Некоторые турки пребывали в хорошо защищенном порту Модон, другие – в открытой Наваринской бухте, что в нескольких милях к северу. Об этом сообщили разведчики христиан, и было решено идти к острову Сапиенца, что к югу от Модона и достаточно близко к гавани, чтобы не позволить противнику из Наварина укрыться там. К сожалению, рассвет 17 сентября застал флот не у Сапиенцы, а у Продано, другого острова, расположенного к северу от Наварина, так что ничто не помешало наваринским туркам присоединиться к остальному флоту в Модоне. Их пытался преследовать Колонна и несколько других галер, но они не получили поддержки, и появление Килич Али с 50 галерами на входе в бухту Модона заставило их уйти.

Следующие три недели прошли в незначительных стычках в море. На суше имела место лишенная энтузиазма попытка захватить маленький форт в районе Наварина силами десантного отряда. Не единожды отдельные турецкие галеры выходили из Модона, и их оттесняли обратно, но главные силы флота противника так и не вышли в море. Составлялись разные планы нападения на Модон, с суши или моря, и была даже сделана попытка преобразовать пары галер в плавучие батареи, чтобы помочь в этом, но в отношении плана атаки единого мнения так и не было достигнуто, и в результате ничего не было сделано. Дело ближе всего подошло к общему сражению 7 октября, в годовщину Лепанто. Венецианский парусник прошел совсем рядом с входом в Модон, и 25 турецких галер были высланы для нападения на него. Дон Хуан послал Колонну с одной дивизией на помощь, а Санта-Крус с другой дивизией направился, чтобы отрезать противнику путь к отступлению. Сам Дон Хуан приготовился встретить главные силы турецкого флота, если он все же выйдет в море. Все было тщетно. Килич Али быстро отозвал свои галеры, и только одна из них была отрезана и захвачена Санта-Крусом.

Это было последнее морское действо Священной лиги. На следующий день Дон Хуан приказал всему флоту возвращаться на Корфу. Два дня было проведено у Занте, еще два – на Кефалонии. Рано утром 19 сентября, после ненастной ночи, когда папская галера «Сан-Пьетро» потерпела крушение у острова Паксос, а венецианская – у Корфу, флот союзников подошел к Гоменице. Там к нему присоединился Дориа с 13 испанскими и генуэзскими галерами, и герцог Сесса, который должен был стать заместителем Дона Хуана, но из-за болезни не смог прибыть вовремя. Подкрепления опоздали. Кампания была завершена.

Дон Хуан, Колонна и «западники» покинули Корфу 22 октября и 25-го были уже в Мессине. Фоскарини остался на Корфу и в начале зимы провел небольшую операцию, отправив 20 галер под командованием Соранцо, чтобы атаковать и уничтожить новый турецкий форт у входа в залив Каттаро. Что касается турок, они покинули Мод он, как только путь был свободен, и спокойно вернулись в Константинополь, пусть не с триумфом, но и почти без потерь.

В 1570 году христиане перессорились, и Кипр был потерян. В 1571 году они снова перессорились, но тем не менее сумели выиграть великое морское сражение. В 1572 году ссор стало больше, и никаких успехов не было достигнуто. Кипр уже был потерян, и представлялось, что никакие действия Священной лиги не помогут его вернуть, даже, наоборот, была велика вероятность, что другие венецианские владения разделят его судьбу. Учитывая сложившуюся ситуацию, венецианское правительство решило, что мир с Турцией, даже без возвращения Кипра, предпочтительнее продолжения войны, в надежде получить хотя бы какую-нибудь компенсацию. 7 марта 1573 года договор был подписан, и Священная лига автоматически прекратила свое существование. По словам Стирлинга Максвелла, биографа Дона Хуана, «Улуч Али отметил хорошие новости проведением своего флота вдоль побережья Апулии и сожжением городка короля Испании Кастро». Тот факт, что подобное стало возможным, является достаточным доказательством, что «решающая» битва при Лепанто на самом деле почти ничего не решила.

Развал Священной лиги оставил испанско-итальянский флот без определенной цели, хотя не приходилось сомневаться в том, что флот из 150 галер все же должен был чего-то достичь, пусть даже более крупный флот годом раньше не достиг ничего. Однако, прежде чем было принято какое-нибудь решение, приближение мощного турецкого флота изменило ситуацию. Мальтийская разведка в мае пришла к выводу, что турки смогут отправить в море около 100 галер, но фактическая численность флота, с которым Пиали-паша появился на входе в Адриатику в июле, составляла не меньше 250 галер, 13 махонов, или галеасов, и 30 небольших кораблей¹. Против таких сил Дон Хуан не мог сделать ничего, даже если бы его флот был уже собран и готов к выходу в море, так что Пиали-паша мог беспрепятственно нападать на итальянское побережье по своему усмотрению. На руку христианам сыграла плохая погода, и после сожжения городка Кастро в районе Отранто турки были вынуждены искать убежище в Валоне и других портах на восточной стороне пролива.

На ситуацию тех дней проливает некоторый свет факт, что Пиали-паша совещался с Фоскарини, который был в Заре с сотней венецианских галер, относительно целесообразного вступления в бой с испанским флотом. Фоскарини посоветовал ему отказаться от этой идеи и возвращаться домой. Как он объяснил сенату, победа и турок, и испанцев была бы одинаково невыгодна Венеции². Пиали-паша последовал совету, отправился в Лепанто и Наварин, укрепил бухту последнего, оставил Килич Али там с небольшим флотом галер и вернулся в Константинополь. Пока он был в Гоменице, что недалеко от Корфу, окрестные венецианские власти обращались с ним с подчеркнутым уважением.

Поскольку турки ушли, Дон Хуан получил возможность провести давно откладываемую операцию – вернуть Тунис. После его захвата в 1535 году Карлом V королевство сохраняло некоторую смутную зависимость от Испании до 1570 года, когда Улуч Али из Алжира захватил его от имени султана. Однако еще оставался испанский гарнизон в Голетте, и, имея такое удобное место высадки, можно было рассчитывать, что нападение на Тунис будет несложным делом.

Дон Хуан добрался из Мессины в Палермо 7 сентября. В тот же день туда прибыл Санта-Крус с неаполитанской частью флота. Политическая ситуация в Генуе потребовала отделения 48 галер под командованием Дориа на случай, если потребуется вмешательство. Но даже при этом на смотре флота в районе Марсалы оказалось 104 галеры, 44 парусника и 59 небольших судов. Шесть галер были тосканскими, но не было ни одной от папы и с Мальты. 7 октября Дон Хуан отошел от острова Фавиньяна, что неподалеку от Марсалы, и на следующий день флот прибыл к Галетте. Войска высадились на берег 9-го и 10-го вошли в Тунис. В Бизерте тоже население восстало против турок и передало турецкую галеру новым испанским хозяевам. Задерживаться надолго необходимости не было. Дон Хуан принял меры по укреплению и оснащению гарнизонами новых владений, погрузил на корабли оставшиеся войска и вышел в море 22 октября. Из-за плохой погоды была потеряна неаполитанская галера «Луцера», но остальной флот благополучно вернулся к острову Фавиньяна. Сам Дон Хуан прибыл туда 1 ноября после вынужденной задержки в Порто-Фарина. В Неаполь он вернулся 14-го.

Испанская оккупация Туниса продлилась меньше года. Дон Хуан был занят на севере Италии. Филипп II никак не мог решить, нужно ли удерживать это место или проще уничтожить. Денег не хватало, вице-короли Неаполя и Сицилии не выказывали желания помочь. В результате испанские гарнизоны остались без поддержки и даже без снабжения. Правда, небольшое подкрепление все же было отправлено в Тунис в июне на 20 галерах под командованием Бернардино де Веласко, в то время как Хуан де Кардона перевез туда гарнизон Бизерты, а Алонсо де Базан доставил войска на Мальту, но было уже слишком поздно. К 25 июня, когда 8 галер Базана достигли Мальты, турецкий флот уже был замечен у мыса Колонна.

Турецкий флот, заходивший за водой и припасами на мыс Стило в Калабрии и в Агосту и Ликату на Сицилии и к тому же задержанный плохой погодой, продвигался вперед медленно и добрался до Туниса только 12 июля. Его мощь была огромной. Он состоял из 280 галер, 15 галеасов, 15 галеотов и 19 парусных судов. Флотом командовали капудан-паша и Улуч Али. 70-тысячным войском, которое перевозили корабли, командовал Синан-паша. С испанской стороны 2 тысячи человек были в Голетте и 4 тысячи – в Тунисе, уже осажденном с суши турками, а также местными тунисцами. Понятно, что сопротивлялись испанцы недолго. Голетта пала 23 августа, а город Тунис – 13 сентября. Спустя две недели турецкий флот ушел домой.