Такое резко отрицательное отношение Павлова к психологии как науке, особенно к так называемой зоопсихологии, сохранилось без существенных перемен надолго, хотя в психологии происходили значительные перемены. Как уже было отмечено, еще в 90-х годах XIX в. в сравнительной психологии наряду с традиционной в те времена ненаучной и бесплодной интроспективной зоопсихологией появилось и довольно быстро выросло материалистическое в основном течение, стремившееся исследовать поведение животных возможно более объективными приемами и интепретировать полученные факты в строго научном плане, в точных терминах и понятиях (Леббок, Торндайк, Лёб, Бер, Бете, Икскюль и др.). Но это течение длительное время не занимало сколь-нибудь заметного места в психологии с ее многочисленными разветвлениями, не пользовалось должной популярностью. Имеется достаточное основание считать, что в начальном периоде своих исследований но физиологии большого мозга Павлов даже не знал об этом течении в психологии. Узнав о нем позже, Павлов не преминул отдать его инициаторам дань уважения и оценить их работу по достоинству.

Особенно высоко оценивал Павлов заслуги Торндайка в строго объективном экспериментальном изучении поведения животных. Касаясь же существа дела, Павлов неоднократно указывал на существенную разпицу между проводимыми им и его сотрудниками строго физиологическими исследованиями поведения высших животных и работами Торндайка и его последователей. Павлов считал, что в последних остается «один видный промах, который тормозит успех дела»: при постановке задач, при анализе и формулировке результатов упомянутые американские исследователи думали большей частью «психологически». «Отсюда,— писал он,— происходит часто случайность и условность их сложных методических приемов и всегда отрывчатость, бессистемность их материала, остающегося без планомерного фундамента» [³⁸ И. П. Павлов. Полн. собр. трудов, т. III, стр. 189.].

Так или иначе, для изучения глубочайших тайн работы больших полушарий головного мозга — самого высшего и совершенного создания живой природы, «чисто физиологически, чисто материально, чисто пространственно» Павлов решительно и бесповоротно стал на испытанный путь натуралиста — на путь точного эксперимента, объективного наблюдения и строгого мышления, потому что «при этом работа все время держится на прочном, материально-фактическом фундаменте, как во всем остальном естествознании, благодаря чему поистине неудержимым образом накопляется точный материал и чрезвычайно ширится горизонт исследования» [³⁹ Там же, стр. 221—222.].

Под новым углом зрения Павлов пересмотрел свое отношение к «психическому слюноотделению». Без особого труда он с предельной ясностью показал и языком точных научных фактов доказал, что этому явлению присущи все основные черты рефлекса, т. е. ответного действия организма на раздражение какой-нибудь его части через нервную систему. В самом деле, если вид пищи, пробирки с кислотой вызывает у собак секреторную деятельность слюнных желез так же, как если бы в ее рот попали пища или кислота, то нет никаких оснований не назвать ответное действие слюнных желез на вид пищи или пробирки рефлексом.

Но одновременно Павлов очень быстро выяснил, что это рефлекс особого рода, во многом существенно отличающийся от рефлексов, известных физиологии прежде. Он установил, в частности, что рефлекс этот зависит от всевозможных условий эксперимента и условий жизни вообще, и на этом основании назвал его условным рефлексом. Другие, ранее известные рефлексы были названы им безусловными. В 1917 г., касаясь пройденного этапа развития своих взглядов по этому вопросу, Павлов писал: «Сейчас психическое возбуждение представляется нам также рефлексом, только образовавшимся за время индивидуальной жизни животного и легко колеблющимся в своей прочности (по нашей терминологии — условным). Разговор о внутреннем состоянии животного считается нами научно бесполезным» [⁴⁰ И. П. Павлов. Полн. собр. трудов, т. И, стр. 18.]. Могло казаться на первых порах, что ничего особенного нет в переименовании «психического возбуждения» «в условный рефлекс». Ведь считали же Сеченов, Гризингер, Гекели и др. задолго до Павлова, что психическую деятельность можно свести к сложным рефлексам, к «рефлексам головного мозга»! Но в действительности то, что делал Павлов, было совершенно новым. 

Упомянутые передовые естествоиспытатели середины и конца XIX в. искусно использовали идею о «рефлексах головного мозга» для построения теоретических схем и концепций, превратили их в острый инструмент для полезной и эффективной литературной теоретической работы, а также для ведения страстной и притом весьма успешной научной полемики с представителями идеалистических течений в психологии. В этом их великая заслуга перед наукой. Но как бы ни были глубоки их идеи, как бы ни были смелы, прогрессивны и привлекательны их воззрения на рефлекторную природу психической деятельности животных и человека, все же они были абстрактны, созерцательны, имели, по словам Павлова, характер «физиологической схемы», а потому были лишены действенной силы и далеки от того, чтобы стать паучным методом. Почти за полвека существования эти взгляды не нашли никакого серьезного отражения в текущей экспериментальной работе по физиологии головного мозга ни у нас, ни за границей.

Все сказанное в значительной степени относится и к И. М. Сеченову — наиболее выдающемуся, глубокому и последовательному из этих передовых мыслителей,— идейному предшественнику Павлова. Хотя Павлов и считал, что распространение Сеченовым понятия рефлекса на деятельность высшего отдела нервной системы было по тем временам научным подвигом, что эта смелая идея в последующем росла, зрела и сделалась «научным рычагом, направляющим огромную современную работу над головным мозгом», что его талантливая работа «Рефлексы головного мозга», «в ясной, точной и пленительной форме содержащая основную идею того, что мы разрабатываем в настоящее время»[⁴¹ И. П. Павлов. Полн. собр. трудов, т. II, стр. 198.], поистине является «гениальным взмахом Сеченовской мысли», тем не менее он отметил также, что «все это было только теорезированием», было лишено гранитного фундамента весомых научных фактов.

То, что сделал Павлов, принципиально отличается от всего этого. Свой условный рефлекс Павлов превратил прежде всего в действенное лабораторное орудие для физиологического эксперимента, для получения точных фактических данных. Он вскоре твердо установил, что условный рефлекс представляет собой самый типичный вид деятельности головного мозга и является основным.принципом его сложной и многогранной работы. Понятие «слюнки текут» приобрело в освещении Павлова необычайное значение, открыло широчайшие горизонты для научно-исследовательской работы по физиологии мозга, стало основой принципиально нового физиологического метода исследований функций головного мозга — метода условных рефлексов. А ведь, по Павлову, «для натуралиста — все в методе»!

Спустя всего несколько лет после начала работы по новому плодотворному методу в новой области биологии Павлов восторженно констатировал, что «для работающего в этой области одно из частых чувств — это изумление перед прямо невероятным могуществом объективного исследования в этой новой для него области сложнейших явлений» [⁴² Там же, стр. 103.]. Был найден ключ к раскрытию сокровенных тайн работы головного мозга, и гениальный мыслитель использовал его на протяжении 35 лет, чтобы постигнуть эти тайны «в их крайнем пределе», научно расшифровать величайшую из них — психическую деятельность и воздвигнуть величественное здание учения о высшей нервной деятельности, создать «настоящую физиологию большого мозга».

Созданный Павловым научный метод по изучению функций мозга, известный под названием метода условных рефлексов, является олицетворением его методологических установок об организме как о целом, его руководящих положений относительно изучения функций организма. Этот метод основан на тех же принципах, характеризуется тем же подходом к изучению функций организма, что и его научный метод по изучению функций пищеварительной системы, о котором уже говорилось. По существу это тот же научный метод, ориентированный на изучение неизмеримо более сложной сферы деятельности организма, поднятый на более высокий уровень и приспособленный к специфическим особенностям нового объекта изучения — мозга.