В войсках может быть использован на должностях командира дивизии, начальника штаба корпуса или начальника оперативного отдела штаба армейской группы.

Начальник кафедры службы штабов

Генерал-майор Цветков».

В результате Малиновский был назначен не командиром стрелковой дивизии и не начальником штаба корпуса, а сразу же командиром 48-го стрелкового корпуса. Это было вызвано как дефицитом высшего командного состава после репрессий 1937–1938 годов, так и ускоренным развертыванием новых дивизий, корпусов и армий в связи с предстоящей войной с Германией.

В автобиографии 1948 года Малиновский писал:

«В сентябре 1939 года назначен преподавателем в Военную Академию им. Фрунзе, а в марте 1941 года командиром 48 стр. корпуса в Одесский военный округ.

В этой должности начал войну 22 июня 1941 года на р. Прут, от р. Прут корпус отходил с тяжелыми боями на Бельцы, Рыбницу, Котовск, Колосовка, Николаев, Херсон, Каховка, корпус в Николаеве был окружен, но пробился и вышел.

В конце августа 1941 года я принял в командование 6 Армию под Днепропетровском и в тяжелых боях благополучно отошел с Армией на реку Донец к Изюму, где с октября 1941 года фронт прочно стабилизировался.

18 декабря 1941 года назначен Командующим Южным фронтом, в этой должности провел Январскую операцию на Барвенково-Лозовая силами 57 и 9 Армий довольно успешно.

По приказу Ставки, в связи с неудачами под Харьковом и отхода войск ЮЗФ, начал в июле планомерный отход и Южный фронт во время этого отхода, будучи глубоко охвачен с фланга и тыла, не сумел удержать Новочеркасск и Ростов и оставил их без разрешения Ставки; Южный фронт был слит с Северо-Кавказским фронтом в один Северо-Кавказский фронт. Командующим был назначен Маршал Буденный, а я его первым заместителем и возглавлял группу войск правого фланга в составе 12 и 37 Армий, отходил на Кропоткин, Армавир, отсюда 12 Армия отходила на Майкоп, а мне было приказано части 37 армии, которая пробивалась из окружения, и некоторые другие отвести на реку Малку на Нальчик — где я после передал эти войска в состав Северной группы войск Закавказского фронта, а сам получил направление в распоряжение Начальника Генерального Штаба в Москву, куда прибыл в конце августа 1942 года.

27 августа 1942 года я был назначен Командующим 66 Армии, которую принял в районе Камышина и повел под Сталинград и прямо с ходу повел ее в наступление с рубежа реки Пичуга вдоль правого берега р. Волга — наступление имело очень мало успеха: продвижение на 4–6 км, а дальше пошли тяжелые затяжные бои. 14 октября я был назначен Заместителем командующего Воронежским фронтом, а 29 ноября 1942 года Командующим 2-й Гвардейской Армии, с которой выступил из района Тамбова под Сталинград, в конце декабря головные части 2 Гв. Армии вступили в тяжелые бои с прорывавшейся к Сталинграду группой Манштейна, на реке Мышанка — к югу от Сталинграда и 26 декабря 1942 года перейдя в решительное наступление разгромили группу Манштейна, заняли Котельниково, Дубовское, Зимовники, попутно разбив на фланге Тормосинскую группу противника.

В середине января 1943 года 2 Гвардейская Армия подошла к Новочеркасску и станице Аксайская. 29 января 1943 года я вновь назначен Командующим Южным фронтом (бывший Сталинградский) и продолжая наступление войсками фронта освободили Шахты, Новочеркасск, Ростов н/Д. и к концу февраля вышли на реку Миус, дальше продвинуться не смогли.

22 марта 1943 года я назначен Командующим Юго- Западным фронтом (затем переименован в 3 Украинский), которым командовал до 15 мая 1944 года, проведя ряд успешных операций по освобождению Донбасса, Левобережной и Правобережной Украины, включая Днепропетровск, Запорожье, Кривой Рог, Никополь, Херсон, Николаев, Вознесенск, Тирасполь, Одесса.

15 мая 1944 года назначен Командующим 2 Украинским фронтом, войска которого, начав свое наступление Ясско-Кишиневской операцией, разгромили крупную группировку врага и освободили Румынию, Венгрию и частью Чехословакию и Австрию, закончив войну на Западе в Праге и Вене.

В июле 1945 года Управление фронта прибыло в Читу и стало во главе войск Забайкальского фронта, войска которого 9 августа нанесли решительный удар по Квантунской Армии японцев через Монголию и заняли Чанчунь, Мукдэн, Порт-Артур — закончили войну с Японией».

Итак, 14 марта 1941 года Малиновский был назначен командиром 48-го стрелкового корпуса, расположенного в Кировограде. Интересно, что в первоначальном проекте приказа на эту должность назначался бывший командир 15-й моторизованной дивизии генерал-майор Николай Никанорович Белов, который этой дивизией успел прокомандовать всего три дня. Но нарком Тимошенко (или его порученец) от руки исправил эту фамилию на «Малиновский». А Н.Н. Белов погиб со своей дивизией в уманском котле 9 августа 1941 года. Он отказался эвакуироваться на присланном за ним самолете.

По свидетельству маршала Матвея Васильевича Захарова, в то время начальника штаба Одесского военного округа, первоначально нарком обороны Тимошенко предполагал назначить командиром 48-го стрелкового корпуса его, Захарова, как и обещал ему при назначении начальником штаба Одесского округа — при первой возможности направить на строевую должность. На смену же Захарову в штаб предполагалось назначить Малиновского. Однако командующий округом генерал-полковник Я.Т. Черевиченко попросил оставить Захарова начальником штаба округа, и в результате Малиновский возглавил 48-й корпус. Замечу, что это назначение в условиях приближающейся войны с Германией открывало лучшие перспективы карьерного роста. В период войны командиров корпусов (конечно, при успешном командовании) повышали гораздо охотнее, чем начальников штаба армии (с началом войны Одесский округ превратился в 9-ю армию).

Тремя днями ранее, 11 марта, был разработан план стратегического развертывания Красной армии против Германии и ее союзников. Главный удар советских войск планировалось наносить в юго-западном направлении, где ошибочно предполагалась концентрация главной группировки германских войск. При этом считалось, что «развертывание главных сил Красной Армии на Западе с группировкой главных сил против Восточной Пруссии и на варшавском направлении вызывает серьезные опасения в том, что борьба на этом фронте может привести к затяжным боям» из-за наличия там сильных немецких укреплений. В разделе плана, посвященном действиям Красной армии на юго-западном направлении, рукой заместителя начальника Генштаба — начальника оперативного управления Н.Ф. Ватутина было написано: «Наступление начать 12.6».

Корпус Малиновского должен был выдвинуться к румынской границе и начать боевые действия в случае вторжения немецких и румынских войск на советскую территорию или после того, как обозначится успех советских войск на главном, юго- западном направлении.

К 12 июня сосредоточить все необходимые силы и средства и, как планировалось, начать наступление на юго-западном направлении руководство Красной армии не успело. В середине мая 1941 года в новом плане развертывания на Западе главный удар по-прежнему предполагается наносить на юго-западе, в направлении Краков, Катовице, отрезая Германию от Румынии и Венгрии и ставя германскую группировку в Польше под угрозу удара во фланг и тыл. Но, судя по срокам сосредоточения войск, тогда переход в наступление планировался уже не ранее середины июля. Во второй половине мая 48-й корпус начал переброску к границе на реке Прут и завершил ее к середине июня.

Начальником штаба 48-го корпуса тогда же, в марте 41-го, был назначен комбриг Александр Григорьевич Батюня, бывший прапорщик царской армии. В корпус он прибыл вскоре после освобождения из лагеря. В 1958 году, в бытность Малиновского министром обороны, Александр Григорьевич получил звание генерал-полковника, в котором и закончил службу в 1961 году. Корпус в составе 30-й Иркутской горнострелковой и 74-й сд держал оборону на Бельцком направлении. Начальником политотдела корпуса назначили полкового комиссара Иллариона Ивановича Ларина, которому довелось почти все время оставаться рядом с Малиновским вплоть до своей трагической гибели.