По мере перевооружения трех первых бомбардировочных эскадрилий на "Москито" В Mk.IX и более поздние модификации удалось высвободить B.MkIV для двух новых частей: 627-й эскадрильи (ноябрь 1943 г.) и 692-й (январь 1944 г.). Действуя в составе 8- й группы совместно с 139-й эскадрильей, 692-я стала ядром Легких ночных ударных сил, оказавшихся одним из самых эффективных видов оружия в 1944-45 г., особенно после поступления B.MkXVI и канадских модификаций "Москито". 627-я эскадрилья несколько месяцев воевала вместе с 692-й, но в апреле 1944 г. была передана из 8-й в 5-ю группу для использования в качестве маркировщиков целей. При этом использовалась тактика, разработанная в 617-й эскадрилье ("Дэмбастерс"); ее "Ланкастеры" пикировали на цели с небольшой высоты. Действуя на машинах модификаций IV, IX, XVI, XX и 25, эта часть специализировалась на низковысотных полетах до конца войны. Во время службы в этой эскадрилье ночью 17 сентября 1944 г. погиб коммандер Г.Гибсон, кавалер многих орденов, командовавший 617-й во время знаменитого удара "Ланкастеров" по плотинам в Германии. Сама 617-я позднее также применяла "Москито" для целеуказания, используя тактику, отработанную командиром группы Л.Чеширом. Однако, эта часть больше использовала истребители-бомбардировщики FB MkVI, хотя имела и несколько B.MkIV. На B.MkIV летала также 192-я эскадрилья 100-й группы (поддержки бомбардировочных операций), имевшая самолеты, специально оборудованные для обнаружения радиотехнических и радиолокационных средств противника с целью противодействия им.

"Хайболл" и "Куки" В 1943 г. для "Москито" были разработаны два новых вида оружия, обещавших резко повысить эффективность "Москито" как бомбардировщика. Одно из них оказалось бесполезным, а второе много дало в налетах на Германию. Первая разработка называлась "Хайболл". Эта мина весом в 277 кг, конструировалась параллельно с "Апкип" (специальной бомбой-миной для уничтожения плотин, использванной 617-й эскадрильей против плотин в Руре), но предназначалась против кораблей. "Хайболл" рассматривалась в первую очередь с точки зрения одной-единственной атаки на "Тирпиц". В начале 1943 г. в качестве носителя был избран "Москито", а датой налета определено 15 мая (за день до знаменитого вылета 617-й). При снятых створках бомболюка "Москито" мог нести два "Хайболла" тандемом. Вспомогательное устройство раскручивало мину до 700 об/мин, чтобы после сброса она скакала по поверхности воды, перепрыгивая через защитные сети до удара о борт корабля.

После испытания системы на одном MkIV еще 27 машин были переоборудованы в носители мин "Хайболл". Для подготовки операции была сформирована 618-я эскадрилья. Однако, оружие было готово лишь к концу 1943 г. и налет на "Тирпиц" был отменен. В июле 1944 г. 618-я эскадрилья была выведена для действий против вражеских кораблей на Тихом океане с использованием мин "Хайболл". 29 "Москито" IV (включая большинство модифицировавшихся ранее) получили моторы "Мерлин" 25, дополнительную бронеплиту, новые козырьки фонарей и тормозные крюки для посадки на авианосец. В конце 1944 г. 618-я на борту эскортных авианосцев "Фенсер" и "Страйкер" отправилась в Австралию, забрав 25 самолетов и 125 мин "Хайболл". Однако было принято решение не использовать эскадрилью – частично из-за отсутствия подходящих целей, а частично из-за боязни, что захваченное оружие может быть легко скопировано и использовано противником.

В апреле 1943 г. на "Де Хевилленд" сделали вывод, что "Москито" после небольшой переделки сможет нести одну бомбу в 1816 кг ("Куки"). Через два месяца подобным образом был переделан один B.MkIV; первый полет был совершен в июле. Модификация сводилась к созданию "пузатого" фюзеляжа; при этом менялись створки бомбоотсека, ставился небольшой обтекатель за бомбоотсеком, а внутри последнего оборудовалась подвеска для одной большой бомбы. В качестве альтернативы одной большой бомбе можно было взять четыре по 227 кг (и еще две под крылом, если не было подвесных баков). Однако, вариант с двумя бомбами по 454 кг был отброшен. Полный вес модифицированного MkIV возрос до 10215 кг и возникли проблемы с устойчивостью, лишь частично разрешенные введением большего рогового компенсатора на рулях высоты. Тем не менее, возникли планы выпустить партию переделочных комплектов и внедрить эту модификацию в серии. Модифицированные самолеты, названные В MkIV (Special) были готовы к боевым операциям в январе 1944 г. Первым сбросил бомбу в 1816 кг "Москито" из 692-й эскадрильи: три модифицированных MkIV были в первый раз использованы в налете на Дюссельдорф в ночь с 23 на 25 февраля.

Около 20 MkIV и не больше 20 MkIX было переделано под большие бомбы. Проекты о переделке всех имеющихся самолетов были отброшены из-за трудностей с устойчивостью. Они были преодолены на B.MkXVI, которые начали выходить с заводов в октябре. За исключением первых 12, все MkXVI имели "пузатый" бомбоотсек. Другой важной особенностью этой модификации являлась гермокабина, поднимавшая рабочий потолок до 10668 м. Наддув в кабине был порядка всего 0,14 атм, что понижало эквивалентную высоту при мерно на 3050 м, так что кислородные маски все равно были необходимы и экипажи тренировались в барокамерах.

Первый экземпляр окончательного варианта B.MkXVI с "пузатым" бомбоотсеком совершил первый полет в первый день 1944 г., за штурвалом был Дж.Де Хевилленд. Месяц спустя он появился в ААЕЕ. Максимальный вес теперь был 11766 кг при одной бомбе в 1816 кг и двух подвесных баках по 455 л, но обычно самолеты эксплуатировались при несколько меньшем весе. Боевой радиус составлял 885 км, максимальная скорость 656 км/ч (на высоте 8687 м) при полной боевой нагрузке и 674 км/ч после того, как бомбы сброшены; это примерно на 129 км/ч больше, чем скорость у земли.

139-я эскадрилья использовала "Москито" B.MkXVI в налете ночью 10-11 февраля 1944 г., а "Куки" впервые были сброшены с машин этого типа в начале марта на Монхенгладбах. Две эскадрильи, использовавшие "Оубоу", 105-я и 109-я, получили "Москито" XVI в марте 1944 г. Впоследствии этой модификацией, ставшей самой массовой из "Москито"-бомбардировщиков военно- го времени, были укомплектованы еще четыре эскадрильи Легких ночных ударных сил – упоминавшаяся ранее 628-я, а также 128-я, 571-я и 608-я. Эскадрильи Легких сил были и основными потребителями канадских бомбардировщиков "Москито" XX и "Москито" 25, описанных далее. Еще три части – 142-я, 162-я и 163-я эскадрильи, были в основном вооружены "Москито" 25. Из них 162-я в момент окончания войны в Европе находилась в стадии освоения радиолокационных прицелов H2S.