Вместе в Петром Меншиков участвовал в Азовском походе, ездил за границу в состав Великого Посольства, работал на верфях в Саардаме, посещал английский парламент. Вероятно врожденные способности позволяли ему легко учить иностранные языки. Позже вместе в Петром он усмирял взбунтовавшихся стрельцов и собственноручно рубил им головы.

С начала Северной войны Меншиков неразлучен с царем. Меншиков участвовал в осаде и взятии Нотебурга – шведской крепости у истока Невы, на острове Ореховом. Осада была тяжелой и кровопролитной, а после победы Меншиков назначается комендантом новой крепости, которую Петр переименовал в Шлиссельбург («город-ключ»). Меншиков находит место для Олонецкой верфи на реке Свири, где строили столь необходимый Петру военный флот. Уже в августе 1703 года с ее стапелей сошел фрегат «Штандарт».

Затем Александр Данилович участвует во взятии шведской крепости Ниеншанц и в первом морском сражении, выигранном русскими войсками. Дело было так: сразу после того, как крепость Ниеншанц сдалась, к устою Невы подошла шведская эскадра из девяти кораблей. Шведы еще не знали, что крепость им уже не принадлежит. Они приветствовали гарнизон двумя пушечными выстрелами. Русские также ответили им двумя выстрелами, и шведы ничего не заподозрили. Близко подойти к берегу большие корабли не могли. Тогда адмирал Нумерс, командовавший эскадрой, послал в Неву два небольших корабля, чтобы связаться с гарнизоном крепости. Ночью русские солдаты под командованием Петра и Меншикова – единственных, кто умел управлять лодками, спустились к устью Невы и напали на шведов. Корабли эскадры поняли, что дело не ладно и начали стрелять из пушек. Начался абордажный бой. Шведов на обоих судах было около 80; «но, – как писал Петр Апраксину, – понеже неприятели пардон зело поздно закричали, того для солдат унять трудно было, которые, ворвався, едва не всех покололи, только осталось 13 живых. Смею и то писать, что истинно с 8 лодок только в самом деле было. И сею, никогда бываемою викториею вашу милость поздравляю». В итоге корабли захватили и увели в Неву. Адмирал Нумерс, обескураженный этим нападением, увел свою эскадру подальше от берега. В память об этом сражении Петр велел отчеканить медали золотые – для офицеров, серебряные – для солдат, со своим портретом на одной стороне и надписью на другой – «„Небываемое бывает. 1703». За эту победу бомбардирского капитана Петра Михайлова и поручика Меншикова пожаловали Андреевскими кавалерами.

Из военного моряка Александр Данилович сразу же превратился в строителя, ему поручено наблюдение за возведением одного из бастионов новой крепости на Заячьем острове. По сей день этот бастион носит имя «Меншиков». Сама же крепость во всех документах носила название Санкт-Питербурх.

15 июля 1703 года Меншиков уже в должность петербургского губернатора писал Петру: «Городовое дело управляется, как надлежит. Работные люди из городов уже многие пришли и непрестанно прибавляются. Чаем, милостью божией, что то предреченное дело будет поспешествовать. Только то бедно, что здесь солнце зело высоко ходит». Он же встречал в августе того же года 12 голландских торговых кораблей, которые пришли в город Ниен – предместья Ниеншанца. Узнав, что шведов здесь уже нет, капитаны захотели вести дела в русскими. Однако в тот раз корабли не смогли войти в Неву – им помешала эскадра Нумерса, все еще сторожившая берег. Но уже в ноябре 1703 года, когда эскадра наконец ушла в Выборг, новый голландский корабль привез в крепость соль и вино. Меншиков принял шкипетра весьма радушно и подарил ему 500 золотых“».

Всего в строительстве крепости принимали участие 20 000 человек и в середине сентября 1703 года оно закончилось и началось строительство укреплений на острове Котлин, которые возвели к весне следующего 1704 года.

Весной 1704 года русская армия вернулась под Нарву, где всего четыре года назад понесла сокрушительное поражение. Петр попытался взять город с ходу и для этого пошел на военную хитрость. Шведы ждали помощи из Ревеля, от отряда Шлипербаха. Тогда Петр приказал одеть часть воинов в синие шведские мундиры и двинулся на войско, осаждавшее Нарву. А.Д. Меншиков и А.И. Репнин притворно отражали нападение. Их цель – выманить шведов из укрепления и они добились своего: конный отряд выступил из крепости на помощь мнимому Шлипербаху.

В результате боя большая часть шведской кавалерии была изрублена, а пехота не без труда вернулась в крепость. Всего шведы потеряли в тот день около 300 человек, русские же – всего четырех. Осада Нарвы продолжалась весь июнь и июль и закончилась штурмом и взятием крепости. Меншиков, участвовавший в штурме, получил звание генерал-поручика и назначен губернатором Нарвы. Вскоре после этого сдался и шведский гарнизон, находившийся в Ивангороде.

Взятие Нотебурга, Нарвы и Дерпта (с 12-го на 13 июля 1704 года) нанесло серьезный удар по положению шведской армии на Балтийском море. Эта кампания принесла Меншикову еще одну, очень важную победу. Она связана не с ратными подвигами, а с пригожей лифляндкой Мартой Скавронской. Именно тогда она появляется в жизни Меншикова, а затем и в жизни Петра и на страницах русской истории.

О судьбе Марты еще при ее жизни ходили легенды. Одну из них рассказывает Юсто Юль, датский посланник в России. Вот что он пишет: «Упомянув о царской любовнице Екатерине Алексеевне, я не могу пройти молчанием историю ее удивительного возвеличения, тем более, что впоследствии она стала законною супругой царя и царицею. Родилась она от родителей весьма низкого состояния, в Лифляндии, в маленьком городке Мариенбурге, милях в шести от Пскова, служила в Дерпте горничною у местного суперинтенданта Глюка и во время своего нахождения у него помолвилась со шведским капралом Мейером. Свадьба их совершилась 14-го июля 1704 года. как раз в тот день, как Дерпт достался в руки царю. Когда русские вступали в город и несчастные жители бежали от них в страхе и ужасе, Екатерина в полном подвенечном уборе попалась на глаза одному русскому солдату. Увидав, что она хороша, и сообразив, что он может ее продать (ибо в России продавать людей – вещь обыкновенная), солдат силою увел ее с собою в лагерь, однако, продержав ее там несколько часов, он стал бояться, как бы не попасть в ответ, ибо, хотя в армии увод силою жителей дело обычное, тем не менее он воспрещается под страхом смертной казни. Поэтому, чтоб избежать зависти, а также угодить своему капитану и со временем быть произведенным в унтер-офицеры, солдат подарил ему девушку. Капитан принял ее с большою благодарностью, но в свою очередь захотел воспользоваться ее красотой, чтобы попасть в милость и стать угодным при дворе и привел ее к царю, как к любителю женщин в надежде стяжать этим подарком его милость и быть произведенным в высший чин. Царю девушка понравилась с первого взгляда и через несколько дней стало известно, что она сделалась его любовницей. Впрочем сначала она была у него в пренебрежении и лишь потом, когда родила ему сына, царь стал все более к ней привязываться. Хотя младенец и умер, тем не менее Екатерина продолжала пользоваться большим уважением и быть в чести у царя. Позднее ее перекрестили, и она приняла русскую веру. Первоначально она принадлежала к лютеранскому исповеданию, но, будучи почти ребенком и потому мало знакомая с христианской верою и со своим исповеданием, она переменила веру без особых колебаний. Впоследствии у нее родились от царя две дочери, обе они и теперь живы… Настоящего ее мужа, с которым она была обвенчана, звали, как сказано, Мейером. С тех пор, продолжая состоять на шведской службе, он был произведен в поручики, а потом его, вероятно, подвинули еще выше, так как он все время находился при шведских войсках в Финляндии. Этот рассказ о Екатерине передавали мне в Нарве тамошние жители, хорошо ее знавшие и знакомые со всеми подробностями ее истории».