Занимался он и общими вопросами. Пребывание в Самаре сильно расширило его кругозор в области агрономии. В то время шел спор между сторонниками и противниками Вильямса. Отец поддерживал тесную связь со специалистами, участвовал в дискуссиях и составил себе ясное представление о сущности споров по сельскохозяйственным вопросам.

В конце воспоминаний о жизни в Самаре отец писал: «занятия прикладной энтомологией мне были не бесполезны и для моих чисто научных занятий. При работе с пилильщиком и изосомой я довольно хорошо практически овладел приемами математической статистики, а это уже привело впоследствии к углубленному знакомству с теми методами, который я сейчас намерен применять в области систематики насекомых. Если я успею выполнить свои главнейшие планы, то придется сказать, что мое отвлечение в область прикладной энтомологии не было ошибкой, а ответ на это можно будет дать только на смертном одре».

В 1930 году отец приехал в Ленинград, где в это время был организован Всесоюзный институт защиты растений (ВИЗР). В этом же году произошла реорганизация Самарского сельскохозяйственного института, который разделился на два: в Самаре и Кинели оставили агрономические факультеты, а зоотехнический и ветеринарный перевели в Оренбург. По планам того времени кафедры зоологии в агрономическом институте не было. В ВИЗР отца настойчиво звали его старый друг с университетских времен, И. Н. Филиппьев, а также Н. Н. Троицкий. Да и родители отца очень просили его вернуться в Ленинград.

Главной причиной переезда для отца (помимо, конечно, формального повода – реорганизации института) была надежда на то, что освобождение от преподавательской деятельности увеличит время на работу как по прикладной энтомологии, так и по общим проблемам. Именно в этом он и ошибся: научной работой в Ленинграде ему пришлось заниматься очень мало.

Незадолго до переселения в Ленинград (в начале мая 1930 года) отец был на IV Съезде зоологов в Киеве. Там читались доклады по общебиологическим вопросам, в том числе (по предложению И. И. Шмальгаузена) доклад отца «О логических основаниях современных направлений в биологии». Прения по докладу были очень оживленными. Многие участники съезда защищали в то время чистый морганизм. Такими были М. Левин, С. Г. Левит, Б М. и М. М. Завадовские, А. С. Серебровский, И. И. Презент, И. М. Поляков, Е. А. Финкельштейн, М. М. Местергази. Все они охарактеризованы отцом в воспоминаниях. Среди них были высоко культурные люди, умелые полемисты и терпимые к идейным противникам. Некоторые знали отца и раньше, в частности, Местергази был знаком с ним с 1909 года, еще в Неаполе. После революции он работал в издательстве «Советская наука» и много способствовал выходу в свет получившей широкую известность книги В. Н. Беклемишева «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных». Против этой группы выступало значительное число зоологов, «не объединенных какой-либо общей идеей». Особенно ярко это выразил палеонтолог Д. Н. Соболев, который, имея в виду постоянные ссылки перечисленной группы на «классиков марксизма», заявил в актовом зале университета: «Я вот слышу, что нас приглашают считать те или иные мнения непогрешимыми, а я со своих семинарских лет привык считать непогрешимость монополией Римского папы».

Ю. А. Филиппченко произнес в защиту свободы науки блестящую речь, вызвавшую наибольше количество аплодисментов. Далее отец пишет: «Борьба за свободу науки сблизила меня и с Н. К. Кольцовым, с которым у меня произошел резкий конфликт на I-м Съезде… Кольцов подошел ко мне на IV-м Съезде, и мы поговорили с ним о некоторых вопросах, связанных с моим докладом. Мой доклад носил общий характер и был дальнейшим развитием доклада на III-м Съезде „Понятие номогенеза“. Номогенез, конечно, не является отрицанием морганизма, но ограничивает его, и поэтому на IV-м Съезде тогдашние защитники морганизма были в числе моих противников».

Ленинградский период деятельности отца (1930–1938) следует, вероятно, считать самым бурным и самым трагическим по многим причинам. Переезд совпал с реорганизацией Института прикладной ботаники, возглавляемого Н. И. Вавиловым, во Всесоюзную Академию сельскохозяйственных наук им. В. И. Ленина (ВАСХНИЛ). Один из отделов был преобразован во Всесоюзный институт защиты растений (ВИЗР). Первым его директором был Н. В. Ковалев, а заведующим отделом энтомологии – И. Н. Филиппьев. Для института был отведен Елагин дворец; там институт находился пять лет, до создания на Елагином острове Парка культуры и отдыха. Отец, как и другие научные работники института, поселился вместе с семьей в бывшем фрейлинском доме.

Этим он очень огорчил своих родителей, которые настоятельно просили его жить вместе с ними, в их большой и удобной квартире, но он не захотел.

О первом директоре института, Н. В. Ковалеве, все, работавшие с ним, сохранили самое теплое воспоминание. Но он недолго оставался директором ВИЗРа: в середине 1931 года он стал заместителем Н. И. Вавилова во Всесоюзном институте растениеводства (ВИР). В воспоминаниях отца подробно описаны обстоятельства последнего периода научной деятельности Н. И. Вавилова. На всем этом я останавливаться не буду, но думаю, что записки отца, относящиеся к тому времени, могут послужить материалом для историка наших дней.

Новым директором был назначен М. М. Бек, по словам отца, «очень энергичный человек, но имевший, судя по всему, чисто гуманитарное и политическое образование. Был он, по-видимому, очень честный человек».

И далее отец пишет: «Бек сначала отнесся скептически к моей статье об учете потерь, но не препятствовал ее публикации. Ему же я обязан появлением в сборнике ВИЗРа двух моих работ: „Подсчитывается ли армия вредителей?“ (17) и „Эффективность мероприятий и учет потерь“. Мои статьи Бек читал внимательно, не сразу с ними соглашался, но постепенно мне удалось его полностью убедить… Наиболее острой моей статьей, направленной против ОБВ (Общество по борьбе с вредителями), была статья „Эффективность мероприятий и учет потерь“. Она была опубликована в 1933 году (21) и представляла собой автореферат моего доклада на Съезде ОБВ, во главе которого стоял Зеленухин. Последний очень подозрительно ко мне относился из-за моей первой статьи об учете потерь. Возможно, он вполне искренне меня подозревал в прямом вредительстве и даже хотел привлечь меня к ответственности… Моя работа имела довольно большой эффект и была впоследствии использована комиссией по ревизии деятельности ОБВ. Как известно, дело кончилось ликвидацией ОБВ. Мне говорили, что эту статью внимательно читал С. М. Киров».

Плановой работой отца было определение экономического значения вредителей – злаковых мух, т. е. продолжение работы, начатой им в Самаре. Применяя методы математической статистики, отец рьяно взялся за дело и «постарался выяснить истинное значение ряда вредных насекомых, не считаясь с общепринятыми представлениями о степени их вредоносности».

В результате работы отец пришел к выводу, что экономическое значение вредителей, как правило, значительно преувеличивается. На основании многочисленных поездок по сельскохозяйственным районам страны и математической обработки полевых материалов, отец показал, что сильное, или хотя бы заметное повреждение зерновых злаков насекомыми представляется скорее исключением, чем правилом (24, 25, 26, 27).

За время работы в ВИЗРе отец часто ездил на опытные станции для проверки их работы и консультаций: за 1935 год он объездил Белоруссию, Крым, Нижнее Поволжье, Закавказье и Узбекистан, чем приобрел близкое знакомство с опытными и производственными учреждениями.

В последние годы работы в ВИЗРе отец по предложению Н. Н. Богданова-Катькова читал курс лекций по экономике сельскохозяйственных вредителей в Сельскохозяйственном институте и в Ленинградском институте по борьбе с вредителями. Первые лекции показались студентам слишком трудными, так как были построены на использовании математической статистики. Однако – отчасти после вмешательства Богданова-Катькова, отчасти потому, что студенты постепенно вникли в теорию – отец расстался с ними в наилучших отношениях.