Беспокойство собравшегося в это время (1566 г.) английского парламента показало, что положение действительно опасно. Палаты видели только одно средство помочь делу: они снова обратились к королеве с просьбой вступить в брак и решить вопрос о престолонаследии. Как известно, эти меры больше создавали опасности, чем устраняли их. Определить престолонаследие — значило сразу обнажить меч; поэтому здесь королева твердо стояла на своем. После бешеного взрыва гнева она дала обещание выйти замуж, решившись, без сомнения, обойти его, как обходила раньше. Но ссора с общинами, вызванная запрещением с ее стороны обсуждать вопрос о наследовании (к этой ссоре мы вернемся позднее), сильно поразила Елизавету. «Тайные внутренние враги, — сказала она общинам, когда их ссора закончилась сердечным примирением, — думали причинить мне это зло, чего никогда не могли бы сделать враги внешние, а именно: навлечь на меня ненависть моих общин. Неужели вы думаете, что я не интересуюсь вашей безопасностью и престолонаследием, на что обращена вся моя забота, или что я намерена нарушить ваши вольности? Нет, никогда этого не было у меня в мыслях; я хотела только удержать вас от падения в пропасть». Однако она не могла указать настоящих мотивов своего поступка, и роспуск парламента вместе с возраставшей внешней опасностью поставил ее (1567 г.) лицом к лицу с недовольством народа.
Вдруг страшное событие рассеяло собравшиеся тучи. Мария воспользовалась Дарнли как орудием для гибели его сообщников и успеха своей политики, но после убийства Риццио она возненавидела и стала избегать его. С ее губ сорвались зловещие слова. Она сказала, что пока она не освободится от него каким-либо способом, ей и жизнь не мила. Жажда мести только усилилась в ней под влиянием страсти к графу Босуэлу, самому смелому и бессовестному из пограничных баронов. Отчаянный характер графа не отступал ни перед какими препятствиями, мешавшими его браку с королевой. Развод мог освободить его от жены. Дарнли мог стать жертвой заговора лордов, которых он покинул и предал и которые все еще считали его своим злейшим врагом. Изгнанные бароны были возвращены; пошли темные слухи. Ужасная тайна последовавшего затем события все еще окутана мраком сомнения и неизвестности, который, вероятно, никогда не будет совсем рассеян. Настроение королевы, по-видимому, вдруг изменилось. Ее ненависть к Дарнли сразу сменилась проявлениями старой привязанности. Пороки и бедствия довели его до болезни, Мария посетила больного и уговорила его последовать за ней в Эдинбург. Она снова навестила его в уединенном ветхом доме возле дворца, где его поместили по ее приказу, поцеловала его при прощании и весело поехала на свадебный пир в Холируд.
В два часа ночи ужасный взрыв потряс город, горожане бросились из ворот и нашли дом разрушенным, а труп Дарнли — под развалинами. Убийство, несомненно, было делом Босуэла. Скоро стало известно, что его слуга насыпал порох под спальню Дарили, а граф выжидал за городом окончания дела. Но, несмотря на сильное подозрение и на прямое обвинение в убийстве, предъявленное против него лордом Ленноксом, серьезной попытки расследовать преступление не было сделано; а слух, что Мария намерена вступить в брак с убийцей, привел ее друзей в отчаяние. Ее агент в Англии писал ей, что «если она выйдет за Босуэла, она утратит милость Божью, свою репутацию и расположение Англии, Ирландии и Шотландии». Но скоро все крепости королевства были отданы в руки Босуэла, и этот шаг послужил прелюдией к суду над ним и оправданию, которое подавляющая сила его сторонников превратила в простую комедию. Бессовестное требование развода устранило последнюю помеху для его честолюбия, королева была похищена на пути в Линлитгоу, и за этим последовал брак.
В один месяц все изменилось. Отвращение к браку с виновником смерти ее мужа вызвало восстание всего народа. Бароны, как католики, так и протестанты, собрались вооруженными в Стирлинге; их вступление в Эдинбург подняло восстание в столице. Мария Стюарт и Босуэл выступили с отличным войском навстречу лордам к Сетону, но их войско отказалось сражаться. Босуэл бежал и закончил жизнь в изгнании, а королева в бешеном отчаянии была привезена в Эдинбург и на проклятия толпы отвечала дикими угрозами. Из Эдинбурга в качестве пленницы ее отправили в крепость Локлевен. Она была вынуждена купить себе жизнь отречением от престола в пользу сына и передачей регентства своему брату, графу Меррею, который только что вернулся из Франции. В июле 1567 года ребенок по имени Яков VI был торжественно коронован.
На время Англия была спасена, но надежды Марии Стюарт рассеялись как раз вовремя. Великая борьба двух вероисповеданий, начавшаяся во Франции, постепенно превращалась в общую борьбу всей Европы. Примирительная политика Екатерины Медичи четыре года поддерживала перемирие между католиками и протестантами, но затем Конде и Гизы, желая воспользоваться новыми смутами, возникшими в это время в Нидерландах, снова подняли оружие. Жестокое преследование протестантов и бесцеремонное нарушение конституционных вольностей Филиппом II наконец вызвали там восстание; Филипп II воспользовался этим, чтобы нанести давно задуманный удар по распространению ереси в этой части его владений. В момент вступления Марии в Локлевен герцог Альба с войском в 10 тысяч человек готовился к походу в Нидерланды; он легко восторжествовал над силами мятежников, и начался ряд ужасных избиений и насилий, обесславивших его имя в истории. Ничто не могло так обеспокоить Елизавету, как прибытие Альбы во Фландрию. Истребление там ереси послужило бы прелюдией к содействию Гизам в истреблении ереси во Франции. Но и без этих далеких опасностей торжество католицизма и присутствие католического войска в стране, столь явно связанной с Англией, сразу оживило мечты католиков о восстании против власти королевы Елизаветы, а известие о жестокостях Альбы пробуждали в каждом из ее протестантских подданных с трудом сдерживавшуюся жажду мести. Но нанести Альбе удар было невозможно, так как для торговли Англии главным рынком служил Антверпен и перерыв отношений с Фландрией, неизбежный в случае войны, разорил бы половину купцов Лондона.
С каждым днем трудности Елизаветы все множились, а в это время Марии Стюарт удалось бежать из Локлевена. Энергия Меррея быстро подавила при Лэигсайде восстание католических баронов, помогавших Марии. Тогда она отказалась от всякой надежды на Шотландию, с гениальной быстротой изменила свои планы и, переправившись в легкой лодке через Солуэй, до наступления вечера прибыла в замок Карлайл. Присутствие Альбы во Фландрии было гораздо менее опасно, чем пребывание Марии в Карлайле. Удержать ее в Англии — значило создать центр для мятежа; притом сама Мария грозила «доставить много хлопот, если ее удержат в плену». Она явно просила помощи Англии для восстановления ее на престоле или свободного пропуска во Францию. Исполнение последнего требования дало бы Гизам грозное средство против Елизаветы и снова обеспечило бы Франции вмешательство в дела Шотландии; возвращение ей утраченной короны оружием было невозможно. До оправдания Марии Меррей не хотел и слышать о ее возвращении, а она отказывалась подчиниться суду, который мог бы ее оправдать. Однако Елизавете так хотелось избавиться от чрезвычайно опасного присутствия ее в Англии, что отказ Марии подчиниться какому бы то ни было суду вызвал у нее только новые планы ее восстановления. Она убеждала Меррея устранить важнейшие обвинения, а Марию — в награду за возвращение — предоставить Меррею настоящее обладание королевской властью. Ни тот, ни другой не хотели принять условий, приносивших их обоих в жертву интересам Елизаветы: регент продолжал обвинять королеву в убийстве и прелюбодеянии, Мария отказывалась отвечать или отречься в пользу своего малолетнего сына. Простое бездействие, как, без сомнения, предвидела Мария, более всего содействовало успеху ее смелой политики. Ее несчастье, ее решительные отрицания постепенно ослабляли веру в ее виновность и снова привлекали на ее сторону католиков Англии. В то время как Елизавета «держала волка за уши», жестокая борьба, вызванная действиями Альбы в Нидерландах и во Франции, разжигала раздражение партий в Англии.