В 4 часа дня Совнарком объявил населению, что "восстание левых эсеров в Москве ликвидировано", а "левоэсеровские отряды" обратились в бегство. Общее число арестованных достигло в Москве 444 человек(105). Когда вечером 7 июля Мальков доложил Ленину о результатах операции по преследованию левых эсеров, Ленин выслушал доклад внимательно, но спокойно, без особого интереса. "Было очевидно, что для него левоэсеровский мятеж уже прошлое"(106).
7 июля приказом члена президиума Моссовета Фельдмана всех левых эсеров, занимавших ответственные посты, сместили и заменили большевиками(107). В тот же день СНК образовал особую следственную комиссию в составе Стучки, члена ВЦИК и члена следственного отдела Ревтрибунала при ВЦИК В. Э. Кингисеппа и председателя Казанского совета и делегата Пятого съезда Я. С. Шейнкмана(108). Следователем комиссии назначалась Розмирович. В комиссию поступали все документы и материалы, относившиеся к событиям 6 — 7 июля, а также сведения об арестах. Освобождение арестованных производилось только с ведома комиссии(109).
Когда утром 7 июля в театр прибыл Каменев, левые эсеры потребовали немедленного освобождения и прекращения огня с обеих сторон. Спиридонова обвинила большевиков в насилии. Ее поддержал Колегаев, заявивший, что партия большевиков нарушала конституционные права. Каменев ответил, что речи о конституционных правах быть не может, так как "идет вооруженная борьба за власть", во время которой действует лишь один закон — "закон войны", и задержанные "вовсе не являются сейчас фракцией Пятого съезда Советов или ВЦИКа, а членами партии, поднявшей мятеж против советской власти"(110).
Беседа не дала результатов. Нужно было как-то провести день, и арестованные устроили концерт самодеятельности. В ночь на 8 июля большевики провели регистрацию арестованных, причем у всех конфисковали оружие. Спиридонову подвергли обыску и револьвер забрали насильно. 8 июля Свердлов, Троцкий и Ленин (именно в таком порядке стояли подписи)(111) постановлением ЦК РКП(б) решили "произвести в течение ночи с 8 на 9 выяснение отношения делегатов V съезда л[евых] эсеров к авантюре". Все материалы подлежали передаче в следственную комиссию. За заполнением этой анкеты (которая называлась "Вопросы особой следственной комиссии") левые эсеры провели третью ночь своего заточения. Историк Спирин насчитал в архиве 173 такие анкеты. Примерно 40 % делегатов, по его сведениям, осудили убийство Мирбаха; половина дала уклончивый, неопределенный ответ, а остальные отказались отвечать. Подавляющее большинство арестованных делегатов высказалось против войны с Германией, считая, что советская Россия к этой войне еще не готова(112). После всего, становилось ясно, что съезд Советов не разорвал бы Брестской передышки, как того опасался Ленин.
Поскольку в Большом театре 9 июля намечалось возобновление работы съезда, левых эсеров поместили в Малый театр. Лишенные права участвовать в заседаниях, исключенные из правительства, частью арестованные, политически уничтоженные, левые эсеры уже не были опасны большевикам. 9 июля Троцкий объявил о том, что партия левых эсеров "совершила окончательное политическое самоубийство" и "уже не может воскреснуть"(113). В тот же день съезд Советов, на котором остались фактически одни большевики, потребовал "суровой кары для преступников" и заявил, что левым эсерам "не может быть места в Советах"(114). Все это позволило Свердлову уже 10 июля заверить большевистских делегатов Пятого съезда, что большинство арестованных "завтра, самое позднее послезавтра будут освобождены как явно непричастные к выступлениям". Большевики уже не обвиняли в восстании против советской власти всех левых эсеров, как партию.
Помягчение отношения советского правительства к ПЛСР 10 июля, возможно, имело свою целью расколоть левых эсеров. Так, Свердлов в речи во ВЦИК указал, что из ВЦИКа не будет исключены только те члены ПЛСР, которые "подадут заявления о своей несолидарности с действиями" ЦК(115). В целом, маневр Свердлова был успешен: 15 июля "целый ряд организаций сделал соответствующие заявления"(116). 18 июля Московский областной совет исключил из своего состава всех левых эсеров (их было десять человек), членов Исполкома, отказавшихся осудить убийство Мирбаха. По аналогичным причинам исключениям подверглись эсеры Московского городского и районных Советов. Тогда же Московский губернский совет постановил "считать фракцию левых эсеров исключенной в целом", а левых эсеров Филиппова и Павлова, "выразивших осуждение авантюры" и "свою солидарность с партией пролетариата, считать полноправными членами президиума"(117). Здесь тоже с успехом была применена тактика раскола. К концу июля ПЛСР сдала практически все позиции в управлении страной.
Из большевиков под подозрением оставался только Дзержинский. Задержание его левыми эсерами не снимал с повестки дня вопрос о причастности Дзержинского к убийству германского посла. Показания Дзержинского о его связях с германским посольством были весьма сумбурны, а оправдательные аргументы — сомнительны(118). Дзержинский, например, утверждал, что осведомители германского посольства Гинч и Бендерская были провокаторами, но замалчивал, что информация их была достоверной, и не уточнял, на кого эти "провокаторы" работали. Между тем очевидно, что Гинч и Бендерская не сотрудничали с большевиками или ВЧК. По делу об убийстве Мирбаха они к суду не привлекались и вряд ли работали на левых эсеров. Они, очевидно, были информаторами германского посольства. Но поскольку по договоренности с немцами ВЧК не могла арестовывать осведомителей Мирбаха, Бендерскую и Гинча арестовали лишь 6 июля, вскоре после убийства германского посла149, когда, судя по всему, чекисты уже не боялись действовать вопреки интересам германского посольства. Материалы дознания по делу этих осведомителей опубликованы не были, а сами Гинч и Бендерская в тот же день навсегда исчезли из поля зрения и немцев, и большевиков.
Подозрения, павшие на Дзержинского, заставили Свердлова, Троцкого и Ленина, во избежание невыгодных разоблачений, снять Дзержинского с поста председателя ВЧК. Вопрос об этом рассматривался на специальном заседании ЦК РКП(б). 7 июля Дзержинский подал официальное заявление в СНК об освобождении его от должности ввиду того, что он является "одним из главных свидетелей по делу об убийстве германского посланника графа Мирбаха"(119). Видимо для того, чтобы несколько успокоить немцев, постановлению о снятии Дзержинского придали демонстративный характер: оно "было напечатано не только в газетах, но и расклеено всюду по городу"(120). Временным председателем ВЧК назначался Петерс. Коллегия ЧК объявлялась распущенной и в недельный срок должна была быть реорганизована. Все те, кто "прямо или косвенно были прикосновенны к провокационно-азефской деятельности" Блюмкина, подлежали "устранению"(121). Правда, снятие Дзержинского, было фикцией. Как вспоминал шесть лет спустя Петерс, Дзержинский фактически "оставался руководителем ВЧК, и коллегия была сформирована при его непосредственном участии"(122).
14 июля газеты сообщили о расстреле В. А. Александровича. Его арестовали днем 7 июля "при попытке сесть в автомобиль и удрать"(123). Перед расстрелом с Александровичем долго наедине разговаривал Петерс. Тот показал, что, как член ЦК ПЛСР, подчинялся партийной дисциплине, и это было его единственное оправдание. "Он плакал, долго плакал, — вспоминал Петерс, — и мне стало тяжело, быть может потому, что он из всех левых эсеров оставил наилучшее впечатление"(124). На допросе Александрович сказал, что отданные им приказы, в частности об аресте Лациса и Петерса, основывались на указаниях ЦК ПЛСР. На остальные вопросы он отвечать отказался(125). В ночь на 8 июля он был застрелен, видимо, лично Дзержинским(126), причем не исключено, что Александровича расстреляли "для удовлетворения требований немцев"(127), т. е., сделали из него "искупительную жертву", принесенную германскому правительству. Может быть, именно поэтому уже казненному Александровичу большевики пели дифирамбы. "Он был революционер, и мне рассказывали, что он умер мужественно", проронил Троцкий на съезде 9 июля. "Александровичу я доверял вполне, — указывал Дзержинский, "всегда почти он соглашался со мною", "это меня обмануло и было источником всех бед. Без этого доверия я […] не поручил бы ему расследовать жалобы, поступавшие иногда на отряд Попова, не доверял бы ему, когда он ручался за Попова в тех случаях, когда у меня возникли сомнения в связи со слухами о его попойках. Я и теперь не могу примириться с мыслью, что это сознательный предатель, хотя все факты налицо и не может быть после всего двух мнений о нем"(128).