14 июля 1918 года духовный отец, местный поп Иоанн Сторожев в Ипатьевском доме отслужил последний молебен для императорской семьи. Хотя ему не разрешалось с ними говорить, он заметил, что все они были очень печальны, объяты страхом и полны отчаяния.
15 июля комитет Екатеринбургского совета, состоящий из шестнадцати членов, на нескольких закрытых заседаниях, под председательством Л. Сосновского, обсуждал как устранить угрозу империалистических армий адмирала Колчака, а также судьбу знатных заключенных. Комитет проголосовал без суда привести в исполнение смертную казнь царю, его семье и всем их сопровождающим лицам. Комитет также решил послать в Алапаевск советский отряд Л. Шварца для убийства всех находящихся там в заключении родственников царя.
Решение Екатеринбургского совета было более или менее актом безрассудства, попытка опередить освобождение императорской семьи. Эта группа комитетчиков думала, что армии Колчака займут Екатеринбург и его окрестности почти без всякого сопротивления, поэтому они должны были не допустить приближающихся империалистических сил к основной цели – освобождению царя вместе с семьей и всей его свитой.
16 июля 1918 года в десять часов вечера царь Николай II, его жена и их дети, вместе с доктором Боткиным, камердинером Труппом, служанкой Демидовой и поваром Харитоновым были вызваны в подвал Ипатьевского дома. Рассказывается, что царь, его жена и сыновья были усажены на стулья, а четыре дочери и сопровождающие их лица стояли за ними. Вся процедура происходила в условиях строжайшей секретности. Исполнителями экзекуции были назначены пять лиц: Юровский, Голощекин, Ермаков, Белобородов и Войков. Все они были вооружены несколькими револьверами.
Как позднее засвидетельствовал Войков, Юровский зачитал царю приговор: «Николай Александрович, решением совета Уральской области, вы приговариваетесь к смертной казни». Услышав свою участь, царь потерял сознание. Юровский первый выстрел направил царю в голову, второй – на сына царя. Другие экзекуторы стреляли по оставшейся группе людей, пока все не были убиты, включая и всеобщего любимца – спаниеля Джимми. К двери подвала специально был подогнан грузовик с включенным двигателем, чтобы он заглушал звуки выстрелов. Этот план был настолько действенным, что часовые вокруг Ипатьевского дома и окрестные жители выстрелов, наверное, даже и не слышали. В час по полуночи исполнители казни погрузили трупы в грузовик и отвезли их за двадцать километров, недалеко от деревни Палкино к так называемой шахте Четыре Брата.
После вывоза из Ипатьевского дома тел жертв, часовые, помогшие вынести их из подвала и уложить в грузовик, начали пьянствовать, празднуя это событие. В пьяном угаре они стреляли из своих маузеров в комнате смертников, изображая экзекуцию семьи императора. Это «празднование» объясняет, почему на стенах комнаты убийства было найдено такое множество следов от выстрелов.
Около шахты Четыре Брата жертвы были раздеты, одежда аккуратно обыскана в надежде найти драгоценности и ценные вещи. Тела ужасным образом были расчленены топорами и сложены на двух кучах поленьев. Все обильно залито керосином, бензином, серной кислотой и подожжено. Костры горели двое суток под строгой охраной, пока тела полностью не сгорели. Остатки были свалены в шахтный колодец.
Другую, еще более жуткую версию расправы над жертвами предоставляет Питер Флеминг (Peter Fleming) в своей книге «Судьба адмирала Колчака». Он писал: «Факт, что убиенные были без зубов, генерал Жанен* объясняет следующим образом – трупам были отрезаны головы, сложены в опилки и увезены. Все это исполнил человек со зловещей репутацией – некий Апфельбаум**».
На следующий день после расправы над императорской семьей, также были жестоко убиты родственники царя, бывшие в заключении в Алапаевской тюрьме. Великие князья Михаил Александрович, Сергей Михайлович, Игорь Константинович, Константин Константинович, Иоанн Константинович и князь
