовали дивизиями и корпусами, руководили штабами объединений и соединений. С тех пор Николаевская академия Генерального штаба стала самым престижным военно-учебным заведением в системе подготовки командно-штабных кадров высшего звена управления для российской армии.

В то время академия размещалась в Санкт-Петербурге в специально построенном для нее двухэтажном здании в форме буквы «П», расположенном на Суворовском проспекте. Рядом находились сквер с памятником выпускникам академии, павшим в боях во время Крымской, Русско-турецкой и Русско-японской войн, а на соседнем переулке – Суворовский музей и церковь, перенесенная сюда из села Кончанского.

На устройство офицерам было предоставлено несколько дней. Для Шапошникова бытовые хлопоты начались с поиска жилья. Подходящая комната нашлась неподалеку, на Суворовском проспекте, в доме, расположенном между 5-й и 6-й Рожественскими улицами. Поселился там Борис Михайлович вместе с младшим братом Евгением – студентом Политехнического института. Платили за комнату с обедом 40 рублей в месяц, притом что квартирных офицеру полагалось 25 рублей. Приходилось доплачивать из 74-рублевого жалованья поручика и жить очень экономно.

Затем начались занятия в академии, которые строились следующим порядком: Трижды в неделю с 8 часов утра начинались уроки верховой езды. Лекции читались с 9 до 12 часов, затем делался 30-минутный перерыв на завтрак, и снова лекции до 4 часов дня.

В течение первого года учебы в академии слушатели изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения рассматривалась как ведущая дисциплина в подготовке офицеров Генерального штаба – занятия в манеже проводились практически без перерывов на всех курсах.

Подобное пристрастие к кавалерийскому делу объяснялось опытом Русско-японской войны. Тогда, в бою под Яньтайскими копями, одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась. Начальник дивизии генерал Орлов был ранен, а начальник штаба подполковник Глобачев не смог справиться с управлением конем, который унес его в тыл. В результате этого управление дивизией было потеряно, о чем было доложено по команде. Поэтому было решено верховой езде в академии уделять особое внимание.

Академическое начальство строго следило за посещением манежа и лекций, но мало интересовалось тем, что делают офицеры вне стен академии и условиями их жизни.

На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.

После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались для продолжения учебы на дополнительном курсе. В результате такого «отсева» в том году из 95 человек, окончивших старший курс, на дополнительный курс было зачислено 62 человека. В их числе был и Б. М. Шапошников, который по успеваемости был на седьмом месте.