Сын-император из любви и уважения к своей дорогой «Мама» поселился с молодой женой в Аничковом дворце. Он не хотел оставлять мать одну. Почти два месяца у них гостила сестра Марии Фёдоровны Александра, герцогиня Уэльская. Когда она уезжала, вдова русского царя горько плакала.

В жизни датской принцессы наступил новый период. Отныне она как вдовствующая императрица лишь присутствовала, правила же германская принцесса. И это несмотря на то, что сын, император Николай II, оставил за матерью все привилегии. Сохранил он за ней и некоторые обязанности. Как и прежде, Мария Фёдоровна должна была руководить главной благотворительной организацией России, так называемым Ведомством учреждений императрицы Марии, основанным ещё супругой Павла I принцессой Вюртембергской, а также Обществом Красного Креста.

В Аничковом дворце Николай II с супругой прожили до весны. Затем молодые переехали в Царское Село, которое стало их любимым местом пребывания. Мать имела возможность наблюдать, что Ники действительно влюблён в свою принцессу. Конечно, она была рада за сына, но и обеспокоена: ей казалось, он становится слишком зависимым от этой женщины, несколько замкнутой и скованной в поведении и, что называется, нелюдимой. Свекрови, прожившей в России уже почти тридцать лет, было трудно понять, что невестка не стремится приобретать популярность, не старается обязательно нравиться. Аликс достаточно было, что муж её безгранично любит.

Напряжённость, возникшая в отношениях между Марией Фёдоровной и её невесткой, никогда не приводила к открытому конфликту, но нередко достигала опасной грани. Обе женщины разительно отличались своими характерами, привычками и взглядами на жизнь. Так что соблюдалась лишь формальная сторона общения. Всё это тоже накладывало определённую тяжесть на душу вдовы.

В июле 1895 года Мария Фёдоровна стала бабушкой: великая княгиня Ксения Александровна родила свою единственную дочь Ирину, а в ноябре того же года родилась дочь и в семье сына-императора. Имя первой дочери Николай II согласовал со своей «дорогой Мама». Мария Фёдоровна писала сыну Георгию на Кавказ: «Ники буквально купается в счастье от своей новой роли отца».

Прошёл год со дня смерти императора Александра HI. Годичный траур истёк, но Мария Фёдоровна оставалась в трауре. Она посещала официальные церемонии, бывала на балах и даже по традиции сама давала бал в Аничковом дворце, считая, что не следует лишать других права веселиться. Но печаль не проходила, постоянно рядом была тень её незабвенного Саши.

В мае 1896 года в Москве состоялась коронация Николая II. Для Марии Фёдоровны радость за сына сочеталась с тоской по ушедшему. Ей всё напоминало то время, когда тринадцать лет назад супруг-император венчал её короной. Но слёз души она не показывала никому, держалась стойко, улыбалась, принимала знаки внимания, поздравления.

Сыну Георгию она написала: «Наконец-то я счастлива оттого, что всё это уже позади. Я благодарна Богу за то, что Он помог мне справиться с моими собственными чувствами, и за то, что Он помог мне выполнить этот страшный, но священный долг — присутствовать на короновании моего дорогого Ники и помолиться за него и рядом с ним в этот самый большой и важный момент, самый серьёзный в его жизни».

А через несколько дней, уже вернувшись в свою Гатчину, она написала сыну о страшной катастрофе, случившейся в Москве на Ходынском поле. Там собрались тысячи людей для получения царских подарков по случаю коронации, внезапно началась давка, и очень многие погибли.

«Я была очень расстроена, увидев всех этих несчастных раненых, наполовину раздавленных, в госпитале, и почти каждый из них потерял кого-нибудь из своих близких. Это было душераздирающе. Но в то же время они были такие значимые и возвышенные в своей простоте, что просто вызывали желание встать перед ними на колени».

Постепенно вдовствующая императрица стала изредка участвовать в светской жизни. Но новое большое горе опять выбило её из колеи. 28 июня 1899 года в Аббас-Тумане скончался её любимый сын Георгий. Двух лет не дожил он до своего тридцатилетия, болезнь одолела его, медицина оказалась бессильной.

Великая княгиня Ольга Александровна вспоминала: «После того как острота потери притупилась, мама снова окунулась в светскую жизнь, став при этом ещё более самоуверенной, чем прежде. Она любила веселиться; обожала красивые наряды, драгоценности, блеск огней, которые окружали её. Одним словом, она была создана для придворной жизни. Всё то, что раздражало и утомляло папу, для неё составляло смысл существования. Поскольку отца не было больше с нами, мама чувствовала себя полноправной хозяйкой. Она имела огромное влияние на Ники́ и принялась давать ему советы в делах управления государством. А между тем прежде они нисколько её не интересовали. Теперь же она считала своим долгом во всё вмешиваться».

Положением дел в стране после смерти своего мужа Мария Фёдоровна была недовольна. Она считала, что при Александре III бразды правления были в сильных руках, в годы царствования её сына как в государстве, так и в императорской семье Романовых стали возникать шатания и разброд. Одному близкому человеку она как-то сказала, что «как будто царствования её мужа никогда и не было — так велика разница между тем, что было тогда, и тем, что происходит теперь». Потрясением для вдовствующей императрицы явился подписанный Николаем II 17 октября 1905 года Манифест о введении демократических прав и о выборах в Думу. В то время она находилась в Дании у родителей и о событиях в России узнавала из газет. Прошло одиннадцать лет со дня смерти Александра III, и сын, клявшийся перед Богом сохранить в неприкосновенности оставленную ему в наследство власть, пошёл на её ограничение. А ведь отец оставил ему надёжную империю.

У самой Марии Фёдоровны открылось как бы второе дыхание. Если раньше её занимали лишь женское образование и больничное дело, то отныне, видя неопытность сына-правителя, она активно стала интересоваться вопросами политики и дипломатии, внимательно изучала международную обстановку, черпая немало полезных сведений из бесед с иностранными послами и царскими министрами, и нередко была способной дать полезный совет. Жажда деятельности обуревала её.

Как пишет великая княгиня Ольга: «От её внимания не ускользала ни одна из сторон образовательного дела в Российской империи. Она немилосердно эксплуатировала своих секретарей, но не щадила и себя. Даже скучая на заседании какого-нибудь комитета, она не выглядела скучающей. Всех покоряла ей манера общения и тактичность. Мама совершенно откровенно наслаждалась своим положением первой дамы в империи».

Главную роль вдовствующая императрица играла и в своей семье, уже не только как мать, но и как бабушка. Великая княгиня Ксения Александровна за первые семь лет супружеской жизни после дочери Ирины родила ещё пятерых сыновей. В 1907 году у неё родился ещё один мальчик. Он был последним ребёнком в семье старшей дочери. У старшего сына после четырёх дочерей наконец-то родился сын. Это было большой радостью царской семьи. О страшной болезни долгожданного наследника престола узнали не сразу.

Свою младшую дочь Ольгу Мария Фёдоровна выдала замуж, когда той исполнилось девятнадцать лет. Выбор матери пал на принца Петра Ольденбургского, который был значительно старше девушки. Бракосочетание состоялось в конце июля 1901 года. На торжество были приглашены лишь самые близкие родственники, но свадьба была не слишком весёлой, да и счастья этот брак не принёс великой княгине Ольге Александровне. Её супруг, известный в Петербурге кутила и страстный игрок, не проявлял к ней внимания, поговаривали, что он вообще не интересовался женщинами. «Мы прожили с ним под одной крышей почти пятнадцать лет, — откровенно выскажется позже Ольга Александровна, — но так и не стали мужем и женой». В 1916 году она разведётся с Петром Ольденбургским и выйдет замуж за капитана гвардейских кирасиров Николая Куликовского. С ним она создаст счастливую семью и станет матерью двоих сыновей.