Преследования вначале выражались в конфискации и уничтожении книг, классифицированных как лютеровские. Затем их стали всё чаще направлять против людей. В 1524 г. состоялась первая казнь ткача из Мо224. Наряду с Сорбонной, существовали группы при дворе, выступавшие за жёсткий курс в вопросах веры. Профессора Сорбонны боролись за то, чтобы соблюдалось право толкования вопросов веры и определения ереси в рамках правовых норм, установленных Римом. После битвы при Павии и пленения короля сторонники жесткого преследования одержали вверх, несмотря на то, что Маргарита Ангулемская, ставшая королевой Наварры, и Франциск I выступали за сдержанную позицию225. Победе антиреформационных сил способствовало и то, что на новую ступень эскалации в 1534 г. встал конфликт вокруг так называемого «дела о листовках» (Affaire des Placards), т.е. о реформаторских памфлетах, распространяемых в Лувре226. В дальнейшем периоды ожесточенных преследований чередовались с относительной нормализацией отношений между католиками и протестантами227. В конце 1540-х гг. при Генрихе II была создана Огненная палата (Chambre Ardente) – специальный трибунал для процессов над еретиками228. Таким образом, произошла передача дел от церковных инстанций к светскому суду, что ярко демонстрирует, насколько «дело о листовках» представлялось опасным правящим кругам. Можно сказать, что мы в данном случае имеем дело с механизмом, основанным на угрозах и обещающим восстановление безопасности и порядка с помощью исключительных мер. К этим исключительным мерам как раз и относилось создание Огненной палаты, что стало чрезвычайным обстоятельством, которое можно рассматривать в контексте борьбы за право толкования229. Однако необходимо заметить, что меняющееся внешнеполитическое положение постоянно приводило к отмене подобных мер. Если Франциск I или в дальнейшем Генрих II были вынуждены вступать в альянсы с протестантами-князьями империи, процессы над еретиками во Франции откладывались или же пересматривались230.

Усиление преследований во Франции быстро спровоцировало эмиграцию, правда, поначалу не слишком многочисленную. В эмиграцию были вынуждены отправиться в основном авторы публицистических сочинений и лидеры регионального движения. За границей оказались такие выдающиеся личности как Гийом Фарель и Жан Кальвин, больше известный под своим латинизированным именем Иоганн Кальвин (1509–1564).

Сначала Францию покинул Фарель. Несколько лет (1533–1536) он провел в Базеле, Страсбурге и Мемпельгарде, прежде чем обосновался в Женеве231. Кальвин был родом из Пикардии. Объявив о своих реформационных убеждениях232, он уехал из Франции во время волны преследований, вызванных историей с листовками. По приглашению Фареля Кальвин отправился в Женеву, где уже в 1536 г. представил первую редакцию своего “Institutio christianae religionis” (Наставление в христианской вере)233, написанную на латыни ещё в Страсбурге. Однако он быстро вступил в конфликт с городским советом из-за своих радикальных взглядов и покинул Женеву234. Только в 1541 г. Кальвин вновь смог вернуться туда. За время его отсутствия соотношение сил изменилось под влиянием многочисленных волнений, что позволило ему занять радикальную позицию и провести всеобъемлющую Реформацию. В 1541 г. Кальвин разработал проект церковного переустройства в Женеве, в 1542 г. создал Женевский катехизис235.

Во время Реформации в Женеве проект церковного переустройства был реализован. В его основе лежала общинная структура, которая предполагала наличие в каждой общине четырех должностей: учителя, пастора, пресвитера, или старейшины, и дьякона236. Ключевую роль играли пасторы, хотя важное место отводилось также старейшине и дьякону, дополнявшим пастора; эти должности занимали прихожане. В то время, как дьяконы осуществляли заботу о бедных, старейшины вместе с пасторами следили за церковной дисциплиной и занимались так называемым «надзором за грехами», т.е. настойчиво вмешивались во внутренние дела общины, требуя единообразия в нормах поведения, что могло распространяться даже на самую личную сферу. Тот, кто вёл себя не в соответствии с требованиями конформности, мог быть вызван в церковный совет или даже, в особых случаях, лишен причастия237. С теологической точки зрения, за этим не стояло каких-то устойчивых представлений о нормах благочестия, это было скорее символическое понимание праведного образа жизни, соответствуя которому можно было достичь избранности. Избранный добросовестно следовал при жизни божественным законам. При этом акцент ставился очень чётко на суверенитет и всемогущество Бога, что позволило ученикам и последователям Кальвина выстроить учение о предопределении, т.е. представление о том, что по воле Божьей с давних пор определены праведники и обреченные238.

Во Франции, как и в Нидерландах, организация общин реформатов и создание надрегиональных структур шли по пути принятия теологии и церковных принципов Кальвина. Таким образом, с 1540-х гг. четкая реформаторская теология женевского образца вытеснила слабые евангелические лютеровские начинания. Французский протестантизм получил однозначно кальвинистскую форму239, благодаря разработанному Кальвином вероисповеданию, которое, как Confessio Gallicana, было принято национальным синодом в 1559 г. и подтверждено национальным синодом, проходившим в 1571 г. в Ла Рошели. Уже с 40-х гг. XVI в. учение Кальвина заняло господствующее положение по отношению к существовавшим ранее лютеровским течениям240. Кальвину принадлежит и проект церковного уложения Discipline Ecclesiastique des Eglises Reformees de France, который был принят первым национальным синодом в 1559 г. Позже он превратился в текст, состоящий из 14 глав241. Церковное уложение вводило должности проповедников, старейшин и дьяконов, которые отвечали за церковные службы и церковное хозяйство, руководство церковью, а также за заботу о бедных. Старейшины и дьяконы избирались из отцов семейств общины, новые члены в дальнейшем кооптировались. Проповедники, напротив, назначались синодом, но не могли быть навязаны общине242. В отличие от пасторской системы Женевы, своеобразным французским нововведением стало появление пресвитерски-синодального церковного порядка243. Проповедники, старейшины и дьяконы совместно образовывали пресвитерство, которое во французском церковном уложении обозначалось как Consistoire244 (консистория). В качестве высших органов функционировали регулярно собиравшиеся окружные и провинциальные синоды, на которые каждая община посылала своих делегатов, а также, при необходимости, национальные синоды245. Такие синоды решали дела, значение которых выходило за рамки одной общины, и обеспечивали единство реформированной церкви Франции. Теоретически общины и синоды сами занимались собственным управлением и обходились без участия светской администрации в решении своих проблем. Это отличало французскую реформированную церковь от институций Кальвина в Женеве, где церковь, руководимая пасторами, могла опереться на магистрат городской республики246.