Распустив войска и вернувшись в Чигирин, гетман Наливайко занялся восстановлением быта городов и сел, разрушенного войной, и очищением церкви от духовенства, зараженного Унией. Некоторые священники искренне отреклись от той заразы, а другие прикидывались такими, но на самом деле они жалели о потерянной власти над народом, данной им поляками в виде пятнадцати домов с прихожанами, превращенными в их рабов. Каждый прихожанин должен был договариваться с попами о плате им за христианские требы, в том числе Сорокоуст, субботники на мертвых и венчание молодых. В этих случаях были долгие и убеждающие просьбы прихожан перед попами, называлось это «еднать попа», и попы, обсчитав достаток просителя, требовали как можно большую плату, а те – о снижении, с земными поклонами, а часто и со слезами. Даже поговорка тогда родилась: «Жениться не страшно, а страшно попа еднать».
Между тем в 1597 году настало время посылать депутатов в Варшаву на Сейм. Их всегда посылали четыре от воеводств, трех от правления гетмана и во́йска и пять от важных городов и общества. В числе депутатов от войска выпало быть полковнику Лободе, полковому судье Федору Мазепе и киевскому сотнику Якову Кизиму. Они со всеми другими депутатами туда и отправились. Да и сам гетман пожелал с ними поехать, не столько ради Сейма, как ради принесения своему королю глубокого уважения и покорности, о которых он постоянно думал. По приезде гетмана и депутатов в Варшаву в первую же ночь они были арестованы и помещены в подземную тюрьму. Через два дня без каких-либо допросов гетмана и с ним Лободу, Мазепу и Кизима вывели на площадь и, объявив им вину, как гонителей веры Христовой, посадили живьем в медный чан и нагревали его медленным огнем несколько часов, пока не утихли стоны казаков. Тела их потом сожгли.
Такое нечеловеческое и жестокое варварство придумано римским духовенством по правилам и искусству их священной инквизиции, а реализовали его таким позорным способом польские вельможи, которые владели вместе с Примасом всем королевством. Важно знать, что власть короля, начиная с 1572 года, т. е. с момента первого избранного короля Генриха Валуа, вызванного в Польшу из Франции, который от своеволия поляков убежал снова во Францию, была очень ослаблена. А при следующем короле, Сигизмунде, который с детства посвятил себя духовному сану и был призван в короли из монастыря, власть короля и вовсе потеряла силу, присвоили ее себе вельможи или магнаты королевства и римское духовенство, которые держали короля ради проформы. Сами сеймы были ничем другим, как творением магнатов и духовенства, созданные ими и их партиями из так называемой нищей шляхты, которая в течение всех сеймов одевалась и содержалась на средства вельмож и монастырей. Польские историки, сколько бы ни преувеличивали вину казаков и ни прикрывали самовластных желаний вельмож и духовенства прибрать к рукам русскую землю, пишут, однако, что это «миссия римского духовенства, которое задумало провести в русской религии реформу для объединения ее со своей, но слишком поспешило реализовать ее в народе грубом и воинственном. А правительство, желая присвоить собственность русских урядников, еще больше допустило ошибок. Оно, амнистировав гетмана Наливайко и его сообщников в торжественных трактатах, закрепленных присягами, а духовенством незаконно освобожденных от исполнения, казнило их противно чести самым варварским способом и, вместо того, чтобы лечить болезнь народа, еще больше ее обострило».
После уничтожения гетмана Наливайко таким неслыханным варварством Сейм, а вернее вельможи, которые им управляли, вынесли такой же варварский приговор и всему русскому народу. В нем он провозглашен отступным, вероломным и бунтующим, осужденным на рабство, преследования и всякие другие гонения. Следствием этого нероновского приговора было полное отлучение русских депутатов от Сейма, а всего рыцарства от выборов и должностей правительственных и судебных, конфискация староств, сел и других ранговых усадеб всех русских чиновников и урядников. Русское рыцарство названо хлопами, а народ, который отвергал Унию, – схизматиками. Во все малороссийские правительственные и судебные учреждения направлены поляки с многочисленными штатами, города заняты польскими гарнизонами, а другие поселения их же войсками. Им дана власть делать все с русским народом, чего захотят, и они исполняли тот приказ усердно, что только может придумать наглый, жестокий или пьяный человек, устраивая издевательства над русским народом без всякого угрызения совести. Грабежи, изнасилование женщин и даже детей, побои, пытки и убийства превысили меру самых жестоких варваров. Они, считая и называя народ невольниками, или польским ясиром, все его добро забирали себе. Тех, кто собирался вместе для обычных работ или на праздник, немедленно побоями разгоняли, пытками дознавались о разговорах, запрещая навсегда собираться и разговаривать между собой. Русские церкви силой подчиняли Унии. Духовенство католическое, которое разъезжало по Малороссии для надсмотра за внедрением униатства, возили от церкви к церкви на возах, запряженных двенадцатью и более русскими людьми. В прислугу этим священникам выбирали самых красивых русских девушек. Церкви, которые не соглашались на Унию, отдавали евреям в аренду, которые устанавливали плату за богослужение. И такое издевательство продолжалось в течение нескольких десятков лет, наполняя души и сердца людей ненавистью и злобой. К этому добавилось еще и предательство собственной, так сказать, элиты. Боясь потерять должности, привилегии и собственность, она отвернулась от народа и разными подходами, обещаниями, подарками примкнула к польской шляхте, признав Унию. В дальнейшем она вообще отреклась от своих русских корней, выдавая себя за поляков. Так среди польской шляхты появились паны с русскими фамилиями: Проскура, Кисель, Волович, Сокирка, Комар, Ступак и многие другие, а с бывшего Чаплины появился Чаплинский, с Ходуна – Ходинский, с Бурки – Бурковский и т. д. Следствием этого стало то, что этим перевертышам и отступникам были возвращены собственность и должности навечно и они уравнены с польским шляхетством. В благодарность за это приняли они относительно русского народа всю систему польской политики, помогая угнетать его. Главным политическим намерением являлось обессилить казацкие войска, уничтожить их полки из реестровых казаков, в чем они и преуспели. Эти полки, понесшие значительные потери в последней войне, не пополнялись. Казне и казацким селениям запрещалось оказывать им какую-либо помощь. Командиры, превратившись в поляков, допустили в полках многие вакансии. Упала дисциплина военная и весь военный порядок, и реестровые казаки превратилось в каких-то амеб без пастырей и вождей. Курени казацкие, которые были ближе к польской границе, то из-за преследования, то из-за подкупа, наследуя знатную шляхту свою, превратились в поляков и обернулись в их веру. Бедные реестровые казаки, а особенно неженатые и мало привязанные к своим местам, а с ними и почти все охочекомонные, ушли в Запорожскую Сечь и тем ее значительно увеличили и усилили, сделав с тех пор ее местом сбора всех казаков, преследуемых на родине.
В то лихое для Малороссии время, когда все в ней дышало злобой, местью и растерянностью, родилось новое зло, как будто самым адом устроенное на погибель людей. В 1604 году некий проходимец, который жил в доме сандомирского воеводы Юрия Мнишека, назвал себя московским царевичем Дмитрием, о котором давно шли разговоры, что он еще ребенком был убит по указке боярина Годунова, который после этого стал московским царем. Но этот, что назвал себя царевичем, всячески убеждал, что он именно и есть настоящий царевич, который спасся от смерти, поскольку убили другого ребенка, сына попа, подставленного вместо него. В переписке с польскими послами Годунов утверждал, что тот царевич действительно убит, а проходимец, который выдает себя за царевича, на самом деле является лишенный диаконства монах Гришка Отрепьев. Но, несмотря на это, частные и польские интересы победили. Воевода Мнишек, желая видеть свою дочь Марину московской царицей, выдал ее за Самозванца, с которым у них это было договорено, и ради этого он хлопотал за него перед королем и Сенатом. А король с поляками, пользуясь такой возможностью, хотели, сделавши того претендента царем московским, поделиться с ним его царством и удовлетворить тем самым свою злую враждебность к московскому царству. Поэтому было решено выставить все польские силы против сил московских на пользу Самозванца.