Строганов на Урале получил от государя разрешение на торговлю с местными племенами пушниной и оказание помощи оружием и провиантом экспедициям, уходящим в глубь Сибирских земель.

Продвижение русских за Урал обеспокоило Сибирское ханство, которым управлял хан Кучум. Будучи дальновидным политиком, он чувствовал угрозу захвата своих земель и потери независимости ханства.

Проникновение отряда Ермака в Сибирь в 1581 году стало началом конца существования Сибирского ханства.

Отряд вольных беглых казаков Ермака для добычи трофеев и провианта, погрузившись на струги, двинулся в глубь Сибири по реке Тагилу.

Разные причины были у казаков, примкнувших к отряду Ермака. Одних соблазняла возможность обогащения, других – свободная жизнь, а кто-то хотел избежать смертной казни за совершенные преступления.

Отряд Ермака встречал мелкие кочевья туземных племен, которые покорялись ему. Углубившись далее, он столкнулся с сопротивлением остяцкого князя Епанчи, являвшегося родственником хана Кучума. Впервые встретившись с грозными белыми людьми, вооруженными невиданным огнестрельным оружием, отряды остяков разбежались.

Кучум собрал против Ермака своих воинов и поручил командование войском своему сыну (по другим источникам, племяннику или зятю) Махмед-Кулу. Тот пытался разгромить казаков около слияния рек Иртыша и Тобола.

Ермак обманным маневром обошел неприятеля и разбил отряд татарского князя Карача и, взяв богатую добычу, спустился по Тоболу к Иртышу.

В устье Иртыша внезапной высадкой на берег Ермак напал на рать Кучума и разбил его отряды. Далее он направился вверх по Иртышу, где в октябре 1581 года около татарского укрепления Чувашево вступил в тяжелый бой с поджидавшими войсками Кучума. В этом тяжелом, кровопролитном бою предводитель войск Махмед-Кул был ранен и взят в плен казаками Ермака. Остяцкие князья, увидев это, трусливо покинули поле боя. Кучум был вынужден с оставшимися воинами уйти в глубь тайги. Он не сдался и длительное время сопротивлялся нашествию казаков. Отряд Ермака фактически захватил Сибирь.

Понимая, что одной дружиной он не сможет удержать власть в новых землях, Ермак послал с челобитной в Москву своего друга Ивана Кольцо. Собрав для царя богатую дань соболями и другой пушниной, Ермак просил царя о прощении и покровительстве.

Государь принял дары и разрешил Ермаку продолжить военный поход. Пленный Махмед-Кул был доставлен в Москву, где царь благосклонно отнесся к нему и даровал свободу.

И… характернейший штрих, доказательство не столько завоевания, сколько собирания земель: через полгода после пленения Махмед-Кул становится воеводой полка левой руки (третий по чину) в русской армии, сражающейся со шведами.

Родственник хана Кучума, князь Едигер, был вынужден принять российское подданство и бил челом от Сибирской земли, взяв на себя обязательство уплачивать дань соболями и иными мехами русскому царю. Приняли русское подданство и другие князья, все, кроме Кучума. Князь Карача также заверил Ермака об окончании сопротивления и признания его власти.

В 1583 году Ермак, поверив в лояльность князя Карачи, отправил к нему тридцать казаков во главе с Иваном Кольцо, для решения вопроса об оказании помощи и совместных боевых действий против Кучума. Однако воины Карачи убили посланников Ермака, а затем напали на его лагерь. Осажденные казаки, предприняв внезапную вылазку ночью из лагеря, напали на сонных воинов князя Карачи и расправились с ними, убив в бою двух его сыновей.

Сопротивление Кучума отряду Ермака продолжалось. В одном из жестоких боев, ночью 5 августа 1584 года, атаман Ермак погиб, однако благодаря его действиям была покорена Сибирь.

После гибели Ермака казаки разбрелись. Сторонники хана Кучума и его воины праздновали победу. Но недолго.

В 1583 году взошел на престол царь Федор Иоаннович.

Не зная о гибели Ермака, полагая, что его отряд находится в Сибири, он направил туда сотню стрельцов под руководством Ивана Мансурова. О случившемся с казаками разгроме Мансурову стало известно, когда он прибыл на Урал. Избегая столкновения с воинами Кучума, ввиду малочисленности отряда, он спустился вниз по Иртышу к реке Обь, где и зазимовал, обустроив крепость, которая стала основой города Самары. (Не путать с городом на Волге. Самара есть и в Ираке. Многозначительное и популярное в Евразии слово.)

Вогульские и остяцкие князьки, обнаружив русских, решили вытеснить их и, собрав многочисленные отряды, напали на крепость стрельцов. Бой был ожесточенный и длился целый день. Воины, воодушевленные ожидаемой победой над русскими, принесли своего идола, которому поклонялись, и стали молить о победе и поражении русских.

Мансуров, видя большое количество окруживших его аборигенов и боясь поражения, решил для отражения атаки применить пушку. Прицелившись в идола, прислоненного к дереву, стрельцы сделали удачный выстрел. Раздался гром, от которого воины князьков пришли в ужас. Ядро разбило идол и дерево. Пораженные невиданным грозным чудом русского оружия, вогулы и остяки разбежались.

В подкрепление стрельцам Ивана Мансурова царь направил в Сибирь воевод Сукина Василия и Мясного Ивана с отрядом стрельцов в триста человек. Они остановились на реке Туре, где построили крепость, основу города Тюмень.

Вскоре в Сибирь прибыло еще пятьсот русских воинов во главе с воеводой Иваном Чулковым, которые при слиянии рек Тобола и Иртыша заложили город Тобольск. В 1586 году местные жители стали платить дань русскому царю.

Сибирским воеводой был назначен Семен Дмитриевич Больховский, который стремился завязать дипломатические отношения с местными князьями и племенами с целью признания ими русского подданства. Кучум, оставшись без поддержки и скрываясь от преследования царской власти, потеряв своих родных и близких, погиб от рук своих соплеменников.

К этому времени количество людей, желавших перебраться за Урал, значительно увеличилось. Пришлые люди пробивали дороги в новые места, возводили остроги, организовывали торговлю с местными жителями. Сибирь обживалась как часть Российского государства.

В 1597 году в России был издан закон, согласно которому беглые люди за шесть лет и более, кто бы ни были их прежние хозяева, могли оставаться там, где они нашли своё убежище. Данный закон поощрял свободное заселение Сибири беглыми и невольными людьми.

В 1604 году татарский князь рода Тояна, обосновавшегося на реке Томь, обратился к царю Борису Годунову с челобитной о принятии его в русское подданство и предложением военной помощи для понуждения соседних народов признать царскую власть.

В 1605 году на берегу этой реки был построен город Томск. В глубинке Сибирского края строились новые остроги, которые служили опорными пунктами для сосредоточения казаков с целью отражения набегов враждебных племен и установления правления на новых землях. Отсюда выезжали группы вооруженных людей для сбора дани по окрестным стойбищам и населенным пунктам аборигенов. Здесь держалась оборона при нападении отрядов непокорных местных племен.

С восхождением на престол царя Михаила Романова были приняты меры к занятию земель по реке Енисею. Это был второй этап освоения сибирских земель. Казаки продвинулись на Турухан и Нижнюю Тунгуску, расположенные в Восточной Сибири. В 1601 году туда были отправлены отряды воеводы Мирона Шаховского и Данила Хрипунова численностью 150 человек. Шли они водным путем, и в Обской губе их суда застряли во льдах. Дальше отряд продвигался на оленях по суше, отражая нападения враждебных аборигенов. Потеряв в боях более тридцати человек, отряд добрался до Мангазеи, места, где обосновались коми-зырянские промышленники, уходя от контроля царского правительства.

В этих местах отряды Шаховского и Хрипунова отбили нападение местных племен, именуемых самоедами, потеряв при этом убитыми тридцать казаков. В бою был ранен воевода князь Шаховский.

Вскоре сюда прибыли воеводы Василий Мосальский и Савлук Пушкин, которые завершили строительство городка, заложенного Шаховским и Хрипуновым, название которому дано Мангазея. Этот город превратился в перевалочную базу и использовался как центр для снаряжения отрядов и экспедиций, отправляющихся на освоение новых земель. Мангазея после 1620 года утратила свое значение. Строения Мангазеи строились для временного пользования первопроходцев и впоследствии были уничтожены пожаром.