Сразу же после изгнания поляков начались очистка и восстановление Кремля и всей столицы. Трубецкой поселился в Кремле во дворце Годунова, а Пожарский — на Арбате в Воздвиженском монастыре. Кремлевские сидельцы бояре разъехались по своим вотчинам. Михаил Романов с матерью уехали в свою вотчину — село Домнино Костромского уезда.

Король Сигизмунд в Вязьме узнал о капитуляции польских войск в Москве. Там королевские войска соединились с отрядами гетмана Ходкевича и вместе двинулись осаждать укрепленный городок Погорелое Городище. Местный воевода князь Юрий Шаховский на требование сдачи ответил королю: «Ступай к Москве. Будет Москва за тобою, и мы твои». Король послушался и пошел дальше.

Основные силы поляков осадили Волоколамск, а конный отряд пана Адама Жолкевского двинулся к Москве. Жолкевский дошел до села Ваганьково, где был атакован русскими. Поляки были разбиты и бежали. В бою поляки захватили смоленского дворянина Ивана Философова. Жолкевский велел допросить его и узнать, хотят ли по-прежнему москвичи королевича Владислава на царство, полнолюдна ли Москва и много ли там припасов? Философов ответил, что Москва «людна и хлебна», и все готовы помереть за православную веру, а королевича на царство брать не будут. То же самое дворянин сказал и самому Сигизмунду.

Потеряв надежду овладеть Москвой, король решил по крайней мере взять Волоколамск, который обороняли воеводы Иван Карамышев и Чемесов. Поляки трижды штурмовали город, но были отбиты. Третий штурм кончился вылазкой казаков под началом атаманов Нелюба Маркова и Ивана Епанчина. Казакам удалось отогнать ляхов и уволочь у них несколько пушек.

27 октября Сигизмунд приказал войску уходить в Польшу. По дороге от холода и голода поляки потеряли несколько сотен человек.

Зиму 1612–1613 г. князь Пожарский провел в Москве. После освобождения столицы от поляков его влияние постепенно падало. Историки давно ломают копья в спорах — домогался ли Дмитрий Михайлович царского престола. Сторонники этой версии любят приводить показания дворянина Л. Сукина, который в 1635 г. утверждал, что «Дмитрий Пожарский воцарялся, и стало ему в двадцать тысяч». Противники утверждают, что-де Сукин врал со злости на князя. Главным же аргументом против «воцарения Пожарского» служит миф о храбром, но наивном и глуповатом воеводе, который и помыслить не мог о царском венце. Хорошей иллюстрацией этого мифа стала народная песня, записанная в 40-х годах XIX века П.В. Киреевским:

Давайте зададим себе простой вопрос, почему никто из историков не отрицает полководческого таланта Пожарского, его блестящих способностей, как политика, так и дипломата? И вдруг зимой 1612 г. Рюрикович Пожарский предлагает выбрать в цари малограмотного безродного подростка, всю жизнь проведшего за бабскими юбками, из семейства изменников, активно участвовавшего во всех заговорах против государства Российского с 1600 года. Я уж не говорю о том, что Михаил, в отличие от Пожарского и большинства его ратников, целовал крест Владиславу, а его отец находился в польском плену.

Что же произошло, почему так поступил славный воевода? Может, его польским ядром контузило или временное затмение нашло? Нет, Дмитрий Михайлович Пожарский активно участвовал в борьбе за престол. Почему же не осталось письменных свидетельств очевидцев о предвыборной борьбе Пожарского? Ну, во-первых, резонно предположить, что все такие документы были уничтожены по указу Михаила, а во-вторых, Москва — не Варшава и не Париж, громко обещать панам злотые за избрание на престол и произносить исторические фразы, что-де Париж стоит мессы, не принято. Ни Годунов, ни Михаил ни разу не предлагали себя на престол, а, наоборот, категорически отказывались от него. Соответственно, и Пожарский не мог нарушить традицию. Но, увы, он совершил две роковые ошибки. Во-первых, о чем уже говорилось, вошел в соглашение с боярами при капитуляции поляков, а во-вторых, не сумел удержать в Москве дворянские части из Второго ополчения. В результате тушинским казакам угрозой применить силу, а в отдельных случаях и грубой силой удалось затащить на престол Михаила Романова.

Предположим, что князь Пожарский действительно был глупым служакой и на самом деле поддержал кандидатуру Михаила. Надо ли говорить, что об этом факте 300 лет тараторили бы романовские пропагандиста. Рисовались бы сусальные картинки и иконы, где седой воевода подает корону юноше с ангельским ликом. Увы, официальная пропаганда как-то невнятно говорит о позиции Пожарского на соборе. А теперь предположим, что Пожарский пытался «воцариться», но потерпел неудачу. Как должна была это отразить официальная историография? Вот, мол, лез князь Дмитрий на престол, а его поперли казаки-тушинцы и посадили Михаила? Тогда у многих возник бы резонный вопрос, а на каком основании Романовы оттерли от престола спасителя России, да еще и князя Рюриковича? Да и у меня самого, когда я в 5-м классе прочитал какую-то книжку о Пожарском, где рассказывалось, как царь Михаил унижал князя, возникла мысль, а как Пожарский допустил, чтобы престол заняла столь ничтожная личность? Естественно, что самым популярным объяснением позиции Пожарского на соборе было то, что-де по простоте души сам и отказался от престола.

Освобождение Москвы и отступление короля Сигизмунда дало возможность московскому правительству заняться созывом собора для избрания царя. В ноябре 1612 г. по всем городам были разосланы грамоты с приказом выслать выборных людей в Москву. В грамотах говорилось: «Москва от польских и литовских людей очищена, церкви божии в прежнюю лепоту облеклись и божие имя славится в них по-прежнему; но без государя Московскому государству стоять нельзя, печься об нем и людьми божиими промышлять некому, без государя вдосталь Московское государство разорят все: без государя государство ничем не поится и воровскими заводами на многие части разделяется и воровство много множится».

Заседания собора начались 6 декабря 1612 г., хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они так соскучились по сусальным картинкам «ля святая Русь», что с восторгом повторяли сказки XIX века.

Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то в основном их мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX века — начала XX века.

Официальная версия событий хорошо изложена у С.М. Соловьева: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов или своего природного русского, и порешили „литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и некоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына ее на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крестное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом“. Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принес на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Федорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: „Кто принес такую грамоту, кто, откуда?“ В то время выходит донской атаман и также подает письменное мнение: „Что это ты подал, атаман?“ — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. „О природном царе Михаиле Федоровиче“, — отвечал атаман. Одинакое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Федорович был провозглашен царем».