Специфика обстановки, сложившейся под влиянием выше указанных факторов, создало в боевой деятельности войск ряд проблем, требовавших оперативного поиска их решения. Одной из таких проблем являлась организация боевой подготовки войск в условиях боевой деятельности. Задача усложнялась постоянной заменой личного состава (через каждые 1,5–2 года) в составе ОКСВ. Решение было найдено в дифференцированном подходе к подготовке войск. Она стала состоять из подготовки офицеров, младших специалистов и молодого пополнения в учебных центрах на территории СССР с последующим ее совершенствованием по 7-дневной, 12-дневной программам в частях и подразделениях в ходе плановой боевой подготовки непосредственно в Афганистане. Остро стояла также проблема создания оптимальной структуры войск, отвечающей характеру фактически решаемых ими задач и местным условиям. С этой целью вместо огнеметных отделений, имевшихся в штате горных батальонов, для повышения эффективности применения огнеметно-зажигательных средств в штат каждой дивизии (в 1985 г.) была введена огнеметная рота, а в штат бригады и отдельного полка – огнеметный взвод. Для повышения самостоятельности боевых действий батальонов, было признано целесообразным иметь в каждом из них свое штатное разведывательное подразделение. Таковым с октября 1984 г. стал разведывательный взвод. Малая эффективность гранатометчиков в бою с мятежниками и необходимость иметь большое количество снайперов, предопределили введение в штат отделения снайпера вместо гранатометчика. С целью решения проблемы водоснабжения войск в полку (бригаде) были созданы взводы полевого водоснабжения и введена должность помощника начальника инженерной службы. Для ведения политической работы с местным населением с июля 1981 г. в дивизиях, бригадах и отдельных полках были созданы нештатные агитационно-пропагандистские отряды. С июля 1983 г. они стали штатными. Проблему выработки тактики действий частей и подразделений ОКСВ, достаточно эффективной в вооруженной борьбе с отрядами и группами оппозиции, использовавших принципы партизанской войны, пришлось решать в процессе боевой деятельности с приобретением боевого опыта. Арсенал тактических приемов, выработанный боевой практикой войск, соответствовал местным условиям и в значительной степени был адекватен набору элементов партизанской тактике отрядов мятежников. Таким образом, условия боевой деятельности частей и подразделений советских войск в Афганистане характеризовались, как исключительно сложные. Это являлось следствием не только физико-географических, национально-этнических и религиозных особенностей страны, но и партизанской тактики вооруженных отрядов и групп оппозиции, а также несоответствия боевого состава и организационной структуры войск характеру фактически решаемых задач и местным условиям. Возникшие в связи с этим проблемы пришлось решать в ходе боевой деятельности ОКСВ.

Боевая деятельность частей и подразделений советских войск в Афганистане складывалась из решения разнородных задач: ведения боевых действий различного масштаба; охраны и обороны народнохозяйственных и военных объектов, коммуникаций; проводки транспортных колонн с грузами. Разные по своему содержанию задачи предопределили свои особенности в применении сил средств в ходе их реализации. В первой половине 1980 г. когда еще в ОКСВ не была отработана система разведки, а разведывательная информация, получаемая от афганской стороны, не отвечала действительности, основным способом действий советских войск по уничтожению групп и отрядов оппозиции являлись рейды усиленных батальонов совместно с подразделениями афганской армии. Суть их заключалась в выдвижении подразделений по определенному маршруту, поиске в назначенном районе отрядов противника и уничтожении их. Для обеспечения безопасности движения отряда из его состава выставлялись временные сторожевые заставы, которые последовательно развертывались на господствующих высотах по маршруту следования. Эффективность таких действий в первые месяцы в значительной степени определялись тем, что вооруженные отряды оппозиции нередко шли на открытое вооруженное столкновение. Но, уже с лета того же года, в связи с большим потерями в людях, они отказались от этого и перешли к действиям главным образом мелкими группами с использованием элементов партизанской тактики.

В этих условиях, советским войскам пришлось корректировать свою тактику действий. В целях разгрома крупных или объединенных отрядов оппозиции, а также баз с запасами оружия и боеприпасами проводились крупномасштабные, как правило, плановые боевые действия (операции). За годы пребывания в Афганистане советские войска участвовали в 416 крупномасштабных операциях. Основным содержанием крупномасштабных операций являлось (по возможности) одновременное поражение противника огневыми ударами на всю глубину выполнения задачи с последующим расчленением и уничтожением отрядов и групп оппозиции по частям подразделениями сухопутных войск и воздушным охватом путем массированного применения вертолетных десантов, высаживаемых разновременно и непоследовательно на разной глубине. Часть операций проводилась на большой площади одновременно в нескольких районах, удаленных друг от друга. В этих случаях, весь район боевых действий делился на полковые и батальонные зоны, в которых подразделения действовали в рамках общего замысла самостоятельно, как правило, без локтевой и огневой связи. Продолжительность крупномасштабных боевых действий составляла от пяти суток до нескольких месяцев. Боевые действия в крупномасштабных операциях советские войска вели совместно с подразделениями правительственных частей Афганистана.

К проведению таких операций привлекалось значительное количество войск (от 8 до 40 батальонов общей численностью до 12–15 тысяч человек). Для участия в них советским войскам приходилось создавать сводные группировки за счет различных соединений и частей, имевших на этот момент свободные от выполнения других задач подразделения. Примером совместных действий может служить операция под кодовым названием «Магистраль», проведенная в период с 20 ноября 1087 г. по 21 января 1988 г. с целью деблокирования дороги Гардез-Хост и проводки колонн с запасами материальных средств. Для проведения операции была создана группировка, включавшая 14 советских батальонов и около 15 батальонов афганских войск. В результате проведенной операции было уничтожено (захвачено) около 3 тысяч мятежников, 100 складов, значительное количество вооружения, выполнено 18 колонн-рейсов из Гардеза в Хост и перевезено более 22 тысячи тон грузов. Потери советских войск составляли 20 человек убитыми и 68 раненых.

С начала 1985 г. советские войска стали переходить преимущественно к поддержке самостоятельных боевых действий афганских частей. Это не означало, что они полностью прекратили принимать участие в операциях, однако количество крупномасштабных боевых действий несколько снизилось. Одной из наиболее крупных поддержек самостоятельных боевых действий правительственных войск явилась операция по разгрому базового района Джавара ("Волчья яма") в марте-апреле 1986 г. База Джавара представляла собой комплекс наземных и подземных сооружений тоннельного типа, в которых размещались КП с узлом связи, учебные и пропагандистские центры, казармы, склады с оружием и боеприпасами, ремонтные мастерские, госпиталь, патронный завод, тюрьма и другие административные здания. База имела автономное электроснабжение и водоснабжение. Афганское руководство для выполнения этой задачи выделило 41 батальон. Советские войска в этой операции не вели активных боевых действий, а ограничились поддержкой афганцев. На первом этапе она была осуществлена авиацией и двумя батальонами, а в последующем были привлечены еще дополнительно четыре батальона. Потери советских в этой операции составили 6 человек убитыми.

В целом, итогом каждой крупномасштабной операции, как правило, было резкое снижение активности оппозиции в определенном районе. В тех же случаях, когда операция не достигала поставленных целей, основными причинами неудачи являлись: утечка данных о районе и сроках ее проведения; шаблонные действия; плохо организованная разведка. Наряду с плановыми крупномасштабными операциями советские войска в Афганистане вели не плановые, так называемые частные боевые действия. Они проводились на основе самых свежих разведывательных данных, но были ограничены по привлекаемым силам и средствам (не более усиленного батальона). Район таких боевых действий, как правило, не выходил за пределы зоны ответственности соединения, части (10–15 км от ППД). По тактическим приемам они не отличались от крупномасштабных операций. Всего было проведено более 220 частных операций. В ходе боевой деятельности советских войск арсенал применяемых ими тактических приемов был достаточно обширен, а часть их соответствовала требованиям уставов и наставлений. К ним можно отнести захват господствующих высот, действия обходящих отрядов, действия основных сил по дну ущелья под прикрытием подразделений, продвигающихся по господствующим высотам с обеих сторон ущелья, рейды, удары авиации и артиллерии по труднодоступным горным районам, минирование путей отхода (подхода) противника. Наряду с ними широко применялись новые приемы, обусловленные партизанской тактикой действий отрядов оппозиции. Одним из таких приемов являлось блокирование отдельного отряда или объекта противника (района) советскими войсками и прочесывание местности силами афганских частей. Действия при этом проводились в два этапа: первый – блокирование намеченного района; второй – прочесывание. В целях достижения внезапности блокирование осуществлялось, как правило, ночью одновременным выдвижением на боевой технике частей и подразделений с нескольких направлений с широким использованием обходящих отрядов. На труднодоступные рубежи высаживались вертолетами воздушные десанты. Промежутки между подразделениями прикрывались огнем и минно-взрывными заграждениями. Прочесывание начиналось после завершения блокирования намеченного района. Для его осуществления, как правило, привлекались афганские подразделения. Тактика действий прочесывающих подразделений была самой разнообразной и включала сплошное прочесывание в одном или сходящимся к центру направлениям, блокирование отдельных объектов внутри района, устройство засад на путях отхода мятежников. Для уничтожения противника в населенных пунктах создавались штурмовые группы в составе взвода, 3–4 саперов, с запасом ВВ и мин, огнеметного расчета, 1–2 минометных расчета, артиллерийского корректировщика и санитаров. При прорыве отдельных групп противника из блокированного района их уничтожение осуществлялось заранее подготовленным огнем артиллерии, ударами вертолетов и действиями резервных групп. Опыт боевых действий данным способом показал, что непременным условием успеха являлось внезапное и надежное блокирование района. Ярким тому примером является уничтожение отряда мятежников в кишлаке Азау 6 сентября 1985 г. подразделениями полка, высаженных вертолетами на четырех площадках. Благодаря внезапному блокированию населенного пункта и решительным действиям мятежники не успели уйти в горы и были уничтожены.