Наступило патриаршество Филарета Никитича, родителя царского. С востока прибыл в Москву Иерусалимский патриарх Феофан и предложил соборно рассмотреть дело Дионисия. Призванный к ответам Дионисий, в присутствии обвинителей своих, был спрошен и, по ясным и правильным ответам своим, признан не только невинным, но и правым и с честью возвращен в обитель свою. Патриарх Феофан посетил Лавру. Встретил его Дионисий вне монастыря с крестным ходом, со святыми иконами, с зажженными в руках свечами и кадилами дымящегося фимиама. Все окрестное народонаселение сопутствовало шествию. Патриарх прослезился, после вечерни по просьбе Дионисия благословил трапезу, потом присутствовал при всенощном бдении, наутро перед литургией окроплял святой водой святые иконы и прикладывался как к ним, так и к святым нетленным мощам угодника Божия и чудотворца Сергия, которого святой лик, по приказанию патриарха, архимандрит открывал святейшему, вслух всех произнесшему похвалу преподобному Сергию и молитвенное благодарение Господу, дарующему верующим упование спасения молитвами Пречистой Своей Матери и всех святых. Слова патриарха переводил толмач.

За литургией, которую совершал сам патриарх, последовала трапеза. Святейший Феофан ничего не вкушал, проливая обильные слезы. Дионисий с братией скорбели; поняв их недоумение, святейший поспешил успокоить их, объяснив, что слух о скорбях, постигших святую Лавру и архимандрита Дионисия от врагов, гонителей их за Христа, за правую веру, достиг и до всех церквей восточных. Все эти бедствия были известны и ему. Ныне же видев, что страдания эти послужили многим во спасение, он, как был общником скорби их, так ныне сделался начальником их радости. Плакал с плачущими и радуется с радующимися.

Затем патриарх пожелал видеть тех иноков, которые принимали участие в сечах и боях с врагами отечества. Ему было представлено более 20 человек; между ними первенствовал Афанасий Ощерин, старец, украшенный пожелтевшими сединами. С ним вступил патриарх в беседу и на вопрос святейшего, какому подвигу старец дает преимущество – уединенной ли молитве или подвигу перед всеми людьми? – Афанасий отвечал: «Всякая вещь и дело, Владыко святый, в свое время познаются… что я творил и творю – все только ради послушания», – и, обнажив седую голову свою, продолжал: «Вот подпись латинян на челе моем, еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келье, сидя на молитве, можно ли было из доброй воли найти таких будильников для воздыхания и стенания? Все же сие было не нашим произволом, но повелением пославших нас на службу Божию». Патриарх, встав от трапезы, поцеловал старца, благословил его и всю дружину иноков-воинов и отошел на отдых.

На другой день после литургии поднесены ему были дары, из коих, оставив нечто себе, остальное отдал в дом Святой Троицы и на милостыню. Затем велел петь конечный молебен Пресвятой Троице и, подойдя к раке великого чудотворца, снял с себя клобук, отер им колена и ноги преподобного Сергия до подошвы и подложил под плесна его, со многими слезами приникнув ко гробу; потом взял клобук из-под ног чудотворца, поцеловал и дал поцеловать Дионисию, стоявшему при нем с открытой головой, на которую святейший возложил руку свою. Архидьякон возгласил: «Вонмем!» Архимандрит Синайской горы, сопутствовавший патриарху, трижды повторил: «Кирие елейсон», патриарх же, возложив с молитвой клобук свой на Дионисия, благословил, целовал его в уста и сказал: «Во имя Отца и Сына и Святого Духа, дал я тебе благословение, сын мой, и знаменовал тебя в великой России, среди братии твоей, да будешь первый в старейшинстве, по благословению нашему, также и кто по тебе будет, да носит в сем святом месте благословение наше, величаясь и хвалясь нашим смирением и радостно всех извещая: сие нам дано знамение, что и патриархи восточные поклонники суть сему святому месту и честь свою перед Святой Троицей оставили, сняв с главы своей память по себе и положили под ноги великому стражу и блюстителю Сергию Чудотворцу». Оба клироса пропели по его приказанию: «Спаси, Христе Боже, отца нашего архимандрита Дионисия!» – после чего, обратясь к братии, патриарх приказал записать все совершенное им над архимандритом на память грядущим родам, чтобы не забывали смирение и любовь святейшего, поминая его в молитвах своих. Братия и весь народ поклонились ему до земли.

Несмотря на это торжество, являвшее величие архимандрита Дионисия, враг рода человеческого не оставлял возбуждать против него злобу и клевету. Дважды был он оклеветан перед царем и патриархом. Первая клевета последовала от присланного в Лавру подначального чернеца Рафаила, знавшего, что патриарх Филарет был гневен на Дионисия по наветам клеветников. Вызванный в Москву Дионисий был оправдан, а клеветники сосланы в заточение. Вторую клевету взвел на него эконом Лавры, по проискам которого блаженный муж был ввержен в темное и смрадное место, где пробыл тайно три дня в заточении.

Не довольствуясь этим, эконом возбуждал патриарха против Дионисия тайными грамотами, обвиняя его в искательстве патриаршества, и дошел до такого исступления, что однажды на соборе дерзнул бить архимандрита по ланитам и с безчестием запер настоятеля в келью, из которой не выпускал четыре дня. Государь, услышав о том, царской властью приказал освободить страдальца и, будучи в обители, сам перед всей братией делал изыскание о случившемся, но преподобный Дионисий все покрыл любовью, всех представил себе доброхотами, винил себя одного и тем преложил гнев царский на милость, к общему изумлению всех бывших при царе бояр; с тех пор самодержец не принимал никакой клеветы на святого.

Время кончины преподобного близилось: он изнемогал в силах, но не ослабевал в подвиге, присутствовал при богослужениях и еще накануне смерти литургисал, а в самый день кончины присутствовал у утрени и обедни. В вечерню, надев клобук и мантию, хотел идти в церковь. Братия не пускали его из кельи, видя его в испарине, но это было уже конечное изнеможение, чувствуя которое он стал просить схимы. Послали донесение патриарху, испрашивая его благословения, но, видя конечное изнеможение старца, начали пострижение. Прежде нежели были окончены последние молитвы, Дионисий, до того стоявший на ногах, сел, немногим из братий преподал благословение и, перекрестив свое лицо, возлег на ложе, закрыл глаза, сложил на груди крестообразно руки и отошел душой в блаженную вечность. Это было 10 мая 1633 года. Патриарх Филарет сам отпевал его.

Многие явления и исцеления свидетельствовали избранника Божия.

Из учеников Дионисия особенно замечателен был Дорофей. В рукописных святцах читаем: «Преподобный Дорофей, великий трудник бысть ученик святого Дионисия Радонежского и преставился в л. 7130 (1622)». Дорофей был великий труженик-подвижник, много трудился для раненых и больных, в уходе за которыми проводил ночи без сна, в непрестанной денно-нощной деятельности. Подвижничество его подвергало его насмешкам. «Раз я, – пишет ключарь Иоанн Наседка, – смеялся над ним вместе с другими. Заметил это Дионисий и строго посмотрел на меня. Спустя десять лет, в духовной беседе в Москве, напомнил я Дионисию о замечании его относительно Дорофея; авва сказал: “Не спрашивай иноков о делах иноческих. Для нас беда открывать мирянам наши тайны. Писано: да не у весть шуйца, яже творит десница твоя. Вы, миряне, – продолжал он, – если услышите худое о чернецах, осуждаете их, на грех себе; а если услышите доброе, не ревнуете тому, а только хвалите и из вашей похвалы выходит опасное искушение для нас: рождается гордость. Вы смеялись над человеком святым оттого, что он жил не по-вашему. Мне известно, что не едал он по неделе, по десяти дней капли воды не бывало у него во рту, ходил босой, нагой, голодный, с неумытыми руками и лицом. Голодом и жаждой боролся он с помыслами, мучившими его”».

В селах Лавры многие храмы были сожжены поляками, другие ограблены. Преподобный Дионисий построил несколько сельских церквей, из которых есть еще доселе существующие в целости. Он имел в запасе всякую церковную утварь и с любовью наделял ею просящих для той или другой церкви.