Причиной течи котлов кроме трещин стали также железные дымогарные трубки. Все они в апреле 1883 г. были заменены на одном из частных заводов Гибралтара. Американские котлы заменили на новые, изготовленные Кронштадтским пароходным заводом, только в 1886 г., когда "Забияка" находился в Севастополе.

К марту 1897 г. вновь встала необходимость смены главных котлов. Котлы с рабочим давлением 5,6 атм. изготовил Балтийский завод. 20 апреля их испытали вдвое большим гидравлическим давлением и отправили во Владивосток. Одновременно с установкой главных и вспомогательных котлов на корабле капитально ремонтировали палубы, фальшборт и _I рангоут. Ко 2-му декабря 1899 г. новые котлы уже стояли на "Забияке". И вот здесь, когда все работы были уже позади, потекли некоторые швы одной из топок, грозившие вывести корабль из строя "на продолжительное время". Для выяснения причины аварии в сентябре 1900 г. была созвана комиссия. По счастью, в характере аварии (расслоение металла — "редкий случай подобного повреждения") не усмотрели вины завода-изготовителя. И Управляющий Морским министерством вице-адмирал П.П. Тыртов разрешил замену топки на "волнистую с гладкими концами" без демонтажа котла, причём топочные связи вновь заказали Балтийскому заводу, а саму топку - английской фирме "Лидс форджес компани".

Много хлопот доставил вспомогательный котёл. Он засорился в течение первых же нескольких месяцев службы и простаивал мёртвым грузом, поскольку конструкция котла не позволяла его чистить изнутри. В нём заменили нижнюю трубчатую решётку, служившую одновременно и верхом топки, сменили на медные проржавевшие железные дымогарные трубки. Из 10 мм-железа сделали отдельный паровик длиной 1,2 и диаметром 0,6 м. Наконец, намучившись с дорогостоящими заграничными ремонтами, командир подал рапорт о замене вспомогательного котла новым большего размера. По возвращении крейсера в Кронштадт в 1883 г. вспомогательный котёл был заменён. Тогда же опустили до уровня жилой палубы трубы парового отопления командного помещения, чтобы прогревали воздух, а не вышележащую палубу.

Была признана недостаточной и производительность водоотливных средств, почти 11 т/мин, и на "Забияку" установили два эжектора Фридмана № 10 и дополнительно две 7-дюймовые помпы Даутона.

По итогам первого заграничного плавания, ремонтные работы на "Забияке" выполнялись согласно дефектной ведомости, представленной командиром Ломеном "по начальству". Она состояла из девяти пунктов.

По первому пункту заменили руль на больший в полтора раза по площади (5,109 м³). По пятому — переменили руслени и сняли расположенные под ними волноотводы, которые и ржавчину в обшивке вызвали, и деревянным русленям дали прогнить. Новые волноотводы сделали съёмными, чтобы стало возможным красить железную обшивку. Переменили бакаут.

Заделывались старые штормовые шпигаты, по которым вода в принципе никуда не могла уйти, и вырубались новые. Всего лишь трёх шпигатов на борт, но прорубленных правильно, оказалось достаточно.

Во флортимберсах угольных ям поставили четыре водонепроницаемые горловины для доступа в междудонное пространство.

Сняли "коловратную" машину Яблочкова. Лампы освещения оказались очень чувствительными к качке. На её месте на жилой палубе смонтировали типовую динамо-электрическую машину. Заменена была и маломощная американская динамо-машина, вместе с нетипичными для русского флота американскими прожекторами.

Эти и другие работы были выполнены в течение 1883-1884 гг. В 1890 году последовали новые стремления улучшить минное вооружение.

Специально созданная комиссия, назначенная Его Императорским Высочеством генерал-адмирал ом Алексеем Александровичем, осмотрев "Забияку", нашла необходимым: ^для постановки сфероконических мин установить одну или две стрелы у бизань-мачты; динамомашину, если не представится возможность, заменить на более компактную, обнести щитами для уменьшения шумности; неудачно поставленный прожектор, на мостике между дымовой трубой и грот-мачтой, переставить на площадку спереди фок-мачты, чтобы прожектор наконец получил достаточный сектор освещения по носу; найти постоянное место для якорей и вьюшек мин заграждения, и, несмотря на зарываемость крейсера на волнении, комиссия предлагала вооружить полубак "Забияки" минным аппаратом.

Журналом №6 от 30 января 1890 г. были предоставлены на усмотрение Управляющему Морским министерством Н.М. Чихачёву отзывы МТК. Разумеется, МТК не оставил никакой надежды на установку носового минного аппарата, поскольку было недопустимо перегружать носовую часть. Что же касается места установки носового прожектора, то определить его должен был исполнитель работ — Кронштадтский порт, опять же с учётом "зарываемости" крейсера.

По остальным пунктам резолюции было наложено следующее: ^для установки сфероконических мин поставить две стрелы, желательно устроить минный погреб, и ^для боевого освещения разрешалось сменить динамо-машину, а для освещения погребов поставить аккумуляторы.

Но, пожалуй, наиболее часто меняемой стала артиллерийская часть, что представляется оправданным. Артиллерия признавалась устаревшей ещё при вступлении корабля в строй.

Как уже говорилось, зимой 1879-1880 г. первоначальное вооружение было дополнено пушками Пальмкранца и десантным орудием. С таким вооружением "Забияка" ушёл в первое плавание, за время которого его артиллерия получила объективную оценку. Претензии командира возникли главным образом к орудиям среднего и малого калибра, но критиковались и шестидюймовые пушки за малый угол горизонтальной наводки по сравнению с крейсерами типа "Джигит", за большой кренящий момент и за громоздкость платформ.

9-фн пушкам досталось также за недостаточный сектор огня, но прежде всего за худшие против "джигитов" баллистические характеристики и за неудачное их размещение. Отмечалось слабое вооружение кормовой оконечности. Малейшая задержка огня единственного орудия оставила бы крейсер беззащитным на кормовых курсовых углах.

Та же комиссия, которая осматривала фрегат "Дмитрий Донской" и корветы "Рында", осматривала и клипер "Забияка", причем представила о необходимости: Установить на клипере носовой аппарат на верхней палубе над полубаком, для постановки сфероконических мин установить одну или две стрелы у бизань-мачты, найти более удобное место для якорей и вьюшек мин заграждения, динамо-машину обнести щитами для уменьшения шума от нее в палубе и для сохранности, причем желательно заменить ее другой, более компактной и переставить правый фонарь на особый мостик, от полубака к фок-мачте, и на площадку спереди фок-мачты, так как имеемое положение фонаря на площадке, между грот-мачтой и дымовой трубой, мешает фонарю светить вперед.

По журналу от 30 января 1890 г. за №6 Комитет представил на благоусмотрение Управляющего Морским министерством, что: зарывание клипера на волнении препятствует установке носового аппарата, две стрелы для постановки сфероконических мин необходимо установить, если место найдется, то для удобного помещения мин заграждения устроить минный погреб, поставить другую динамо-машину для боевого освещения, а для освещения крюйт-камер и минных погребов поставить аккумуляторы и вопрос об установке боевого фонаря предоставить решению Кронштадтского порта, имея в виду зарывание клипера на волнении.

Платформа носовой пушки при выстреле испытывала сильные удары и подпрыгивания из-за того, что её центральный штырь одновременно являлся и боевым. Кроме того, из орудия невозможно было вести огонь прямо по носу — мешали штаги фок-мачты, оно также способствовало заливаемости полубака. К этому можно добавить, что из-за катастрофически низкой скорострельности носовое орудие оказалось безполезным и в качестве противоминного.