Но всё это не сломило чехословацкий народ. С самого начала германской оккупации начинается борьба чехов, словаков и закарпатских украинцев за своё освобождение. Эта борьба ведётся ими как внутри страны, так и вне её. С момента нападения Германии на СССР движение сопротивления приобретает ещё больший размах.
Организатором сопротивления немецким захватчикам на оккупированных территориях Чехословакии выступила чехословацкая компартия, поддержанная подавляющим большинством населения. Сопротивление выражалось в массовых актах саботажа, бойкоте всего немецкого, террористических актах и т. д. Руководили этими действиями члены подпольной организации, издававшей свои газеты и листовки. В Словакии и Закарпатской Украине широкий размах приняло партизанское движение. Немецкие власти проводят целый ряд жесточайших репрессивных мероприятий. Они расстреливают чешских студентов и рабочих, сажают их в концлагери и тюрьмы. Но сопротивление всё возрастает. Интеллигенция вместе со всем народом всё активнее борется против германских захватчиков. В 1940 г. Карл Франк заявил, что «2 тыс. чешских заложников, находящихся в концлагерях, будут расстреляны, если видные чешские деятели откажутся подписать заявление о лояльности». Но борьба не прекращалась. Гитлер негодовал. Он сместил Нейрата и назначил протектором Гейдриха, приказав ему усилить террор. Чехи ответили на это убийством Гейдриха. В отместку гитлеровцы 10 июня 1942 г. стёрли с лица земли чешскую деревню Лидице, уничтожив её население, и расстреляли многих заложников. Чехи усилили акты саботажа. Оккупанты попытались возложить ответственность за поведение рабочих на администрацию предприятий, заставив директоров заводов и фабрик подписывать такое заявление: «Я принимаю к сведению то обстоятельство, что я буду немедленно расстрелян, если фабрика прекратит работу без уважительной причины». Такая же ответственность была возложена на школьных учителей за поведение учеников. Но и это не помогло. Чехи, словаки и украинцы вплоть до момента разгрома гитлеровской Германии не прекращали борьбы. Формы этой борьбы в зависимости от обстоятельств были различными. Чехи, которых немцы не брали в армию, считая опасным дать им оружие, широко практиковали акты саботажа и террора. Словаки, которые как «союзное» государство имели воинские части, включённые в состав германской армии, применяли и другие способы сопротивления. Часть их, уклоняясь от призыва в армию, уходила в горы, создавая там партизанские отряды. Те, кто в составе германских войск оказались на советско-германском фронте, массами переходили на сторону Красной Армии, сдаваясь в плен при первом соприкосновении с её частями. Кульминационным пунктом борьбы словаков явилось вспыхнувшее 29 августа 1944 г. восстание всей словацкой армии, находившейся внутри страны. Центром восстания была Баньска Быстрица. Восставшие установили свой контроль над большей частью Словакии. Против них германским командованием были брошены крупные немецкие и венгерские соединения с большим количеством танков, самолётов и артиллерии. Словацкие войска, совершенно не имевшие тяжёлого вооружения, тем не менее свыше двух месяцев вели ожесточённые бои со значительно превосходящими их силами противника. Когда немцы после тяжёлых боёв заняли центр восстания Банську Быстрицу, словаки не сложили оружия и ушли в горы, где вели партизанскую войну вплоть до прихода Красной Армии.
Наибольший размах партизанское движение приняло в Закарпатской Украине, где оно имело непосредственную связь с партизанскими отрядами Советской Украины, получая от них помощь и поддержку. Это движение возглавлялось героем закарпатско-украинского народа Миколой Барканюком. Под его руководством партизанские отряды Гавриила Лагойды, Михайлы Серко, Миколы Сокача, Василия Жупана действовали на коммуникациях немцев и венгров, громили их обозы и транспорты, уничтожали военные склады.
Одновременно с борьбой народов Чехословакии против немецко-венгерских оккупантов внутри страны большая работа проводилась и за границей.
Президент Бенеш, не признавший мюнхенского соглашения, уехал ещё 5 октября 1938 г. сначала в Америку, а затем в Англию, где в 1940 г. встал во главе созданного в Лондоне Чехословацкого национального совета. Национальный совет стал организационным центром чехословацкой эмиграции в Великобритании. Он образовал кабинет министров, возглавленный Шрамеком и признанный к лету 1941 г. великими державами законным правительством Чехословацкой республики. В первые годы войны под влиянием проанглийски настроенных и связанных с консервативными кругами Великобритании членов Национального совета президент и правительство Шрамека занимали выжидательную позицию. Они выступали против организации активного сопротивления немецко-венгерским оккупантам внутри страны, против развёртывания партизанского движения, расходясь в этих вопросах с позицией чехословацкой эмиграции в Советском Союзе. Чехословацкая эмиграция в СССР, возглавленная руководителем КПЧ К. Готвальдом, с первых дней оккупации явилась инициатором и руководителем движения сопротивления в чехословацких землях, создания подпольных радиоцентров в Чехии и Словакии, организации партизанских отрядов, актов саботажа и диверсий против оккупантов. После нападения гитлеровской Германии на Советский Союз и первых ударов советских войск по германской армии президент Бенеш вступает с правительством СССР в переговоры, завершившиеся 18 июля 1941 г. соглашением об обмене посланниками, о совместных действиях в войне против Германии и о создании на территории СССР национальных чехословацких воинских частей. Одновременно лондонским чехословацким правительством предпринимаются некоторые шаги для организации воинских частей в других странах. Небольшая чехословацкая воинская часть приняла в конце войны участие в боях на западном фронте. Некоторые чехословацкие лётчики, находившиеся в Англии, участвовали в налётах английской авиации на германские города. Одновременно чешскими патриотами был создан батальон имени Яна Жижки, сражавшийся в составе югославской народно-освободительной армии.
Решающую роль в деле создания чехословацкой армии сыграли войска, сформированные в Советском Союзе. Заключённое в Лондоне 18 июля 1941 г. советско-чехословацкое соглашение предусматривало «…создание на территории Союза Советских Социалистических Республик национальных чехословацких военных частей под командованием лица, назначенного чехословацким правительством с согласия советского правительства». Соглашением от 22 января 1942 г. советское правительство предоставило для этой цели правительству Чехословакии заём, позволивший ему содержать на территории СССР воинские формирования.
Первое такое формирование — батальон под командованием подполковника Людвига Свобода уже в марте 1943 г. вступил в бой плечом к плечу с войсками Красной Армии под Харьковом у Соколува. В ходе боёв батальон вырос в бригаду, отличившуюся в боях под Белой Церковью, принимавшую в октябре — ноябре 1943 г. участие в борьбе за Киев. Чехословацкая бригада пополнялась главным образом за счёт переходивших на сторону Красной Армии словацких частей, а также за счёт собиравшихся в неё отовсюду чехов и словаков, бежавших от гнёта немецкой оккупации.
Заслуга руководителей чешского и словацкого народов состоит в том, что они правильно поняли и оценили роль Советского Союза в борьбе против фашистских агрессоров, в обеспечении мира и безопасности в послевоенный период.
В декабре 1943 г. в Москву прибыл президент Бенеш. В результате переговоров между ним и правительством СССР 12 декабря был подписан договор о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве, заключённый на 20 лет и установивший основные принципы советско-чехословацких отношений.
