Отношение к Елизавете её свекрови было хотя и ласковым, но далеко не сердечно-материнским. А дочери императрицы Марии Фёдоровны, воспитываемые строгой, педантичной княгиней Ливен, мало сближались с супругами своих старших братьев и держались от них несколько в стороне.
Контраст с прошлым был разительный. Постоянно спокойное, полное достоинства отношение заботливой бабушки великого князя Александра сменилось гневными вспышками по пустякам или резким обращением со стороны его родителей. Трудно было привыкнуть к сухому и обидному тону, свойственному императору, когда он бывал не в духе. А это случалось не так уж редко. Правда, к невестке своей он в общем-то благоволил, она напоминала ему его первую жену, родную сестру матери Елизаветы. Но непредсказуемость поведения государя ощущали на себе все его домочадцы, в том числе и молодая принцесса. «Можно себе представить, как тяжело отозвались на великой княгине Елизавете Алексеевне новые условия жизни», — пишет в своих мемуарах графиня Головина. Иногда она подвергалась такому обращению и вспышкам, которые до того «никогда и во сне не видала».
Неприязнь со стороны родителей своего супруга в очередной раз Елизавета почувствовала в связи с выходом замуж её сестры Фридерики за короля Швеции. Как уже выше говорилось, Густав IV посетил Петербург незадолго до кончины императрицы Екатерины, поскольку предполагалась его женитьба на старшей дочери Павла и Марии. Во время своего пребывания в российской столице молодой король имел случай видеть Фридерику, которая произвела на него благоприятное впечатление. Отказавшись от брака с девушкой православного вероисповедания, он поспешил в Карлсруэ, чтобы просить руки баденской принцессы. Родители согласились на столь лестное предложение, и в конце 1797 года шестнадцатилетняя сестра великой княгини Елизаветы стала шведской королевой. Маркграфиня Амалия в письмах дочери не раз просила заверить императора Павла и императрицу Марию, что брак её дочери состоялся без всяких предварительных шагов со стороны баденской семьи, а лишь по инициативе самого Густава IV. Но, несмотря на эти заверения, свекровь Елизаветы не скрывала своего неудовольствия по поводу свершившегося бракосочетания; как мать она не могла смириться с тем, что король предпочёл её дочери принцессу из Бадена. Всё это отразилось на отношении императрицы к своей невестке.
Но не только вся эта обстановка угнетала душу молодой женщины. Из-за служебных дел и военных занятий наследника престола — в таком качестве пребывал отныне её муж — Елизавета часто оставалась одна. Той нежности и внимания, которые Александр оказывал ей два-три года назад, когда они целые дни проводили неразлучно, уже не было. Великий князь стал холоднее к своей юной супруге, первый пыл страсти заметно угас. Елизавета стала постепенно замыкаться в себе. Очевидцы отмечали, что великую княгиню словно подменили: «Её убивает скука. Она любит своего мужа, но он слишком молод, чтобы она могла занимать его всецело...» Кругом было столько соблазнов и искушений, и сыну императора Павла успели внушить, что при его обаянии перед ним не устоит ни одна женщина. Стоит только захотеть, и найдётся немало красавиц, которые не прочь будут оказать ему внимание.
Сообщая о грустном настроении великой княгини, близкая к семье наследника престола придворная дама писала графине Головиной: «Иногда Александр дурно истолковывает себе и её речи, и её скуку, и я весьма опасаюсь, чтобы холодность не заменила нежности и взаимного доверия».
В это время Елизавета сблизилась с супругой Константина, брата Александра, которой жилось особенно трудно. Ей приходилось терпеть ужасный характер великого князя, которого вообще никто не мог обуздать. Его грубые выходки, вызывающий тон в обращении, отсутствие всякого такта превращали супружескую жизнь саксен-кобургской принцессы в настоящую каторгу. И скромная Анна так она звалась после принятия православия находила поддержку у Елизаветы, которой нередко удавалось сглаживать нелады супругов и которая старалась приласкать её, когда огорчения были особенно большими и Анна находилась в полном отчаянии.
Молодые женщины стали почти неразлучны, совершали ежедневно совместные прогулки, часто вместе обедали. Когда подруга Елизаветы занемогла и должна была выехать за границу на лечение, они трогательно распрощались.
Осенью 1798 года стало известно, что супруга наследника престола ждёт ребёнка. Императрица Мария Фёдоровна не скрывала своей радости, ей очень хотелось стать бабушкой. К своей невестке она относилась уже более снисходительно и добрее. Беременность баденской принцессы протекала нормально, и 18 мая 1799 года она разрешилась девочкой. Радости Елизаветы не было предела. Отныне она целиком была поглощена заботой о ребёнке. В добром сердце Александра проявились чувства отца, как бы обновившие и его любовь к своей супруге. Елизавета вновь ожила.
Лето прошло вполне благополучно. Но с наступлением холодов малышка стала часто болеть. Это продолжалось всю зиму, а в один из первых весенних дней у девочки вдруг начались сильные судороги: она посинела, стала задыхаться. Но к счастью, на этот раз всё обошлось. Однако летом приступ повторился, и врачи уже не смогли ничем помочь. 27 июля 1800 года дочь наследника престола скончалась.
Горе Елизаветы было слишком велико. Она как бы сжалась в комок и даже не могла плакать, покорно подчинившись воле Божьей. Но почему именно на неё обрушилось это страшное несчастье? Понять это бедная женщина была не в силах... Сильно переживал потерю своего первого ребёнка и Александр. Беспокоило его и состояние жены, для которой невозможно было найти слова утешения.
В эти тяжёлые дни великий князь не оставлял свою супругу без внимания, чтобы отвлечь её от грустных мыслей, он старался чаще бывать с ней, приглашал и своего друга, князя Адама Чарторыжского. Раньше князь был его адъютантом, а с недавних пор состоял гофмейстером двора великой княгини Елены, сестры Александра. При дворе стали распространяться слухи о якобы благосклонном отношении супруги наследника престола к князю, дошли они, по всей вероятности, и до императора Павла. Однажды утром совершенно неожиданно Чарторыжскому сообщили, что он назначен генеральным послом от русского двора при короле Сардинии и должен через неделю выехать в Италию. Это была явная опала под видом милости.
Весть эта неприятно поразила великокняжескую чету. У великого князя Александра вообще появилось настроение отказаться от всех прав на наследие престола и жить где-либо уединённо в Европе вдали от России. Елизавета поддерживала своего супруга в его мыслях. Придворные интриги, дрязги, зависть, пустые забавы ей надоели, она была хорошо образованна, неплохо разбиралась в истории и географии, много читала, интересовалась философией. Невежество большинства окружающих придворных для неё было просто невыносимым. Отрадой молодой женщины были лишь воспоминания о годах детского беззаботного супружества.
«Как много прекрасных уголков в Германии или Швейцарии, — рассказывала Елизавета мужу. — Мы могли бы там жить в небольшом доме, как обычные смертные. Прислуги нам не нужно, я могла бы научиться приготавливать обеды, сама причёсываться. Нужно лишь, чтобы в доме было много книжных полок и небольшой сад вокруг, за которым бы мы сами ухаживали». Вот такие несбыточные планы строили молодые супруги.
Это были мечты, а реальность выглядела совсем иначе. Вместе с семьёй императора Александр и Елизавета должны были переселиться во вновь построенный Михайловский дворец, названный так по случаю рождения у императрицы Марии Фёдоровны сына Михаила, её последнего ребёнка. Государь уже никому не доверял, словно предчувствовал близость своего мучительного конца. Он, вероятно, думал, что толстые стены и защитные укрепления нового дворца защитят его от насилия. Наследнику престола с супругой были отведены неудобные маленькие комнаты, пропитанные сыростью, как, впрочем, и все помещения только что отстроенного здания. Это производило на них мрачное, удручающее впечатление.