В 1787 году Россия начала войну с Турцией, а Швеция начала кампанию против России, поэтому ей понадобилось больше войск. Екатерина I заключила сделку с бывшим любовником – королем Станиславом Августом Понятовским. Императрица расширила его королевские полномочия взамен на сто тысяч рекрутов для российской армии.

Много молодых патриотов Литвы и Польши, недовольных новыми обязательствами короля перед императрицей Екатериной II по сбору рекрутов, восстало, потому что они ненавидели и презирали господство России. Под влиянием французов, молодежь вступала в тайные клубы якобинцев, которые образовывались по всей Литве и Польше. Они добивались выпроваживания русских из своего отечества и свержения правительства. Их главной целью было полностью расправиться с прогнившей знатью.

В мае 1792 года автократические государства – Россия, Пруссия и Австрия, опасаясь последствий импортированной радикальной философии, еще раз сплотились, чтобы общими силами устранить новый оплот либерализма и демократии в Восточной Европе.

Выполняя это задание, шестидесяти четырех тысячная армия России, под руководством международных авантюристов, ворвалась в Литву. Умело воспользовавшись предателями и конфедератами, она без труда осуществила контроль над обеими странами. Тем временем Австрия и Пруссия воевали с Французской Республикой. Король Пруссии Фридрих Вильгельм (Friedriech Wilhelm III), внучатый племянник Фридриха II Великого требовал разделить Республику двух народов, иначе он грозил заключить с Францией сепаратный мир.

23 января 1793 года Россия подписала предложенный Пруссией договор и взяла под свой контроль польскую Украину и половину Литвы. Пруссии достался Данциг, Торунь и другие польские провинции. Точно также как и во время первого раздела, осуществленного в 1772 году, агрессоры подумали, что было бы полезно получить формальное согласие своих жертв, которое легализовало бы это чудовищное преступление. По этому поводу в Литве был созван сейм, во время которого беспомощные и невольные депутаты 22 июля 1796 года были вынуждены подписать с Россией, а 25 сентября с Пруссией договора о разделе страны. Пакт подписали послы соответствующих стран: от Пруссии – Людвик фон Бухольц (Ludwig von Bucholtz), а от России – Джон Джеймс фон Сиверс (John James von Sievers). В договоре представители Жемайтии не упоминаются.

Для России было более удобно королем оставить Станислава Августа Понятовского и зорко за ним следить, нежели иметь дело с многочисленной и безалаберной шляхтой. Король вернулся в Варшаву и прозябал под присмотром нового посла России барона Иосифа Игельштрема (Joseph Igelstroem) с его тридцатитысячной оккупационной армией. Военные подразделения Пруссии тоже остались в Польше, но за пределами официально оккупированной Россией территорией.

Якобинцы умело распространяли недовольство среди населения. Большинство их вождей вместе с рекрутами тайно вернулись из заграницы, намереваясь поднять объединенное восстание Литвы, Латвии, Самогитии и Польши.

24 марта 1794 года объявляется о «всеобщем восстании» и образовывается народное правительство повстанцев, под руководством генерала Тадаса Костюшки, литовца по происхождению, отличившегося в войне за независимость Америки. Ему были предоставлены беспрецедентные диктаторские полномочия. Революционеры были уверены, что им повезет, как повезло американцам в 1776 году и французам в 1789 году.

Первые военные действия против иностранных оккупационных войск начались 17 апреля 1794 года. Хорошо организованное подразделение молодых и воинственных самогитов выиграло свое первое сражение. Молодыми самогитами командовала небольшая группа интеллектуалов средних лет, которых, еще до своего изгнания, воспитали иезуиты. Они провозглашали якобы прогрессивные идеи и распространяли мысли, что можно получать больше выгод слившись с более многочисленным народом, особенно с католической Республикой Литвы и Польши, в которой в свою очередь главенствовали современные польские идеалы «золотой вольности».

Иезуитам в течение ста пятидесяти лет упорного учения удалось в Самогитии внедрить доктрины, очерняющие старинное языческое наследие айстиев, которое невероятно мешало распространению христианства. Иезуиты старались принизить или полностью уничтожить историческое происхождение старинной династии Дома Солнца. Они безо всякого на то основания отвергли политические требования старейшин Самогитии и их законного великого князя Климента Блажиса. Несмотря на то, что князь был христианином, все равно для них он был вождем отсталого племени язычников. Во время учебы своих студентов, умело используя сарказм и пренебрежительные намеки, иезуиты почти убедили самогитскую интеллигенцию в правдивости сфабрикованной ими истории этого края.

Многие из самогитов, перенявших прозападные идеи, не устояли перед прямыми, но эффективными планами иезуитов и поэтому повстанцы легко поддались влиянию чужих философских догм, открыто выражаемых членами общества якобинцев, распространявшихся из Франции и Швейцарии. Молодые и неопытные повстанцы Самогитии, увлеченные новыми идеями, не прислушивались к предостережениям своих родителей и были готовы создать новое большое государство без знати. Многие из повстанцев, загоревшихся идеей перемены социальных условий, позднее стали нигилистами.

Главнокомандующий повстанческими силами генерал Т. Костюшко пытался привлечь на свою сторону крестьян Литвы и Польши, обещая временную свободу тем, кто вступит в ряды повстанцев. Крестьяне, кроме самогитов, у которых многочисленные дворяне и крестьяне мало чем отличались, не отозвались на неясные и неопределенные обещания, предопределяющие их судьбу. Вследствие того, что Т. Костюшко не удалось сплотить силы самогитов, его войско было слишком слабым, чтобы осилить объединенные армии России и Пруссии. Т. Костюшко настойчиво избегал решительных мер и боялся социальной революции крестьян. Землевладельцы также побаивались социальных проблем, которые возбуждали «проклятые якобинцы» и поэтому они противились усилиям более энергичных и деятельных генералов. Т. Костюшко, колеблясь между двумя направлениями - революцией масс и продолжением привилегированного управления шляхты, восстание провалил.

Белорусы совсем не присоединились к восстанию. Польские крестьяне, не склонные к сопротивлению, в большинстве своем были нейтральны. Повстанцы и рядовые воины часто голодали, а знатные офицеры пировали и открыто развратничали. В Литве полковник еврей Берек Йоселевич, командовавший еврейским подразделением, предпринимал укротительные меры против крестьян и городских революционеров, но обходил стороной представителей знати.

Самогиты брали инициативу в свои руки и во многих передовых позициях боролись с подразделениями оккупантов. Заметив, что русские и прусские военные поддерживают тесную связь морем, они построили много сторожевых кораблей, которые производили атаки на военные суда. Однажды небольшое повстанческое подразделение самогитов недалеко от Паланги смело захватило военный корабль Пруссии. Они переправили на берег семь пушек и другое военное снаряжение, предназначенное для российских войск, и использовали для собственных нужд.

В мае 1794 года отряд в составе ста повстанцев-добровольцев самогитов помешал русской регулярной армии войти в Латвию, отобрал у нее тысячу двести винтовок, много пороха, другой амуниции и все это успешно переправил в Самогитию. Позднее самогиты заняли часть территории Латвии, но, не сумев ее удержать, вместе с сотнями примкнувших к ним крестьян отошли в Самогитию.

Когда литовские подразделения отдали русским свою старую столицу Вильну, другие литовцы, стремясь собрать большую армию повстанцев, попросили самогитов присоединиться к ним в Судавии. Самогиты отказались от своих местных намерений и начали пробираться в Судавию, чтобы присоединиться к литовцам. По дороге они часто сталкивались с прусскими подразделениями и были вынуждены сражаться.

10 октября 1794 года в битве к югу от Варшавы объединенные войска литовцев, самогитов и поляков потерпели поражение, когда подразделения Ивана Ферзена соединились с основными силами России под командованием Александра Суворова. В этом неудачном для повстанцев сражении был ранен и взят в плен их командир генерал Т. Костюшко.