Всего 15 мая по приказу Нагих толпа линчевала пятнадцать человек. Трупы их были брошены в ров у стен угличского кремля. На третий день в Углич должна была прибыть следственная комиссия из Москвы. Лишь теперь до Нагих дошло, что за убийства придется отвечать. Ночью накануне приезда комиссии Михаил Нагой и его сторонник в администрации приказчик Русин Раков решили сфабриковать улики, свидетельствовавшие о виновности убитых. В этом им помогали слуга Григория Нагого Борис Афанасьев и холоп Михаила Нагого Тимофей. В частности, Тимофей принес живую курицу и зарезал ее. Кровью курицы были измазаны несколько длинных ногайских ножей и железных палиц, которые Русин Раков отнес в ров и положил на трупы Битяговских и их сторонников.
На следующий день будет указано, что во рву были обнаружены Михаил Битяговский с ножом, Никита Качалов с ножом, Осип Волохов с палицей, Данила Третьяков с саблей, боевой холоп Михаила Битяговского Павел с самопалом и т. д.
Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращен из ссылки и занял свое место в Думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что Шуйский стал-де зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами Думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
От церковных властей в состав комиссии вошел митрополит Крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах по-прежнему была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царем. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису.
Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своем распоряжении штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «углицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок. Начало вообще исчезло.
Реконструировать следственное дело взялся его издатель В. К. Клейн. Он обратил внимание на ржавые пятна, покрывавшие многие страницы. Пятна были различной величины, но имели одинаковую конфигурацию. Это дало Клейну основание предположить, что документ пострадал от влаги еще в то время, когда хранился в архиве свернутым в свиток. Больше всего пострадали наружные листы, ближе к центру размер пятен уменьшался, а внутренние листы были и вовсе чистыми, так как влага туда не проникла. Учитывая размеры пятен, Клейн уложил разрезанные листы в нужном порядке, и сразу появился связный и полный текст. Отсутствовали лишь первые листы, которые, очевидно, намокли больше всего и затем просто отвалились. В Средние века на Руси принято было рукописи скатывать в свитки, и последние листы оказывались наружными. В «углицком деле» почему-то наоборот наружными были первые листы. Это и неудивительно. Ведь, чтобы прочитать свиток, его надо было перемотать, чтобы начало оказалось снаружи. И в архивах рукописи всегда хранились уже подготовленными для чтения, то есть перемотанными. Это и объясняет, почему подмокли именно первые листы, а не последние. Во времена царствования Петра I архивы перешли на новую систему хранения документов. Большие и неудобные для чтения свитки архивариусы перекомпоновывали в тетради. Они-то и разрезали угличское дело на отдельные листы, которые потом оказались перепутанными.
Есть мнение, что сохранившееся угличское дело — это беловик, составленный в Москве канцелярией Бориса Годунова, а черновики допросов, написанные в Угличе, не дошли до наших дней. Палеографическое исследование рукописи опровергает эту версию. «Углицкое дело» написано многими писцами, можно выделить шесть основных почерков писцов. Кроме того, в тексте документа имеется не менее двадцати подписей свидетелей из Углича. Все подписи строго индивидуализированы и отражают степень грамотности писавших. Не могли же все эти свидетели приехать из Углича в Москву, чтобы подписать беловик.
По прибытии в Углич комиссия подробно опросила сотни людей. Первым делом члены комиссии тщательно осмотрели трупы царевича Дмитрия и жертв самосуда Нагих. Естественно, ни у кого не возникло и тени сомнения, что погиб именно царевич Дмитрий, а не какой-то другой мальчик. Отпевание царевича вел лично митрополит Геласий в присутствии других членов комиссии.
Окровавленные ножи и палицы на трупах Битяговских с товарищами, естественно, не смогли обмануть комиссию. Мало того, приказчик Русин Раков струсил и рассказал Василию Шуйскому о том, как в ночь перед приездом комиссии по приказу Нагих он отнес в ров и бросил на трупы измазанное куриной кровью оружие. Михаил Нагой не хотел в этом сознаваться, но был изобличен. На очной ставке с Раковым холоп Нагого Тимофей подтвердил показания приказчика и рассказал, что сам принес курицу и зарезал ее в чулане. Григорий Нагой не стал запираться, а сразу признался, что взял ногайский нож у себя дома, а также принимал участие в изготовлении других «улик».
Допрос главных свидетелей окончательно разрушил версию о преднамеренном убийстве царевича Дмитрия.
Трагедия произошла ясным солнечным днем на глазах у многих людей. Комиссии не составило труда установить все имена непосредственных свидетелей происшедшего. Василию Шуйскому давали показания мамка Волохова, кормилица Арина Тучкова, постельница Мария Колобова и четыре мальчика, игравшие с царевичем в тычку. Самое большое значение следователи придавали показаниям мальчиков, так как те ближе всего находились к царевичу. Следователи дважды сформулировали один и тот же вопрос, чтобы добиться точного ответа. Сперва они спросили: «Хто в те поры за царевичем были?». Мальчики ответили, что «были за царевичем в те поры только они четыре человека да кормилица да постельница». После этого члены комиссии спросили прямо в лоб: Осип Волохов и Данило Битяговский «в те поры за царевичем были ли?» Все четыре мальчика ответили отрицательно. Мальчики точно и живо описали, что произошло на их глазах: «Играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь — падучий недуг — и набросился на нож».
Может быть, мальчики сочинили всю эту историю о припадке царевича в угоду Шуйскому, не испугавшись гнева своей государыни — Марии Нагой? Это опровергается показаниями взрослых свидетелей.
Трое дворцовых служителей Марии Нагой — подключники Ларионов, Иванов и Гнидин — дали следующие показания: когда царица села обедать, они стояли «в верху за поставцом, ажно деи бежит в верх жилец Петрушка Колобов, а говорит: тешился деи царевич с нами на дворе в тычку ножом и пришла деи на него немочь падучая, да в ту пору, как ево било, покололся ножом, сам и оттого и умер».
Петрушка Колобов был старшим из четверых мальчиков, игравших с царевичем. Он повторил следственной комиссии то, что сказал подключникам через несколько минут после смерти царевича.
