Известно, что в дальнейшем его перевели в Симбирск, тогдашний губернский центр, и следствие по делу «о ложных пророчествах Апокалипсиса в Самаре» было продолжено там. Губернский суд признал «о. Иеронима» виновным в мошенничестве и осудил на 50 ударов хлыстом и бессрочную ссылку в Сибирь. При исполнении телесного наказания присутствовала почти вся самарская община староверов; они рыдали и скорбели о преступнике, как об «истинном христовом мученике». Эти люди, однажды уже разоренные мошенником, вновь собрали для него немалые деньги — на этот раз в дорогу, в Сибирь.

Осужденный едва не скончался во время порки. Он потерял сознание и был опущен с эшафота на руках. О дальнейшей судьбе этого человека ничего неизвестно. Скорее всего, он скончался либо в Сибири, либо по дороге туда.

Во втором часу ночи 18 июля 1774 года к петербургскому дому Григория Орлова явился неизвестный, потребовавший от караула допустить его к графскому камердинеру. Что те и сделали после некоторого колебания. Уже отошедший к этому времени ко сну, камердинер хотел отчитать и выгнать наглеца. Но когда тот заявил, что ему немедленно потребно видеть «Его Сиятельство по государственному делу», камердинер вынужден был провести его к покоям хозяина.

И хотя к тому времени Орлов уже не состоял в фаворитах императрицы, тем не менее, он не переставал оставаться в когорте самых доверенных лиц государыни и имел право на аудиенцию с нею в любое время.

Орлов, не раздумывая, принял загадочного полуночного визитера — пожилого бородатого человека, одетого в убогий длиннополый кафтан и запыленного с головы до ног.

Назвавшись Остафием Трифоновым, ночной визитер заявил, что явился в столицу империи по наказу своих земляков — яицких казаков, в количестве 342 человек действовавших в составе армии Пугачева. Они, якобы, изъявили желание прекратить сопротивление «матушке-государыне», поймать Пугачева и выдать его властям. Казаки просили для себя прощения и награды в размере 100 рублей каждому. В подтверждение своих слов визитер извлек из потайного кармана внушительный конверт и вручил его графу. В нем находилось письмо упомянутых казаков и их личные подписи — всего 342.

Граф распорядился закладывать карету, чтобы ехать немедля к императрице в Царское Село, где находилась ее летняя резиденция. Долгая ночная дорога располагала к общению, и Орлов принялся выяснять у Трифонова детали, которые могли понадобиться ему для доклада императрице.

Остафий в ходе беседы заявил, что казаки обманом были вовлечены в бунт и когда убедились, что их вожак, называвший себя Петром Третьим, на самом деле никто иной, как выходец с Дона Емельян Пугачев, то на общем сходе решили «искупить свои вины».

Слова Трифонова прозвучали очень достоверно. В пользу возможности того, что он говорит правду, существовало несколько косвенных соображений. Например, Григорий Орлов прекрасно знал, что значительная часть яицкого казачества Пугачева ненавидит, видя в нем человека, несущего разорение краю и его жителям. Также было известно, что первую попытку схватить Пугачева и выдать его властям предприняли именно яицкие казаки из состава его войска. Кроме того, Орлов знал, что весной 1774 года уже имели место прецеденты, связанные с выдачей властям вожаков бунтовщиков. То есть, само по себе предложение выкрасть Пугачева и передать его преследователям на фоне такого рода событий не следовало считать каким-то совсем уж невероятным или фантастичным.

Около шести часов утра Орлов с Трифоновым прибыли в Царское Село. Граф немедленно прошел в опочивальню Императрицы, а Остафий около получаса дожидался его в одной из комнат в присутствии пары гвардейских офицеров. Наконец, и он был приглашен в покои государыни.

Императрица милостиво позволила Остафию Трифонову целовать руку, после чего довольно долго и обстоятельно расспрашивала его о событиях на Яике, настроениях бунтовщиков, входя порой в самые незначительные детали. Так, например, она поинтересовалась маршрутом движения Трифонова к Петербургу, поскольку теоретически, его должны были задержать воинские кордоны еще на подходе к Москве. Трифонов спокойно объяснил, что прошел половину России без паспорта, просто показывая разорванную подкладку кафтана, через которую паспорт якобы и вывалился.

Результатом поездки Орлова и Трифонова в Царское Село явилось учреждение императрицей Секретной комиссии по поимке Пугачева, в состав которой вошли два человека: капитан Преображенского полка Галахов и сам Остафий Трифонов. Правда, впоследствии к ним присоединился майор Рунич, тяжело контуженный во время турецкой компании и находившийся в то время в Москве на излечении.

Секретной комиссии были даны самые широкие полномочия. Галахов получил право требовать выдачи паспортов на любое имя, он мог останавливать курьеров штабов любого уровня и знакомиться с перепиской должностных лиц. Члены Комиссии могли требовать выделения в их полное распоряжение любых сил, необходимых для организации вооруженного конвоя; в местах боевых действий они могли перемещаться сообразно своим планам, не подчиняясь воинским командирам. О хозяйственных полномочиях — получении корма для лошадей, внеочередном проезде почтовых станций, получении у местных властей лошадей, размещении на постой и т. п. — и говорить нечего: все это Секретная комиссия получила сполна.

Одновременно для организации похищения Пугачева и оплаты накладных расходов Галахову выделили 25 тысяч рублей.

Вечером 19 июля 1774 года Галахов и Трифонов выехали сначала из Петербурга в Москву, где Галахов поменял бумажные ассигнации на 15 тысяч золотом. По расчетам, этих денег должно было хватить на аванс казакам. После этого, три члена Секретной комиссии с двенадцатью Преображенскими гренадерами 5 августа 1774 года выехали из Москвы.

Наконец, после многодневных блужданий по степи, в конце августа 1774 года Секретная комиссия прибыла в Саратов и разместилась в пустовавшем архиерейском доме.

Здесь же было проведено и итоговое совещание членов комиссии. После продолжительного обсуждения сошлись на следующем: Галахов и Рунич с деньгами и конвоем отправляются в Сызрань, где ждут сигнала от Трифонова о поимке Пугачева. Сам Трифонов в сопровождении трех сотников переправляется через Волгу в районе Сызрани; в районе переправы он оставляет первого казака. С двумя другими он отправляется вглубь заволжской степи и примерно через 70 верст оставляет второго казака. Продолжая свой путь, он еще через 50 верст оставляет третьего и далее движется один, пока не найдет свой отряд. Встретившись сними поймав Пугачева, Трифонов отправит на встречу с третьим казаком своего посыльного, который условной фразой известит о происшедшем. Далее, казаки по эстафете передадут информацию в Сызрань. Галахов с Руничем немедленно выедут из города и отправятся к тому месту в степи, где Трифонов расстанется с третьим казаком: именно туда будет привезен плененный Пугачев, и там необходимо будет произвести окончательный расчет с отрядом захвативших его казаков. Для авансирования казаков Трифонову было выделено три тысячи рублей, хотя он требовал всю причитающуюся казакам сумму. Остановившись на таком решении, комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов — вглубь степи, а Рунич — в Пензу, на доклад графу Панину о принятом решении.

Рунич, после доклада Панину, направился в Сызрань. И к своему немалому удивлению столкнулся в дороге с Галаховым и его охраной. От него он узнал самую актуальную на тот момент новость: 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки Суворову. С этого момента нужды ни в Остафии Трифонове, ни в самой Секретной комиссии не было. Чтобы вернуть с дороги Трифонова Галахов послал поручика Дидриха.

Поручик догнал Трифонова на симбирской дороге в 90 километрах от Казани. После этого все пятеро отправились в Симбирск. Но, не доезжая до него 50 километров, остановились на ночлег в оказавшейся на их пути деревне.

Проснувшись утром, поручик Дидрих с ужасом увидел, что Остафий Трифонов исчез. Хотя лошадь его осталась на месте. Этот факт навел на мысль, что Трифонов ушел пешком. Поэтому было потрачено несколько часов на поиски Трифонова в деревне и ее окрестностях.