Заметно изменились церковно-государственные отношения и в самой России. На рубеже XV–XVI вв. значительно обострились две проблемы. Первая проблема – соотношение светской и церковной властей, «царства» и «священства». Конечно, споры о том, кто главнее – Церковь или светская власть, в русской церковно-политической жизни велись постоянно на протяжении всей истории. Но теперь, лишившись покровительства византийского императора и константинопольского патриарха (пусть и номинального покровительства, однако требующего от русских правителей соблюдения определенных правил), Русская Церковь оказалась один на один со всё более крепнущей самодержавной властью. Более того, русские церковные деятели всячески способствовали становлению русского самодержавия, видя в этом воплощение Божией воли, укрепляющей единственную в мире независимую православную державу в «последние времена», то есть в ожидании приближающегося «скончания миру».
Однако взаимоотношения между главами Церкви и светскими русскими правителями оказались крайне противоречивыми. Уже митрополит Феодосий (Бывальцев, † 1475), взошедший на митрополичий стол в 1461 г. по благословению умирающего митрополита Ионы и волею великого князя Василия Васильевича, оказался в сложном положении, потому что в 1462 г. после кончины отца великокняжеский стол занял властолюбивый князь Иван III Васильевич. Одолевали нового митрополита и иные проблемы: нужно было утверждать самостоятельный статус Московской митрополии во взаимоотношениях не только с Константинополем, но и с наиболее влиятельными русскими владыками, прежде всего, с новгородским и тверским, которые критически относились к праву его предшественника Ионы именоваться митрополитом. Не признавали этого права за московскими святителями и в Литве, где был свой митрополит. Кое-что новому митрополиту сделать удалось, в частности, преодолеть некоторую оппозиционность тверского епископа и новгородского архиепископа, а также наладить отношения с Константинополем. Впрочем, на первый план для митрополита Феодосия вышла совсем другая проблема, связанная с внутренними, духовными сюжетами. Будучи сам образованным человеком, Феодосий начал труды по искоренению безграмотности русских священников, смещая недостаточно образованных иереев с мест их служения. Но результат оказался обратным – значительное число храмов осталось без священников, а митрополита начали повсеместно «проклинать». Узнав об этом, Феодосий «разболелся» и в 1464 г. оставил митрополичий стол (он ушел в монастырь, сначала в кремлёвский Чудов, затем – в Троицкий, где и скончался спустя десять лет)285.
Перед своим уходом Феодосий благословил на митрополичье служение суздальского епископа Филиппа. Митрополит Филипп († 1473) продолжил борьбу московских владык с западнорусскими митрополитами. Эта борьба была осложнена тем, что Григорий Болгарин отрекся от унии и был признан константинопольским патриархом Дионисием единственным «истинным» православным митрополитом «на всей Руской земли»286. Следовательно, возникла опасность, что таковым Григория признают все русские епархии, в том числе находящиеся под церковной властью московского митрополита. И эта опасность была вполне реальной, в частности, новгородцы, конфликтовавшие в этот период с московским великим князем, отказывались признавать верховенство и московского митрополита (так, исследователи обратили внимание на важный факт: новгородское летописание того периода не упоминает митрополита Филиппа287). Огромные усилия, которые приложили Филипп и великий московский князь Иван III позволили сохранить единство московской митрополии.
Рука об руку действовали великий князь и митрополит и в других случаях. Одним из величайших их деяний нужно считать начало строительства нового Успенского собора в Кремле. Правда, частично возведенное русскими мастерами ещё при жизни Филиппа здание собора рухнуло в 1474 г., через год после кончины святителя.
Впрочем, отношения митрополита Филиппа с великим князем отличались непостоянством. В частности, к огромному неудовольствию духовного владыки, князь женился на греческой принцессе Софии (Зое) Палеолог, которую в Москве подозревали в склонности к униатству и католичеству. Ещё большее возмущение у русских духовных и некоторых мирских лиц вызывал тот факт, что в свите гречанки в Москву явились католические иерархи и священники. Дело дошло до того, что под благовидным предлогом (великий князь после кончины первой супруги женился во второй раз, а второй брак не поощряется Церковью) митрополит Филипп отказался венчать венценосную пару, более того, запретил это делать кремлёвским священникам. В итоге, таинство свершал приглашенный из Коломны протопоп Осия288.
Строительство нового Успенского собора по новому проекту итальянского архитектора Аристотеля Фиораванти завершилось в 1479 г., уже в годы правления митрополита Геронтия († 1489). В дальнейшем Геронтий постоянно поддерживал все инициативы великого князя Ивана Васильевича, направленные на укрепление создаваемого им Русского государства: в 1477 г. благословил поход на Новгород, в 1480 г. отправил ободряющее послание князю на Угру. Но именно этот период отмечен уже постоянными конфликтами митрополита с великим князем. Иван III все более ощущал себя полноправным «господарем всея Руси» и потому считал возможным вмешиваться в церковные дела по любому поводу, даже если спорный вопрос касался исключительно духовной сферы: какой формы крест ставить в алтаре заново отстроенного Успенского собора; нужно ли канонизировать недавно скончавшегося митрополита Филиппа (князь был против этой канонизации). Дело дошло до того, что в 1481 г. Геронтий демонстративно покинул митрополичий престол, и Иван III вынужден был «бить ему челом». В свою очередь, в 1484 г. великий князь сделал попытку сменить митрополита, правда, не увенчавшуюся успехом289.
Именно в годы правления митрополита Геронтия в жизни Русской Церкви начались серьёзнейшие духовные споры, в том числе и борьба с ересью «жидовствующих», повлекшие за собой значительные изменения всей жизни русского общества и государства. В эти споры и в эту борьбу оказались вовлечены и последующие митрополиты: Зосима (митрополит в 1490–1494 гг.) и Симон († 1511). Судьба их оказалась различна. Зосиме, подозреваемому в склонности к ереси и обвинённому в пьянстве и нерадении о церковных делах, пришлось оставить митрополичий стол «не своей волею». Симон, наоборот, принял активное участие в борьбе с ересью, хотя нередко открыто выступал против деяний Ивана III: «печаловался» об «опальных», протестовал против планов секуляризации церковных земель и др.290
С именем митрополита Симона связано ещё одно важное событие в церковно-государственных отношениях: он был первым из русских духовных владык, которому в 1495 г. митрополичий жезл вручил сам великий князь. С той поры утверждение глав Русской Церкви стало прерогативой московского великого князя. Как отмечают исследователи, «чин поставления Симона в митрополиты, при котором великий князь вручал поставляемому пастырский жезл, как бы закреплял за великим князем канонические права византийского императора и прежде всего, права инвеституры»291. Позднее эти права перешли к русскому царю.
В дальнейшем можно найти немало примеров, когда русские правители, ощущая себя самодержавными, то есть независимыми государями, достаточно вольно обращались с церковными владыками. В 1521 г. по требованию великого князя Василия III с митрополичьего стола был сведён митрополит Варлаам (занимавший кафедру с 1511 г.), отказавшийся развести московского правителя с первой женой. В 1568 г. по приказу царя Ивана IV Васильевича был насильно низложен митрополит Филипп (глава Церкви с 1566 г.), отказавший благословить опричные деяния. В 1586 г. царь Фёдор Иванович отставил от кафедры митрополита Дионисия (бывшего в это роли с 1581 г.), посмевшего обличать царского шурина Бориса Годунова. Более того, даже бояре, дорвавшиеся до самостоятельной власти, начинали вести себя «самодержавно» по отношению к главам русской Церкви: в 1539 г. бояре Шуйские низложили митрополита Даниила (митрополит с 1521 г.), а в 1542 г. отправили на покой неугодного им митрополита Иоасафа (митрополит с 1539 г.). Время правления других духовных владык в XVI столетии было недолгим, они либо сами уходили на покой, как это сделал в 1566 г. не пожелавший оправдывать опричнину митрополит Афанасий (митрополит с 1564 г.), либо, как Кирилл (правил в 1566– 1572 г.) и Антоний (правил в 1572–1581 гг.), не вступали ни в какие конфликты со светской властью, а тихо и мирно оканчивали свои дни в митрополичьем сане (правда, незадолго до кончины Антоний, предчувствуя свою смерть, ушел на покой в монастырь). Лишь митрополит Макарий, своими личностными качествами и практическими делами завоевавший абсолютный духовный авторитет у современников, в том числе и у царя Ивана IV Васильевича, пребывал предстоятелем Русской Церкви почти двадцать лет, с 1542 по 1563 г.