Пока духовенство меняло церковные антиминсы и требники и придумывало формулировки прославления и уважения своего Папы, польские войска, получив приказ помогать духовенству в утверждении Унии, исполняли его тщательно. Будучи расставленными во всех важных церквях, прежде всего в городах и местечках, с оголенными саблями заставляли народ в церкви стоять на коленях и бить себя в грудь по-римски, а при чтении Символа веры добавлять известную молитву. При этом поднимались сабли над головами народа с угрозой рубить тех, кто не подчиняется их приказу.
Чины и малороссийские казаки, которых не пустили в главный их город Черкассы, занятый гарнизонам Коронного польского гетмана, собрались в городе Чигирине и после длительных совещаний постановили единогласно, что на основании стародавних прав и привилегий, которые королями, договорами и пактами утверждены, избрать гетмана с правом и привилегией предыдущих гетманов. В соответствии с этим решением в 1596 году был избран гетманом Генеральным есаул Павел Наливайко, и от него и от всех чинов и войска малороссийского через посланца своего полковника Лободу королю Жигмунту Третьему послано прошение такого содержания: «Народ русский, будучи в единстве сначала с Княжеством литовским а потом и с Королевством польским, не был никогда им завоеванный и подвластный, но, как союзный и единоплеменный, от единого корня славянского или сарматского возникший, по доброй воле соединился на одинаковых и равных с ними правах и привилегиях, договорами и пактами торжественно утвержденных, а защита и сохранение тех договоров и само состояние народа поручены помазанникам божьим, наияснейшим королям польским, как и вашему королевскому величеству, что поклялись в том во время коронации перед самим Богом, который держит в деснице своей весь мир и его царей и царства. Сей народ в необходимости общих усилий объединенной нации ознаменовал себя разносторонней помощью, братской и союзной верностью, а русское воинство прославило Польшу и удивило весь мир героическими подвигами своими в битвах и в обороне, в расширении пределов польского государства. И кто устоял из соседних государств против русского воинства? Загляни, наияснейший король, в отечественные хроники, и они то подтвердят. Спроси своих старцев, и скажут тебе, сколько потоков пролито крови русских воинов за славу и целостность общей польской нации и сколько тысяч русских воинов пало от мечей на ратных полях за ее интересы. Но недруг, который добро ненавидит, который вышел из ада, разорвал то священное единство народов на общую погибель. Польские вельможи, эти магнаты власти, завидуя нашим правам, потом и кровью добытых, и наученные духовенством, которое завсегда вмешивается в мирские дела, их не касающиеся, подвели наияснейшего короля, нашего пана и милостивого отца, лишить нас выборов гетмана на место покойного Косинского, недавно казненного неправедным, позорным и варварским способом, а народ возбудили наглым обращением его к Унию! При таких притеснениях, устроенных нам и народу магнатами и духовенством, мы не совершили ничего такого враждебного, нарушающего закон, поэтому, избравши себе гетмана согласно с правами и нашими привилегиями, отдаем его и себя самих наимилостивейшей опеке наияснейшего короля и отца нашего и просим покорнейше подтвердить право нашего выбора, а мы готовы проливать нашу кровь за честь и славу вашего величества и всей нации».
Отправленный с этим прошением Лобода имел у короля частную аудиенцию, на ней король удивлялся поступкам своего правительства и сказал Лободе, что он на первом же Сейме будет стараться упразднить затеи правительства и духовенства, а до того времени велел гетману и войску вести себя мирно с войсками и польскими чинами.
Гетман Наливайко отправил во все города чиновников и помощников, а до самых важных отправил самого полковника Лободу с универсалом, в котором сообщалось о его избрании в соответствии с существующими правами и привилегиями и о своем вступлении в управление с разрешения короля. При этом он советует чинам, войску и народу не предпринимать ничего враждебного против польского войска, расквартированного по городам и селам, ждать появления приказа об их выводе из верховной власти. Что касается Унии, то каждому вести себя спокойно, прислушиваясь к своей совести. Гетман также известил Коронного польского гетмана о своем правлении, согласно воле короля.
Но вскоре к гетману стали приходить известия из городов и сел, что посланные им урядники и помощники оскорблены и изгнаны, а многих поляки и убили, и что польские войска собираются в Черкассы и в Белую Церковь в полном вооружении. Стало ясно, что в планах поляков предусмотрено покончить с независимостью русского народа, лишить его своей веры и ополячить. Поэтому Наливайко вынужден был собрать свое войско в Чигирине и стал обозом над рекой Тясмин, где, укрепив свой лагерь окопами и артиллерий, стал ждать действий поляков. Они вскоре явились большим числом под руководством Коронного гетмана Жолкевского. Наливайко сперва выставил против них на возвышении три белых хоругви, т. е. знамена с крестами, с вышитым на них девизом: «Мир христианству, а на виновника – Бог и его крест». Поляки же напротив знамен, которые призывали к миру, выставили на виселице трех малороссийских урядников – Богуна, Войновича и Сутыгу, которых гетман послал в город. На их телах виднелась надпись: «Смерть бунтовщикам!»
Поляки начали атаку на казацкий лагерь. Наливайко заранее устроил в потайном месте за табором сильную засаду из отборного войска, выстроенного фалангой. Когда началась с обеих сторон сильная стрельба из пушек и мушкетов, он вывел свою фалангу из засады и ударил неожиданно по самому центру польской армии. Одновременно двинулись казаки из табора и, поставив поляков между двух огней, смешали их, нанеся им жестокое поражение. Убийство и сеча продолжались более семи часов. Казаки, имея перед глазами бесчестно замордованных своих товарищей, так ожесточились против поляков, что и слышать не хотели о согласии или извинениях. Раненых и поваленных на землю добивали, тех, кто бросался в реку, и утопающих вытягивали арканами и резали. Словом, спаслись бегством только те, которые имели быстрых коней, а остальные погибли. При разборе трупов подсчитано, что поляков погибло 17 330 человек. Мертвых поляков собрали вокруг виселицы, на которой висели товарищи казаков, и там зарыли, а своих товарищей торжественно погребли в Чигиринской церкви Преображения Господнего.
Гетман Наливайко после первой битвы с поляками, которая завершилась так удачно, разделил свои войска на две части, одну он отправил в заднепровские и задеснянские города с приказом изгонять оттуда поляков и духовенство, зараженное Унией, а сам с другой частью войска пошел той стороной, что между Днепром и Днестром. Проходя эти территории, войска имели много стычек и боев с поляками, которые находились в городах Малороссии или приходили на помощь из Польши, но каждый раз их разбивали и разгоняли, а добычей казаков были их обозы и оружие. Очищая Малороссию от поляков и Унии, гетман был вынужден два свои города, Могилев над Днестром и Слуцк над Случью, в которых были сильные польские гарнизоны и многие униаты там скрывались, делая сильные вылазки, добывать штурмом. Эти города были полностью сожжены и разрушены, а поляки убиты до последнего. И все эти походы и битвы продолжались в течение трех с половиной месяцев. Наконец сошлись гетман и полковник Лобода над рекой Сулой. Здесь они атаковали обоз с войсками двух гетманов – Коронного польского и Литовского, окружили его и уже часть даже захватили, но прибыли в это время посланцы из Варшавы от короля и остановили битву. Король писал всем трем гетманам, чтобы военные действия они прекратили немедленно и подписали с русским гетманом трактат о вечном мире с утверждением прав и свобод русского народа и скрепили его присягой. Король со всеми своими чинами и Сеймом дарит войску и русскому народу полную амнистию, забыв навеки все прошлое, подтвердив их права и привилегии на вечные времена. Таким образом, первая война с поляками закончилась, трактат подписан и присягою с обеих сторон утвержден. Войска, внешне проявляя приязнь, но косо поглядывая друг на друга, разошлись по домам.
